一般認為，秦王朝焚書坑儒，雖殃及諸子和各家學說，但儒學受害最深，幾遭滅頂之災而損失殆盡。“漢興，去聖帝明王遐遠，仲尼之道又絕，法度無所因襲。時獨有一叔孫通略定禮儀，天下惟有《易》卜，未有它書。至於孝惠之世，乃除挾書之律，然公卿大臣絳、灌之屬，鹹介胄武夫，莫以為意。至孝文皇帝，始使掌故晁錯從伏生受《尚書》。《尚書》初出屋壁，朽折散絕，今其書見在，時師傅讀而已。《詩》始萌芽，天下眾書往往頗出皆諸子傳說。猶廣立於學官，為置博士。在漢之儒，惟賈生而已。至孝武皇帝，然後鄒、魯、梁、趙頗有《詩》、《禮》、《春秋》先師，皆起於建元之間。”[1]這種說法，影響甚大，它給人造成的突出印象，似乎在漢初幾十年裏，儒學先師雖偶有存在，儒學諸書雖偶有發現，但儒學作為一個整體似乎已經滅絕，不複存在。其實，實事求是地考諸文獻和揆諸情理，這種說法是難以成立的。
前麵說過，焚書坑儒的實際效果與焚書坑儒者的主觀願望恰好相反。不僅非儒學派仍然得以流傳和發展，即使儒家學說與典籍也不可能遭到根本性的破壞。
西漢建國之初，為劉邦製禮作樂的叔孫通來自儒學故鄉——魯國，他不僅作為“故秦博士”服務於秦二世之時，而且在為劉邦設計禮儀之時曾在魯國率百餘名弟子操練演習。由此不難看到，即使在焚書坑儒之後，仍然有相當數量的儒生幸免於難，且繼續為秦王朝服務。[2]
司馬遷曾準確地指出：“及秦之季世，焚《詩》、《書》，坑術士，六藝從此缺焉。陳涉之王也，而魯諸儒持孔氏之禮器往歸陳王。於是孔甲為陳涉博士，卒與涉俱死。”[3]這裏有兩點值得注意，一是司馬遷僅用“缺”字，而不是“六藝從此絕矣”，足見其用心之良苦；二是所謂坑儒者雲，似也僅是一些不軌的“術士”伏法而已，而魯國諸儒如孔甲者流仍然相當活躍。