史書記載，亞曆山大20歲時，被馬其頓的重臣兼外交家安提帕特推舉為新國王。利用在派拉的優勢，亞曆山大通過腓力二世的葬禮和減少稅收的政策，贏得了馬其頓人民和軍隊的支持。他以參與暗殺腓力二世的罪名處死埃羅普斯的兩個兒子——一個是當時被腓力二世派遣東征於小亞細亞的阿塔拉斯，一個是同有繼位權的阿明塔斯。他的母親奧林匹婭斯則殺掉了克莉奧佩特拉及其也有繼位權的兒子，亞曆山大於是成了馬其頓王族中唯一健全的男性繼承人。
被迫與腓力二世結盟的雅典和仇恨腓力二世的底比斯，把腓力二世被刺看作是重新贏得獨立的機會，開始展現出政局不穩定的跡象。為了贏得希臘同盟的承認，公元前336年末，亞曆山大帶領軍隊采取表麵議和卻暗度陳倉的策略，進入原被腓力二世統治的特薩利，他被承認為特薩利新的世襲統治者。亞曆山大之後南下，底比斯投降，雅典也再次臣服。
亞曆山大登位時，馬其頓的國庫正值資金緊缺。公元前335年，亞曆山大在科林斯重新得到除斯巴達之外的希臘城邦同盟的支持，出征馬其頓北部色雷斯。為東征小亞細亞穩固北部防線，並報複公元前338年當地特裏巴利部落對腓力二世部隊的偷襲和對戰利品的盜竊，在多瑙河打敗了特裏巴利。
就在這一時期，雅典和當地強權底比斯，利用亞曆山大死於多瑙河的謠言再次謀反。亞曆山大從伊利裏亞繞過馬其頓，隻用14天便到達底比斯。他與希臘同盟國徹底摧毀了底比斯，消除了威脅馬其頓的三大希臘勢力之一（另兩個為雅典、斯巴達），把該國分給盟國，並讓大部分底比斯邦民淪為奴隸。以軍力支持底比斯的領袖阿卡狄亞隨之被處死，已被封鎖港口的雅典隨後也放棄抵抗。不到兩年時間，亞曆山大就穩固了他在希臘的地位，給了所有反對他的人一個下馬威。此後他東征時，後方隻發生過一次有規模的騷亂。
希臘與波斯的敵對行為始於公元前6世紀，當時位於小亞細亞的自由希臘城邦淪陷於向西擴張的波斯王國。借父親被波斯人刺殺和“解放小亞細亞希臘城邦”的名義，公元前334年亞曆山大出征小亞細亞。
在小亞細亞，亞曆山大和小部分部隊首先訪問了特洛伊，他和他從童年起就情誼深厚的親友海菲斯提恩，分別祭奠了阿基裏斯和《伊利亞特》中提及的阿基裏斯的親友帕特洛克羅斯。隨後亞曆山大與將軍帕曼紐帶領的其餘部隊會合，繼續向波斯地方總督的要塞進軍。
亞曆山大在格拉尼庫斯戰役中親自率領近衛騎兵“夥伴騎兵”隊，領先與波斯騎兵交戰，兩位波斯總督被亞曆山大和他的“夥伴騎兵”隊殺死。亞曆山大的頭盔和帽纓被一位波斯總督的戰斧劈掉。另外一位波斯總督在亞曆山大身後偷襲時被亞曆山大的部將克利圖斯殺死。為恐嚇服務於波斯人的希臘雇傭兵，亞曆山大讓部隊屠殺了大部分希臘雇傭兵，其餘則被押回馬其頓強迫勞動。他將300領波斯鎧甲作為給雅典娜的祭品送回雅典衛城，留下這樣的字句：“來自亞曆山大，腓力之子，和希臘人（除了斯巴達人）的奉獻，從居住在亞細亞的野蠻人手中奪取。”
雖然與波斯部隊相比敵眾我寡，盡管存在許多不利因素，亞曆山大仍對波斯軍隊致以一係列毀滅性的打擊，最終取得了勝利。他的成功有三個主要原因。第一，腓力二世留給他的軍隊比波斯軍隊訓練有素。第二，亞曆山大是一位傑出的天才將領。第三，亞曆山大本人具有英勇無畏的精神。雖然每場戰鬥初期亞曆山大隻在後方坐鎮指揮，但一旦部隊發動決定性進攻，他必身先士卒。這種冒險的戰術使他屢次受傷，但士兵們感受到亞曆山大與他們生死與共的精神，士氣受到極大的鼓舞。
此戰之後，他發現波斯強大的海軍對他的後勤補給製造了嚴重困擾，但是當時希臘又沒有足夠強大的艦隊來挑戰波斯的製海權。因此，他決定采取一個笨辦法，從陸地上攻占所有的東地中海港口和基地。亞曆山大從今天的土耳其地區出發，一路征戰南下敘利亞、巴勒斯坦，直抵埃及。
亞曆山大首先率領部隊攻克了小亞細亞，消滅了駐守在那裏兵力不強的波斯部隊；隨後向敘利亞北部挺進，途中，波斯皇帝大流士禦駕親征，從亞洲腹地征調幾十萬大軍出現在亞曆山大的背後，企圖切斷馬其頓軍的供應線。
