胡惟庸黨案的真相，到底如何，即明人亦未深知，這原因大概是由於胡黨事起時，法令嚴峻，著述家多不敢記載此事。到了事過境遷以後，實在情形已被淹沒，後來的史家隻能專憑《實錄》，所以大體均屬相同。他事有不見於《實錄》的，便隻能閉戶造車，因訛傳訛，所以極多矛盾的同時記載。正因為這許多記載之曖昧矛盾，所以當時人便有懷疑它的。鄭曉以為：“國初李太師、胡丞相、藍國公諸獄未可知。”(13)王世貞是明代的一個偉大精核的史學家，他的話應該可信了，他說：
胡惟庸謀逆，陰約日本國貢使以精兵裝巨舶，約是日行弑，即大掠庫藏，泛舟大海，事泄伏誅。上後卻日本之貢以此。(14)
他的兒子王士騏卻不惜反對他的話，對這事件深為致疑，他以為：
按是年（十三年）誅丞相胡惟庸，廷臣訊辭第雲使林賢下海招倭軍，約期來會而已。不至如野史所載，亦不見有絕倭之詔。本年日本兩貢無表，又其將軍奉丞相書辭意倨慢，故詔諭之。中雲：“前年浮辭生釁，今年人來匪誠。”不及通胡惟庸事，何耶？近年勘嚴世蕃亦雲交通倭虜，潛謀叛逆，國史謂尋端殺之，非正法也。胡惟庸之通倭，恐亦類此。(15)
由此可見這事件的可信程度正如徐階所授意的嚴世蕃獄詞一樣。按《明史》載世蕃獄具，徐階以為彰主過，適所以活之，為手削其草。(16)略雲：
曩年逆賊汪直勾倭內訌，罪在不宥。直徽州人，與羅龍文姻舊，遂送十萬金世蕃所，擬為授官……龍文亦招聚王直通倭餘黨五百餘人謀於世蕃。班頭牛信亦自山海衛棄伍北走，擬誘致北虜，南北響應……(17)
於是覆勘實以“交通倭虜，潛謀叛逆，其有顯證”上，嚴家由是方倒。獄辭中通倭誘虜二事，恰好做胡惟庸事件的影子。