成祖以洪武三年封燕王，十三年之國。二十三年同晉王討乃兒不花，晉王怯不敢進，王倍道趨迤都山，獲其全部而還。太祖大喜。是後屢率諸將出征，並令王節製沿邊士馬，王威名大振。
《太祖本紀》：“三十一年五月戊午，都督楊文從燕王棣、武定侯郭英從遼王植備禦開平，俱聽燕王節製。”《綱目三編》以為《太祖實錄》已經永樂間改修兩次，所書為燕王張大之詞，蓋不足信，當是楊文從燕王、郭英從遼王，各受節製，非謂並遼王亦聽燕王節製也。此皆嫌惡燕王之說，其實即經節製沿邊諸軍，豈遂為太祖許其篡立？此等處不足深辯，要之養其積威，故能驅所部為逆，又能懾製討逆之軍，所由來者漸矣。
三十一年閏五月，太祖崩，皇太孫即位，遺詔：“諸王臨國中，毋得至京師。”王自北平入奔喪，聞詔乃止。
《紀事本末》：“洪武二十五年四月丙子，皇太子薨，皇太孫生而額顱稍偏，性穎聰，善讀書。《史竊》：‘君生頂顱頗偏，太祖撫之曰：“半邊兒月。”意不懌。而是時元妃生子雄英矣，後六年雄英蚤世，於是君為長，而讀書甚聰穎，太祖始稍異之。’太祖每令賦詩，多不喜。一日令之屬對，大不稱旨，複以命燕王，語乃佳。鄭曉《遜國記》：‘太祖命帝賦新月，應聲雲：“誰將玉指甲，抓破碧天痕？影落江湖上，蛟龍不敢吞。”太祖淒然久之，曰：“必免於難。”錢謙益《曆朝詩集》雲葉子奇《草木子餘錄》載皇太子《新月》詩雲雲。所謂皇太子者庚申君之子也，野史以為懿文太子作，為不及享國之讖。而曉則以為建文作。考楊維楨《東維子詩集》，此詩為維楨作，則諸書皆附會也。’太祖常有意易儲，劉三吾曰：‘若然，置秦、晉二王何地？’太祖乃止。”《史·劉三吾傳》但雲：“太子薨，上禦東閣門，召對群臣，慟哭，三吾進曰：‘皇孫世嫡，承統，禮也。’太孫之立由此。”《明通鑒》謂諸書所說太祖欲立燕王，皆成祖改修之《太祖實錄》如此。王鴻緒《史稿》尚從之；正史不然，書法謹嚴矣。
《齊泰傳》：“皇太孫素重泰，及即位，命與黃子澄同參國政，尋進尚書，時遺詔諸王臨國中，毋奔喪，王國吏聽朝廷節製。《大祖本紀》遺詔中，省此句未載。諸王謂泰矯皇考詔，間骨肉，皆不悅。”
初高皇後崩，洪武十五年。太祖選高僧侍諸王，為誦經薦福，左善世宗泐舉道衍，《姚廣孝本傳》：“長洲人，本醫家子，年十四為僧，名道衍，字斯道，事道士席應真，盡得其陰陽術數之學。嚐遊嵩山寺，相者袁珙見之曰：‘是何異僧？目三角，形如病虎，性必嗜殺，劉秉忠流也。’道衍大喜。洪武中，詔通儒書僧試禮部，不受官，賜僧服還。經北固山，賦詩懷古，其儕宗泐曰：‘此豈釋子語耶？’道衍笑不答。”燕王與語甚合，請以從。《紀事本末》：“諸王封國時，太祖多擇名僧為侍，僧道衍知燕王當嗣大位，自言曰：‘大王使臣得侍，奉一白帽與大王戴。’蓋白冠王，其文皇也。燕王遂乞道衍得之。”至北平，住持慶壽寺，出入府中，跡甚密，時時屏人語。惠帝立，削奪諸王，周、湘、代、齊、岷相繼得罪，道衍遂密勸成祖舉兵，成祖曰：“民心向彼，奈何？”道衍曰：“臣知天道，何論民心！”乃進袁珙及卜者金忠，於是成祖意益決。
