章太炎是絕對支持黎元洪的，但對黎元洪的一些做法有時也不是全部認同。黎元洪拉攏李經羲、徐世昌等人，章太炎就非常反感和反對，他也找準一切機會提醒黎元洪，甚至直接出麵大罵李經羲本為民國叛逆，不宜出任民國總理；對於徐世昌，章太炎同樣給予不客氣的譏諷，嘲笑徐世昌本是袁世凱的老相國，怎麽突然間又對民國總理有了興致？他告誡黎元洪不要心存幻想、心存僥幸，與狐謀皮，很可能就被這些老狐狸給賣掉了。
1917年6月，張勳複辟。
黎元洪雖然對章太炎相當尊重，但他也有自己的考慮，不可能對章太炎言聽計從，結果引狼入室，被張勳趕下台，甚至演變成帝製複辟，民國法統一夜之間給弄丟了。
對於北京政局演變，章太炎始終高度關注。張勳複辟的第三天即黎元洪離職第二天（7月3日），章太炎就與孫中山、唐紹儀、程璧光、陳友仁等海陸軍官會商，決定出師討逆，重建共和，重建民國，一定要將這場民主與專製、共和與帝製的鬥爭進行到底。商量的結果，他們在章太炎的建議下，一方麵想方設法準備將躲在日本使館的國家元首黎元洪營救出來，並將他迎接到南方重組政府；另一方麵他們決定與西南各省實力派火速協商，建設臨時政府，公推臨時總統，以圖恢複。
根據協商，章太炎和孫中山、朱執信、廖仲愷、何香凝、陳炯明等人於7月6日乘坐軍艦離開上海，他們準備在廣東建立臨時政府，根除元凶，恢複約法。10日，章太炎、孫中山一行抵達汕頭。為了能夠在廣東順利建立臨時政府，章太炎率領陳炯明、朱執信等人沒有在汕頭逗留，當天趕往廣州，與廣東督軍陳炳焜、省長朱慶瀾協商相關事宜，要求他們拒絕承認北方政治局麵的變化，不要承認段祺瑞複職，不要承認馮國璋的代理大總統，不要承認國會解散和內閣重組，堅定支持孫中山和臨時政府恢複民國、重建共和。