“支那亡國紀念會”不久，章太炎又回到了國內，根據自己的思想變化，在故鄉餘杭安心修訂《煊書》，使這本成名作日趨經典化，於是文風漸變。
章太炎返回故裏前後，蔡元培和葉瀚、蔣智由、黃宗仰、林白水、王季同、汪德淵等人在上海發起成立中國教育會，期望通過教育造成理想的國民，以建立理想的國家。所謂理想的國民，就是具有共和理想和習慣；所謂理想的國家，就是共和國。
1902年冬，南洋公學發生學潮，學校為嚴肅校紀開除了幾名學生，全校學生兩百多人為了聲援這幾名學生宣布集體退學。
為了接納這些學生，也為了培養革命力量，南洋公學教員蔡元培遂以中國教育會會長的名義勸告這些學生不要散，而是結合起來成立一所新學校，繼續完成學業。
1902年冬，蔡元培等在上海創辦愛國學社，章太炎等任教員。圖為該社師生在開學時的合影。
在各方力量幫助下，新學校很快成立起來了，名字就叫“愛國學社”，蔡元培任總理，吳稚暉任學監，章太炎、蔣維喬、葉瀚等都是愛國學社的教員。
在愛國學社任教時期是章太炎思想發展的重要階段。他通過課堂將自己的排滿革命思想向青年學生廣泛傳播，號召學生樹立人人平等的思想，敢於造反，徹底放棄保皇等不切實際的政治幻想，堅定推翻滿清，重建漢民族國家的政治信念。
1903年的上海，正在醞釀著新的政治**。清政府在1901年宣布開始的新政，至此開始有了政治上略微鬆動的跡象；1900年沙俄乘義和拳戰爭而強占東北領土的行為，也為中國人的憤慨。於是，各種各樣的集會差不多都以拒俄為政治訴求，抗議沙皇俄國拒不從東北撤軍。這樣的集會，在某種程度上說是政府的外交後援，因而即便得不到政府的批準和支持，至少也不會受到鎮壓或遏製。