《袁珙傳》：“生有異稟，好學能詩，嚐遊海外洛伽山，珙，鄞人。遇異僧別古崖，授以相人術，先仰視皎日，目盡眩，布赤黑豆暗室中辨之；又懸五色縷窗外，映月別其色；皆無訛，然後相人。其法以夜中燃兩炬，視人形狀氣色，而參以所生年月，百無一謬。洪武中，遇姚廣孝於嵩山寺，謂之曰：‘公劉秉忠之儔也，幸自愛。’後廣孝薦於燕王，召至北平，王雜衛士類己者九人，摻弓矢飲肆中，珙一見即前跪曰：‘殿下何輕身至此？’九人者笑其謬，珙言益切。王乃起去，召珙宮中諦視，曰：‘龍行虎步，日角插天，太平天子也，年四十，須過臍，即登大寶矣。’已見藩邸諸校卒，皆許以公侯將帥。王慮語泄，遣之還。及即位，召拜大常寺丞。所居鄞城西，繞舍種柳，自號柳莊居士，有《柳莊集》。”
《金忠傳》：“忠，鄞人，少讀書，善《易》卜。兄戍通州亡，忠補戍，貧不能行，相者袁珙資之。既至，編卒伍，賣卜北平市，多中，市人傳以為神。僧道衍稱於成祖。成祖將起兵，托疾召忠卜，得鑄印乘軒之卦，曰：‘此象貴不可言。’自是出入燕府中，常以所占勸舉大事，成祖深信之。燕兵起，自署官屬，授忠王府紀善，守通州，南兵數攻城不克。已召置左右，有疑輒問，術益驗，且時進謀畫，遂拜右長史，讚戎務，為謀臣矣。”
按成祖之成大業，史多誇其為術士所推許，此即行險僥幸者所為，非有他功德可得天下，直由命相致之耳。
靖難之師，起於削藩，削藩之議，由來已久。
《史竊》：“大祖時政治嚴核，中外萬幾，太孫每奉裁決，濟以寬大，中外欣欣愛戴，獨諸王皆挾叔父之尊，多不遜服，太孫常以為憂。先是，太祖封諸王，遼、寧、燕、穀、代、晉、秦、慶、肅九國皆邊虜，歲令訓將練兵，有事皆得提兵專製，便防禦，因語太孫曰：‘朕以禦虜付諸王，可令邊塵不動，貽汝以安。’太孫曰：‘虜不靖，諸王禦之；諸王不靖，孰禦之？’太祖默然，良久曰：‘汝意何如？’太孫曰：‘以德懷之，以禮製之，不可則削其地，又不可則變置其人，又其甚則舉兵伐之。’太祖曰：‘是也，無以易此矣。’”此說太祖亦以為是。誠能行之，削藩前尚有事在，以德懷，以禮製，建文朝無暇為也，用高巍之說，則庶幾矣。
子澄主用兵，以漢平七國亂為喻，漢惟得周亞夫而將之，子澄乃薦李景隆可大任，即何以敢與七國事並論也？此齊、黃之失也。《湘王柏本傳》，有文武材，未著罪狀，懼無以自明而自焚。亦太慘。既畏強藩，又授以口實，帝之當斷不斷，不失為仁者之過，任事者謀之不臧，則無以自解。周王被執，在洪武三十一年五月，至八月，帝欲釋之，泰與子澄爭久之，乃廢為庶人，徙蒙化。又逮齊、代、岷諸王。明年四月，湘王自焚，齊王、代王廢為庶人。六月，岷王廢為庶人，徙漳州。七月，逮燕府官屬，而燕王反矣。
成祖之決策稱兵，早從道衍輩慫恿，即未削藩，亦必謀逆。
《姚廣孝傳》：“成祖意決，陰選將校，勾軍卒，收材勇異能之士。燕邸，故元宮也，深邃，道衍練兵後苑中，穴地作重屋，繚以厚垣，密甃瓴亭甋瓶缶，日夜鑄軍器，畜鵝鴨亂其聲。”
《宋忠傳》：“時北平將士在忠部下者，忠告以家屬並為燕屠滅，盍努力複仇報國恩。燕王偵知之，《紀事本末》：‘王據鞍指揮有喜色。’急令其家人張故旗幟為前鋒，呼父兄子弟相問勞，將士鹹喜曰：‘我家固無恙，宋總兵欺我。’遂無鬥誌。”此北平將士，即忠前赴開平時所調燕府護衛精銳隸麾下以弱燕者，家在北平，即不以誑語為此輩所輕，猶恐燕撫其家屬以相招致，忠乃以意造言，欲劫製其人為己用，宜燕王聞之而喜矣。齊、黃以忠一軍壓燕之北，責任甚重，所調燕之護衛，以朝命燕不敢違，隻可分燕之力，乃欲用以製燕之死命，又無他方略，徒以誑語冀欺之，是反助燕以倒戈內應之勢耳。齊、黃命將如此，舉北平城守之文武長官不能勝一燕府，舉為圖燕所布之軍將，不能牽綴北平之後，以待朝廷討伐之師，而是時軍事一任齊、黃，其敗事已可見矣。諸城守將降燕者固有之，然效死之士亦甚眾，有此士氣，奈不能用何！
