章太炎抵達台北後，經上海《亞東時報》的日本友人山根虎雄、安藤陽洲的介紹，前往《台灣日日新報》當記者。
《台灣日日新報》是台灣日治時期第一大報，創辦於1889年4月，社長為日人守屋善兵衛，主筆為木下新三郎，中文部主任編輯韌三衣州。這個刊物帶有很強的官方背景，也是從先前幾份各方報紙整合而來，獲得了台灣總督兒玉源太郎和民政長官後藤新平的大力支持，因而需要有文采、有思想的編輯和記者。大約正是這樣一種背景，章太炎才來到台灣，出任該報記者。
在台灣，章太炎寓居在報社提供的宿舍中，並不常去報社，主要在家寫稿，同時幫助日人館森鴻修訂詩文。章太炎還通過館森鴻和台灣的許多名流雅士交往，這些名流雅士中也有一些日本人，這也為章太炎後來前往日本提供了條件。
章太炎滯留台灣時，為《台灣日日新報》撰寫了一批文章和詩詞，這些詩文展現了章太炎的才華和思想，也為他贏得了巨大的聲譽，使他從先前囿於東南一隅的地方聞人很快竄升為全國性的政治人物。
如果就思想發展的脈絡看，章太炎在1898年秋天政治大逆轉之前，對於康有為的政治變革思想其實還有很大的保留。他雖然接受譚獻、孫詒讓等人的建議，暫時放棄了從學術上痛罵康有為，但決不意味著他能夠認同康有為的那些主張。張之洞之所以看上他、邀請他前往武昌創辦主持《正學報》，其實就是因為張之洞發現，或者是經過其幕僚錢恂發現，章太炎的思想與康有為有著很大區別，可以在某種程度上利用章太炎去反製康有為。即便章太炎在張之洞那裏掃興而歸，他們也沒有在對待康有為的立場上有什麽分別，他們的分手別有原因。
到了上海，章太炎加盟汪康年主持的《昌言報》。不僅《昌言報》的背景是張之洞，而且《昌言報》之所以得以創辦，也是因為汪康年與康有為、梁啟超決裂，所以章太炎在《昌言報》的那些日子，應該說依然無法認同康有為、梁啟超的學術主張和政治主張，盡管康梁師徒在北京很火，很得勢，畢竟汪康年此時與他們鬧得不可開交，而章太炎此時又是汪康年的同盟者。所以，可以肯定的是，在北京1898年9月下旬發生政治大逆轉之前，章太炎即便不是康有為、梁啟超的死對頭，也算不上同盟者。