1919年5月8日，北大校長蔡元培在兌現營救被捕學生的諾言後，悄然留下一封辭職書，於第二天早晨攜北大總務處職員段子均離開北京，經天津至上海轉杭州，借寓楊莊。至此，五四運動進入一個新階段。
章門弟子
蔡元培的不辭而別，在北大迅即引發一場權力衝突。9日一大早，北大會計黃幼軒在第一時間將蔡元培出走的消息告訴北大教授沈尹默。黃幼軒之所以知道蔡元培的行蹤，是因為他是蔡校長的郎舅。
沈尹默聞言大驚，旋即與馬裕藻、錢玄同、周作人等教授計議。馬裕藻等人不知所措，而沈尹默則沉著地告訴他們說，這是蔡先生信任我們，他走了，學校要靠我們大家維持下去。大家想想這話對，就開評議會商量，於是評議會掌握了學校實權，對外行文，決定以北大全體學生的名義呈請政府挽留蔡元培，學校日常事務由評議會負責。沈尹默儼然成為北大實際負責人。
沈尹默，原名君默，原籍浙江吳興，生於陝西漢陰。從籍貫上說，他與蔡元培、馬裕藻、馬敘倫、錢玄同、周作人等教授是浙江老鄉，與錢玄同是湖州小同鄉。1905年，沈尹默與其三弟沈兼士自費留學日本，後因家境困難，不到一年就返回國內，而沈兼士考取日本鐵道學校，留日攻讀，並成為章太炎在日本的弟子。
或許是因為沈兼士的緣故，沈尹默回國後也被學術界視為章門弟子，而章門勢力如日中天。特別是嚴複辭去北大校長後，相繼代理北大校長的何煜時、胡仁源等都是浙江人，都信服章太炎的學問，所以相繼將章門弟子引進北大，北大一時間成為章門天下。當此時，沈尹默因章門關係到北大擔任教授。
嚴複職掌北大時，因個人愛好和人際關係比較重視“桐城派”人物，一批“桐城派”學者到北大任教。而待到嚴複離職，浙江人主政，“桐城派”勢力在章門弟子緊逼下逐步萎縮。章門弟子在反對“桐城派”或其他派別時高度一致，他們認為嚴複所用人物都已過時，應該讓位，北大講堂應該由章門弟子去控製。