民生公司兼並軍輪的過程頗為坎坷。原來，這些軍輪公司的經理們全是軍閥的三親六故，他們經營這一行已嚐到了大大的甜頭—— “虧本有東家，油水歸自己”。這樣的好買賣哪裏去找？盧作孚要拿走，他們怎麽舍得？
盧作孚在洽談過程中，做了很大讓步，出價很高，且婉言相勸。他後來說：“當時要收買的船，無論如何我總是主張不要惜錢，他要多少，我就給他多少。”他看得明白：在搬開了軍輪這個絆腳石後，民生的發展空間將會非常大，“在輪船收買以後的利益，至少比沒有收買的為多”。
民生公司從重慶到合川的航線雖然隻有幾十公裏，但卻跨越了兩個軍閥的防區。合川是二十八軍師長陳書農的防區，重慶則是二十一軍劉湘的防區。兩個防區交界處的北碚鎮，匪盜橫行，卻無人過問。航道即便通了，而“人道”不通，民生公司同樣無法前行。
秀才遇到兵，有理說不清。但為了統一航運，盧作孚隻得著手去打通軍閥的關節。陳書農好辦，用錢便疏通了；但是劉湘因為與楊森結怨，而盧作孚曾是楊森的親信，所以劉湘處處與他為難。盧作孚去找劉湘，劉湘甚至不麵見他。
盧作孚便采取迂回路線，重金收買劉湘所敬奉的算命先生劉從雲。劉從雲對劉湘說，盧作孚所辦的航運利於劉湘的風水五行，劉湘從此轉而支持盧作孚，甚至到後來越發器重。
楊森是盧作孚的朋友，盧作孚一張口，他手下的船就直接劃歸民生經營了；操作最困難的，是劉文彩屬下的“蜀通”、“南通”、“昭通”三輪。
劉文彩是四川省大邑縣人、四川軍閥劉文輝之兄。盧作孚曾經親自去敘府，與劉文彩麵商，希冀以一個公平的價格收購他的3條船。但劉文彩不願交出，“王顧左右而言他”。盧作孚隻得轉赴成都，與劉文輝商討。劉文輝早就不同意他哥哥經營航業，於是電令劉文彩無條件合並，後來又當麵斥責乃兄：“你們縱容底下的人辦輪船，這事是那樣簡單能辦好的嗎？應該交給盧作孚，湊合一個朋友，辦成一樁事業。”但劉文彩仍對其弟的命令陽奉陰違，一直拖到爆發了“二劉之戰”（劉湘、劉文輝之戰），這3條船落入了劉湘之手，才由劉湘將3條船租給民生公司使用。