《瞿能傳》：“燕師起，從李景隆北征，攻北平，與其子率精騎千餘攻張掖門，垂克，景隆忌之，令候大軍同進。於是燕人夜汲水沃城，方大寒，元年十一月。冰凝不可登，景隆卒致大敗。”此景隆罪狀之一。
景隆遁還德州，燕王出兵揚言攻大同，誘景隆赴救，圍蔚州，指揮王忠、李遠降燕，進攻大同，俟景隆已出紫荊關，即由居庸入邊，南軍不耐寒，凍餒死者甚眾，墜指者十二三，棄鐙仗於道，不可勝記。時已二年正月。四月，景隆複進兵，與燕戰於白溝河，平安、瞿能等力戰，斬燕將陳亨，亨故大寧降將。瞿能迫燕王，幾獲之，僅免，旋乘風反攻，殺瞿能父子於陣，景隆軍又大敗，自德州奔濟南。燕軍遂入德州，收府庫，獲糧百餘萬。山東參政鐵鉉督餉赴景隆軍，會師潰，沿路收潰亡守濟南，景隆奔就之，燕師追及，景隆六十萬眾尚存十餘萬，燕師擊之，景隆複大敗，單騎走。燕師圍濟南，鐵鉉力捍禦不下，朝廷升鉉為山東布政使而召景隆還，以左都督盛庸為大將軍。帝赦景隆不誅，子澄痛哭爭請誅景隆，副都禦史練子寧執而數之朝，以哭請，卒不問，旋複任用之，忌盛庸，且間於帝，不得盡其用。《瞿能傳》附楊本：“從景隆討燕有功，景隆忌之，不以聞。尋劾景隆喪師辱國，遂以孤軍獨出，被禽，係北平獄，後被殺。”
《王度傳》：“為山東道監察禦史。建文時，王師屢敗，度奏請募兵。小河之捷，奉命勞軍徐州，還，方孝孺與度書：‘誓死社稷。’燕王稱帝，坐方黨謫戍賀縣，又坐語不遜，族。度有智計，盛庸之代景隆，度密陳便宜，是以有東昌之捷。景隆征還，赦不誅，反用事，忌庸等功，讒間之，度亦見疏。論者以其用有未盡，惜之。”
燕王圍濟南三月，不下，決水灌城，鉉約降，迎王入，及門，下鐵板，傷王馬首，未中，仍逸去。王怒，以炮擊城，鉉書高皇帝神牌懸城上，燕兵不敢擊。鉉複募壯士突擊破燕，王乃撤圍還。盛庸乘勢複德州，兵勢大振，擢鉉兵部尚書讚理大將軍軍事，封庸曆城侯。九月，庸總平燕諸軍北伐。十月，燕兵襲滄州，克之。循河而南，至東昌，遇庸與鉉等戰，大敗燕師，陣斬張玉。玉為燕將，最悍，後所謂靖難第一功臣者也。燕王數危甚，諸將奉帝詔，莫敢加刃，王知之，每奔北，獨以一騎殿後，迫者不敢追。是謂東昌之捷，燕軍再卻還。三年二月，燕再出師，三月朔，次滹沱河，辛巳，與盛庸遇於夾河，陣斬燕將譚淵及其指揮董中峰等，庸軍亦失都指揮莊得等驍將數人。
《成祖本紀》：“三月辛巳，與盛庸遇於夾河，譚淵戰死，朱能、張武殊死鬥，庸軍少卻，會日暮，各斂兵入營。王以十餘騎逼庸營野宿，及明起視，已在圍中，乃從容引馬，嗚角穿營而去，諸將以天子有詔‘無使負殺叔父名’，倉卒相顧愕眙，不敢發一矢。”此為《史本紀》明載之事，各書皆言成祖遇敗，則恃帝有詔不相害，往往獨身為殿以免，蓋非虛也。惠帝既崇叔父於交戰之時，何不先善全於削藩之始，以王師而卒敗於叛藩，其失機固非一端也。
