既要馬兒跑，又要馬兒不吃草，那就要加強對馬匹的監管和鞭策。朱元璋雖然文化水平不高，但是思維卻非常縝密，這在他的反腐、防腐措施中也能體現出來。
朱元璋特別重視監察係統的建設，他設計了一套非常複雜的監察係統。
洪武十五年（1382年），朱元璋確定都察院為最高監察機關，負責對中央包括六部的監察。
六部之內，朱元璋設置了六科給事中，負責六部內部的廉政工作，相當於六部的“紀委”。朱元璋規定，六科給事中級別雖低，但有事可直接上奏皇帝，隻對皇帝負責，隻由都察院監督。
在地方上，朱元璋設十三道監察禦史，監察所轄各道，並且可以監督中央的都察院的官員。他還定期從中央派出禦史巡察各道，稱為“巡按禦史”。另外，各省行政長官對本地方、本部門的官員同樣具有監察責任。
這樣，大明王朝在中央就形成了都察院、六科給事中、十三道監察禦史相互監督製約的三重監察網絡；在地方則形成了監察禦史、巡按禦史和地方長官構成的三重立體反貪網絡。古代監察係統在明代達到了前所未有的嚴密程度。
除此之外，朱元璋還規定了“風聞奏事”製度。明代監察官員職權很大，特別是擁有“風聞奏事”的特權。就是說，他們可以根據傳聞進行舉報而不用負任何責任，被舉報者則需拿出證據證明自己清白。朱元璋時代還是著名的特務政治時代，這些特務的任務之一就是專門監視在京大小衙門官吏的不公、不法及風聞之事，並一一向上奏聞。朱元璋特別愛聽官員們的花邊新聞，所以大小官員們的生活瑣事，無不在皇帝的掌握之中。
除了嚴密的監察體係，朱元璋還製定了曆史上最為嚴厲、繁密的規章製度來約束官員們的行為，令他們隻能在嚴格規定的範圍內活動。他生怕地方官們辦事不細心或者不盡心，親自撰寫了《授職到任須知》，對每一級地方官吏的職責都做出詳細的規定。他把地方公務分為“發布公告”“征收田糧”“管理倉庫”“會計核算”“受理訴訟”“管理囚犯”“管理官署房產”“管理轄內讀書人”“管理地方漁業”“管理地方窯冶”等三十一項，並且逐項列出地方官工作職責中應當注意的事項，對這些注意事項往往還列出許多具體的要求。比如對“管理囚犯”一項，不但要了解已經結案的案件有多少、在押犯人有多少，還要“知入禁年月久近，事體重輕，何者事證明白，何者取法涉疑，明白者，即須歸結，涉疑者，更宜詳審，期在事理獄平，不致冤抑”[1]。如此諄諄囑咐，像個碎嘴婆婆，隻恨不得手把手教他們幹，一身化為千萬，在官員身旁嚴密監視著他們。對於京官，他則製定了《六部職掌》，把各部、司、科所有大小官員的崗位職責都製定得明明白白，連每個月用多少墨水錢都算得清清楚楚，這種管理可以說是非常精細化了。