長期以來，人們對亞曆山大的死因有不斷的猜測和爭議。大多數曆史資料記載，亞曆山大在巴比倫的一次痛飲後，得了瘧疾，除此之外，傷寒也可能是另外一個凶手。還有理論認為他死於嚏根草中毒，密謀者可能包括他的妻子羅克珊娜，他的部將安提帕特以及他的老師亞裏士多德。但是下毒的理論被Robin Lane Fox（《亞曆山大傳》的作者）所質疑，因為當時的古希臘缺乏作用時間長的毒藥。
美國疾病控製和預防中心在2004年7月號《新型傳染疾病》雜誌裏刊登了幾篇論文，討論了“亞曆山大死於西尼羅河病毒”的說法。
亞曆山大並未留下帝位的合法繼承者，與他最親近的是一位昏弱無能的異母兄弟。傳說，當他的朋友在他臨死前要求他指定一位繼承人時，他含糊地說：“讓最強者繼承。”於是他死後，他的將領們企圖瓜分這個帝國，引發了一些年輕軍官對這種安排的不滿，繼而發生一連串的戰爭，在這場鬥爭中，亞曆山大的母親、妻子和孩子都橫遭殺身之禍。
亞曆山大死後，他的帝國被部下們繼承和分裂。開始還保持了帝國形式上的統一，不久統治各塊領地的首領們就陷入公開的爭鬥。最終，他們於公元前301年在弗裏基亞的伊浦蘇斯之役後結束了爭鬥。由3位勝利者托勒密、塞琉古、安提柯一世（獨眼）瓜分了亞曆山大帝國的版圖，開啟了希臘化時代。除了馬其頓本土和最遠的印度以外，亞洲部分由部將塞琉古繼承，這就是後世和羅馬的龐培、克拉蘇等征戰不休的塞琉古帝國。埃及由部將托勒密繼承，這就是埃及的托勒密王朝，直傳到後世和愷撒結婚的埃及豔後克莉奧佩特拉為止。
亞曆山大的遠征使希臘文明在中東和中亞繁盛發展，以及大夏——犍陀羅藝術在印度次大陸的發展，在文化上也產生了深遠的影響。
這麽一個才智過人的偉大人物，去世後卻留下了許多不解之謎。亞曆山大石棺被竊，迄今下落不明；亞曆山大為何沒有指定合法繼承者，使得馬其頓帝國迅速瓦解；他愛護和慰藉俘虜的敵人，卻凶暴殘忍，親手殺死了親密朋友和救命恩人。
後人這樣評價亞曆山大：亞曆山大是曆史上最富有戲劇性的人物，他的經曆和個性一直是力量的源泉。作為戰士，他智勇雙全；作為將軍，他無與倫比。在十多年的奮戰中，他從未打過一次敗仗。
然而，他還是亞裏士多德的弟子，是一位智慧非凡的人。他珍愛荷馬的詩歌。他認識到了非希臘人不一定是野蠻人，這確實表現出他遠比當時的大多數希臘思想家更具有遠見卓識。
一般認為，亞曆山大是位頗受人喜愛的人物。同拿破侖一樣，亞曆山大對他的同代人有著極其廣泛的影響。從長遠來看，亞曆山大征服所帶來的最重要的影響，是使希臘和中東的開化民族開始相互密切往來，因此，極大地豐富了這兩個民族的文化。
亞曆山大在世期間及其死後不久，希臘文化迅速傳入伊朗、美索不達米亞、敘利亞、竹地爾和埃及；而亞曆山大執政以前的希臘文化僅以緩慢的速度傳入這些地區。亞曆山大還把希臘的影響波及以前從未到達的印度和中亞地區。文化的影響絕不是單向傳播的事，在希臘文化時代（亞曆山大征服後的幾百年間），東方思想，特別是東方宗教思想就已傳入希臘世界。就是這種希臘文化——主要指具有希臘特征但也深受東方影響的文化，最終對羅馬產生了影響。
亞曆山大在其征戰生涯中，建立了20多座城市。其中最著名的是埃及亞曆山大市，它很快便成為當時世界主要的城市之一，一個著名的學術和文化中心。還有幾個城市如阿富汗的赫拉特和坎大哈也發展為重要的城市。
作為當時馬其頓帝國埃及行省的總督所在地，亞曆山大大帝死後，埃及總督托勒密在亞曆山大建立了托勒密王朝，加冕為托勒密一世。亞曆山大成為埃及王國的首都，並很快就成為古希臘文化中最大的城市。在西方古代史的記載中其規模和財富僅次於羅馬，但埃及的伊斯蘭教統治者，確定了開羅為埃及的新首都後，亞曆山大市的地位不斷下降，在奧斯曼帝國末期，它幾乎淪為一個小漁村。但縱觀曆史，亞曆山大是古代歐洲與東方貿易的中心和文化交流的樞紐，第二次世界大戰後發展迅速，現為世界著名的棉花市場，也是埃及重要的紡織工業基地。