是日戰互相勝負，東北風忽起，塵埃漲天，沙礫擊麵，燕兵在北，乘風縱擊，庸大敗走德州，吳傑、平安自真定引軍與庸會，聞敗引還，王誘與戰，複敗之。於是帝罷齊泰、黃子澄，謫外以解說於燕，而實使之募兵。燕王亦上書，求並撤吳傑、盛庸、平安之眾，而後釋兵就燕藩，方孝孺請且與報書往複，急令遼東諸將入山海關，攻永平，真定諸將渡盧溝橋，搗北平。五月，燕師駐大名，盛庸、吳傑、平安等分兵扼燕餉道。燕王再上書，帝欲罷庸等兵，孝孺阻之，乃囚燕使。王亦遣降將李遠率輕騎南下，焚王師糧，蓋德州饋餉皆道徐、沛。六月，遠令士卒易甲胄，雜南軍中，插柳枝於背為識，過濟寧、穀城，直至沛縣，南軍不之覺，凡糧艘所在盡焚之，軍資器械俱燼，運軍散走，京師大震，德州遂缺糧。遠還，盛庸遣兵邀之，複為遠伏兵所敗。
中原千裏，朝廷設官治理之地，燕師輕行其間，焚糧而返，如入無人之道，此明年燕王所以不轉戰於山東，直越境遂逼京師也。齊、黃庸碌，孝孺書生，帝仁柔非燕王比，此時而疏忽如此，複有李景隆輩作奸於內，帝於稍能戰之將不之信，號令有不能行，前所令攻襲北平之師先後錯落，絕無期會，其敗宜也。
七月，平安自真定乘虛攻北平，燕世子固守告急，是時方孝孺以門人林嘉猷嚐入燕邸，知高煦謀傾世子狀，言於上，為書與世子間之。高煦在軍中，已知朝廷有去書，於王前言世子反，王大怒，則世子已遣使送朝使及所致書至，未啟封也。王乃曰：“幾殺吾子！”王遣將劉江援北平，而盛庸又檄大同守將房昭引兵入紫荊關，掠保定下邑，駐易州水西寨，據寨以窺北平。燕王在大名，曰：“保定失則北平危。”乃班師。九月，平安為劉江所敗，王圍水西寨，十日克之，乃還北平。十一日，遼東守將楊文始引兵圍永平，略薊州、遵化諸郡縣，燕遣劉江往援，楊文敗走。是時王稱兵已三年，親冒矢石，為士卒先，常乘勝逐北，亦屢瀕於危，所克城邑，兵去旋複為朝廷守，三出三返，所據僅北平、保定、永平三郡而已。
以天下之全力，奉天子之命，討一叛藩，至是始以真定之兵自南入，大同之兵自西入，遼東之兵自東入，而期會參差，各被擊輒敗退，中樞無能主兵事者也。
會詔有司係治中官奉使之不法者，先後奔燕，具言京師可取狀。王乃慨然思臨江一決，不複返顧，道衍力讚之。明年正月，乃直為批亢搗虛之計。
《宦官傳》：“建文帝嗣位，禦內官益嚴，詔：‘出外稍不法，許有司械聞。’及燕師逼江北，內臣多逃入其軍，漏朝廷虛實。”據此則宦官入燕軍，乃燕師臨江時事，《本紀》則在三年之冬，以意度之，當從《宦官傳》，此時非內臣漏虛實時也。朝廷虛實，燕自知之，六月已遣李遠直下徐、沛焚糧，中原無備，固已大著，以後舉動之散漫，豈能逃燕王之目？建文之政，若不輕弄兵，或能用將之賢者，其舉動無不優於列帝。馭宦官嚴而為宦官泄其虛實，豈能咎其嚴馭？正惟守備虛而不實，足啟戎心，宦官不泄，燕豈無偵探乎？
四年正月，燕王由館陶渡河，徇徐州，平安軍來躡，擊敗之，又敗鐵鉉軍。四月，再與平安戰，先敗後勝，遂禽平安，置淮安不顧，直趨揚州。天子遣慶成郡主至軍中，許割地以和，不聽。六月，江防都督陳瑄以舟師叛附於燕，遂自瓜洲渡。盛庸以海艘迎戰，敗績。既下鎮江，遂次龍潭，天子複遣大臣議割地，諸王繼至，皆不聽。至金川門，穀王橞、李景隆等開門迎降，都城遂陷。下令大索齊泰、黃子澄、方孝孺等五十餘人，榜其姓名曰奸臣。己巳，即皇帝位，遷興宗孝康皇帝主於陵園，仍稱懿文太子，大誅奸黨，夷其族。詔今年以洪武三十五年為紀，明年為永樂元年，建文中更改成法，一複舊製。