1917年7月，伍廷芳和海軍部長程璧光率領海軍南下，孫中山先生也到了廣州，主張“護法”在廣州組織軍政府，非常國會選孫中山為大元帥，聯合廣東、廣西、雲南、貴州、四川、湖南等省，對抗北洋軍閥段祺瑞政府。1917年年底熊克武驅逐了劉存厚，統一了四川，要我代表四川省參加軍政府。我於1918年2月到廣州見了中山先生，隨即又回北京把所負華法教育會的工作進行了交代，6月才去廣州任職。原來軍政府初成立，在很大程度上要依靠桂係和滇係軍閥的力量，我們當時以為滇桂軍閥與北洋軍閥有矛盾，可以利用他們來為革命服務，而且他們實力較小，不象北洋軍閥那樣跋扈難製，有可能團結他們，使他們服從中山先生的領導。不久就證明：這種想法是十分錯誤的。軍政府成立後，野心勃勃的桂係軍閥陸榮廷、莫榮新暗中一直在和北洋軍閥勾結，並且跟我們大鬧幕後磨擦。軍政府成立不到一年，中山先生終於被排擠，1918年5月由廣州回到上海。他在辭職通電中痛斥桂係軍閥說：“南與北一丘之貉。”中山先生這時真是傷心憤恨到極點了。
當1918年6月我再到廣州的時候，孫中山先生已經到上海去了。7月間軍政府改為七總裁製，中山先生也被列為七總裁之一，我當時曾到上誨勸中山先生就職，他未同意，我又勸他可派代表去應付，他答應了。我們當時仍想團結各方麵的力量來抵製桂係，以圖補救大局於萬一。我們所能團結的力量有南下的國會議員和海軍，有各省軍的代表，有中山先生的嫡係部隊——陳炯明所統率的粵軍，還有廣東的一些地方派人物。桂係特別把陳炯明部視作眼中釘，千方百計想消滅它，陳炯明部被迫退駐在福建的漳州，不能回粵，情形很危險。這時軍政府內部展開了激烈的鬥爭，我們揭露桂係和北洋軍閥勾結的事實，反對桂係排擠粵軍，極力保全陳炯明部。在會議上，我常常和站在桂係方麵的政學係政客爭吵起來。桂係軍閥恨我入骨，要求四川省被換我的代表職務，到了1919年他們策劃達成南北和議時，我就不再當代表了。