亞曆山大回身麵對大流士的優勢兵力，發起了伊蘇斯戰役。波斯軍的素質遠不如馬其頓軍，此戰幾乎全殲波斯軍，大流士皇帝落荒而逃。為了鞏固側翼，亞曆山大並沒有窮追，而是回身繼續向南征服地中海沿岸港口。經過7個月的艱難圍攻，攻克了腓尼基的島嶼城邦推羅城（在今黎巴嫩）。在圍攻推羅期間，亞曆山大收到波斯皇帝的一封書箋，信中說，為了達成和平協議，他願把半個波斯帝國割讓給亞曆山大。
攻克推羅之後，亞曆山大繼續南進。經過兩個月的圍攻，埃及一箭未發，自動投降。接著亞曆山大在埃及停留一段時間，讓軍隊稍有喘息之機，並建立了今天埃及著名的港口城市亞曆山大。在那裏年僅24歲的亞曆山大被譽為法老，被稱為“太陽神阿蒙之子”。
經過在埃及的休整，亞曆山大隨後率軍返回亞洲，北上向波斯腹地進發，和大流士清算總賬。在阿貝拉會戰（又稱高加米拉會戰）中，亞曆山大的4萬步兵和7千騎兵，麵對大流士禦駕親征召集的波斯帝國各部族傾國之兵，結果卻是古老而龐大的波斯帝國一戰崩潰，大流士逃出戰場。
取得這場勝利之後，亞曆山大率軍進入巴比倫和波斯的兩座都城：蘇薩和波斯波利斯。亞曆山大隨後展開了他的長途奔襲，從波塞波利斯到埃克巴達那，然後再到拉伽，穿過裏海門，經過長時間的急行軍，終於追上了敵人。波斯軍為了防止國王大流士三世（並非大流士大帝）向亞曆山大投降，大流士手下的軍官暗殺了他們的國王，時年公元前330年。亞曆山大擊敗了大流士的繼承人柏薩斯，並將他斬首，經過3年奮戰，攻克了整個伊朗東部地區，並繼續向中亞推進。
亞曆山大進入了波斯帝國的東部行省，處死了當地的代表反叛的柏薩斯之後，卻陷入了斯皮塔米尼斯領導的東部遊擊戰中。亞曆山大意識到事情的嚴重性，對其展開軍事上的圍捕，並且對當地的叛亂勢力進行殘酷鎮壓。斯皮塔米尼斯與亞曆山大周旋了一段時間後，終於被亞曆山大指派埋伏在當地的部將科納斯完全擊潰，被當地人獻出後處死。
主要對手被消滅後，亞曆山大著手鎮壓各地的叛亂，在索格迪亞納岩的戰役中展現了他所率部隊的山地作戰能力，俘虜了當地的貴族和反叛首領阿克雅提斯的家眷，並且一改其在此地區的殘酷風格，接納戰俘，並且打算正式迎娶阿克雅提斯的女兒羅克珊娜。阿克雅提斯得知消息後，親自上門投降，自此東方行省的戰役徹底結束，前往印度的道路已經沒有障礙。
這時，亞曆山大已經征服了整個波斯，本可以返回家園，重新籌劃他的新領土。但是更大的征服欲望使亞曆山大貪婪地繼續揮軍進入印度。進軍到印度河以東的海達斯佩斯河，和前來抗擊的印度國王波拉斯夾河對峙，打了他四大會戰的最後一戰：海達斯佩斯會戰，徹底擊潰了波拉斯的軍隊。
因為欽佩波拉斯的勇敢，也為了贏得當地人的擁護，亞曆山大戰後義釋被俘的波拉斯，仍然讓他作印度國王。盡管波拉斯的兩個兒子和一個孫子在戰場上陣亡，波拉斯本人此後仍然對亞曆山大死心塌地地效忠。此時，亞曆山大手下的軍隊已經厭戰，亞曆山大不得不停止遠征，開始西歸，途中他擊敗了不服從他的部落，還派人進行了一係列探險活動，包括查明印度河入海口，尋找波斯灣，並繪製海岸地形圖，還想查清裏海究竟是海還是湖，等等。
回波斯的第二年，亞曆山大用了近一年的時間，對他的帝國和軍隊進行改編，這是一次重大的改編。亞曆山大從小就認為，希臘民族代表了唯一真正的開化民族，而所有非希臘民族都是野蠻民族。這當然是在整個希臘世界流行的觀點，亞裏士多德也有這種看法。盡管亞曆山大已經徹底打敗了波斯軍隊，但是他逐漸認識到，波斯人根本就不是野蠻人，他們與希臘人一樣具有智慧和才能，一樣值得尊敬。因此，他產生了將其帝國的兩部分融於一體的設想，由此創造了合二而一的希臘波斯民族共和王國——當然是他自己當最高統治者。
據說，亞曆山大確實想讓波斯人、希臘人和馬其頓人結成同等地位的夥伴。為了實現這一計劃，他把大量的波斯部隊編入自己的部隊，還為此舉行了一次盛大的“東西方聯合”宴會。在宴會上，幾千名馬其頓士兵同亞洲婦女正式結成夫妻。亞曆山大從前與一位亞洲公主結過婚，這次卻娶了個達賴利斯的女兒為妻。
顯然，亞曆山大企圖利用這支改編的軍隊再開展征服活動。但是，公元前323年6月初，亞曆山大在巴比倫突然病倒，高燒不退，10天後就死去了，當時還不滿33歲。