在华生还没有赶到部队以前，第二次阿富汗战役就爆发了。1880年春，他被派往印度。到达孟买后，他听说自己的部队“已经穿过要隘，进入了敌人的腹地”。在坎大哈（现在因其是塔利班从前的据点而闻名）——当年7月被英军占领——他加入了自己的团。他在团里的任务很简单；很快他被调到伯克郡旅（第66步兵旅）并加入战斗——即迈旺德战斗，在那场战斗中伯克郡旅因其英勇抵抗而获得荣誉。在看到同伴“被撕成碎片”之后，华生左肩被一颗捷则尔枪弹击伤，打碎了肩骨，擦伤了锁骨下面的动脉。他的勤务兵默里显示出了忠诚和勇猛，把他扔到一匹驮马的背上，安全地带回英国阵地来，使得华生免于落入“凶残的嘎吉人”之手。
华生在白沙瓦的后方医院逐渐康复，可又不幸的染上几乎致命的伤寒病。病愈之后，他退伍回到英国，那是1880年末或者1881年初。他在英国无亲无友，住在斯特兰德街上一家旅馆里，依靠11先令6便士一天的伤员抚恤金勉强度日。他以前的一位助手小斯坦弗把他介绍给一位在寻找同住房客的朋友，华生的生活就此改变：
“这位是华生医生，这位是歇洛克·福尔摩斯先生。”
“您好，”福尔摩斯热情地说，“我看得出来，您到过阿富汗。”
华生和歇洛克·福尔摩斯同住一室，1881年3月他随同伴调查了一桩案件。案子结束的时候，华生向福尔摩斯说了一句事关重大的话：“真是妙极了！……应该让大家都知道你的这些本领。你应当发表一篇关于这个案件的报告。如果你不愿意的话，我来替你写。”
“你愿意怎么办就怎么办吧，医生，”他回答说。
华生确实这样做了，尽管直到1887年他才安排出版“陆军军医部医学博士约翰·H.华生回忆录”，很明显得到了阿瑟·柯南·道尔的帮助，书的名字是《血字的研究》。
威廉·吉列（选自当时的一个烟标）
如果约翰·H.华生具有苏格兰血统，那他就不可能不去参观爱丁堡那些保存着这位名家绘画的公共建筑和博物馆。实际上，他也许在华生·戈登的画室驻足过，汲取爱丁堡的艺术养分。他也许在那时遇见了年轻的阿瑟·柯南·道尔，因为柯南·道尔家也是有名的绘画世家。他也许和家人去过伦敦，在画廊看过华生·戈登的作品。华生对于艺术的迷恋在福尔摩斯案件记录中也表露无遗。华生的第一本书《血字的研究》，福尔摩斯就评价说十足的“艺术腔”。在《铜山毛榉案》中，福尔摩斯对比他和华生的观点说：“你见到这些星星点点散布于树丛间的房子，会为景色的秀丽而感叹。但我看到它们时，唯一的想法是这些房子互相隔离，很可能发生犯罪行为而不被人察觉，因此凶手就可以逍遥法外。”在《驼背人》中，福尔摩斯提到华生的小说称之为“你的作品”。
接着，1893年12月，一连串写给媒体的信件让他愤愤不已，那是已故的莫里亚蒂教授的兄长詹姆斯·莫里亚蒂上校写的，满是攻击福尔摩斯的言辞，华生下定决心披露那桩事件。他写道：
从“血字的研究”我们初次合作的那个时期开始，一直到他介入“海军协定”一案——毫无疑问，他的介入阻止了一场严重的国际争端。我本来打算就此停笔，绝口不提那件让我一生都感到空虚怅惘的案件。
接下来是关于歇洛克·福尔摩斯之死的痛苦回忆，华生赞美他是“我所认识的最好的人，最聪明的人”。
1904年到1913年间华生发表了十五篇小说，1914年，他迎来了似乎已经等待许久的呼唤：福尔摩斯要他协助侦破案件。在捕获德国间谍头子冯·鲍克的行动中，华生相对福尔摩斯来说只是个小角色，但是这两位老友又有了机会亲切地聊天，回忆过去的时光。“好啊，老华生！随着年龄的增长你还是老样子。”福尔摩斯说道。华生继续写作、出版，创作了福尔摩斯调查发生在苏塞克斯的谋杀案的长篇故事（《恐怖谷》，1915，可能发生在1888年），短篇创作持续到1927年，都是1904年以前的案子。奇怪的是，他把最后一批短篇小说结集为《新探案》（1927），阿瑟·柯南·道尔作序，而不是他自己（就好像1915年出版的短篇集《最后致意》）。
华生去世的时间不得而知，那些幻想福尔摩斯永生的人也设想华生仍然健在。但是，没有了福尔摩斯的帮助，这位“老军人”——他在1891年这样称呼自己——在好友兼合作者阿瑟·柯南·道尔故去不久之后也肯定也与世长辞。“一个庸人看不到别人比自己高明在哪里，可是一个才华横溢的人却能马上辨别出别人的过人之处。”华生在《恐怖谷》中这样写麦克唐纳探长，也许这就是说他自己。没有了天才的约翰·H.华生，福尔摩斯也许只能默默无闻。