1901年8月，逃亡中的章太炎經好友吳保初的介紹，前往蘇州的東吳大學教書。
東吳大學是美國傳教士創辦於1900年以宮巷書院為基礎，合並博習書院、上海中西書院而成的，第一任董事長為美國著名傳教士林樂知，校長為孫樂文。由於是美國人創辦和主持，因而東吳大學充滿自由討論的風氣，這對章太炎在那裏自由自在地暢所欲言提供了良好的外在條件，從而使其排滿革命的思想獲得充分發揮。
章太炎的業師俞樾此時移居蘇州，章太炎到蘇州後去拜訪了老師。老師早就從其他渠道知道章太炎已經開始了排滿革命，因而見麵伊始就大罵章太炎不忠不孝，號召弟子鳴鼓而攻之。章太炎當麵辯解說，弟子追隨先生治經多年，現在中國人的那點經學，按照先生說法，其實都來源於顧炎武。顧炎武之所以如此重視經學，其實就是要讓後世中國人推尋國性，明華夷之辨。章太炎的辯解當然無法說服老先生，師徒二人就此分道揚鑣各奔東西。章太炎隨後寫了一篇名文《謝本師》，認為先生既對儒家經學有深人研究，又博覽群書，哪有不知道戎狄豺狼之說，那麽老先生為什麽還那樣替滿洲人辯護呢？章太炎認為，這就是吃人家的嘴軟，拿人家的手短了。老先生既然接受滿洲人的授職任編修，那總得對得起這份名義和這份俸祿。章太炎的解釋或許太過功利化，但他與業師俞樾就此脫離師生關係的真相可能還有重新思索的餘地。換個角度想想，章太炎將要從事的是一份充滿風險的大事，成功了，為新朝元勳，功績卓著；失敗了，那可是滿門抄斬，株連九族。章太炎此時如此高調宣布與乃師脫離師生關係，究竟是出於對老師的憤恨，還是出於對老師的保護呢？我們似乎可以從比較善意的角度去考慮。