於崇禎而言，在諸多棘手難題之中，除了令人頭疼不已的財賦困境之外，最為關鍵且緊要的便是軍權的掌控。如何巧妙而有效地將那些驕兵悍將牢牢地掌控於自己的股掌之間，使其成為鞏固大明江山的堅實力量，而非威脅統治的不安定因素，崇禎可謂是絞盡腦汁，費盡了一番心思。
為了能更為順利地將兵權緊緊抓在手中，崇禎毅然決然地下令對早已形同虛設的五軍都督府進行大刀闊斧的改革，將其改製為大都督府，期望以此為契機，重塑軍事指揮體係，強化皇權對軍隊的絕對掌控力。
明朝立國之初，五軍都督府的權力很大，各都督不僅負責管理衛所的訓練與生產，還可參與到明朝中央軍事決策中。但是五軍都督府對軍隊無調遣權，其調遣之權由皇帝直接掌管；兵部在軍隊中雖有任免、升調、訓練之權，但不統兵。這就保證了皇權對兵權的掌控。
隻是天有不測風雲，土木堡之變這一重大曆史變故如同一顆巨石投入平靜的湖麵，徹底打破了原有的軍事權力格局，使之漸漸發生了根本性的改變。
在京師保衛戰中，兵部尚書於謙挺身而出，以一己之力挽狂瀾於既倒，扶大廈之將傾，成功擊退敵軍，保衛了京師的安全。此等豐功偉績深深地銘刻在世人心中，也在無形之中給世人留下了一種深刻而強烈的印象：關鍵時刻，還是得依靠文官的智慧與力量。故而景泰帝登基之後，便任命於謙提督京營，自此，兵部的地位如日中天，開始迅速崛起，而五軍都督府的權力則如夕陽西下，逐步走向衰落，漸趨式微。
隨著時間的推移，局勢愈發嚴峻，連衛所將領的選拔和更替、衛所士卒的操練等關鍵事務都被陸續收歸兵部掌管，五軍都督府的權力範圍急劇萎縮，最後僅剩下管理軍戶戶籍和屯田等寥寥無幾的事務，往昔的輝煌早已不複存在，其地位已然一落千丈。待到後來，就連這僅剩的管理軍戶戶籍和屯田的權力也被無情地收歸兵部，至此，五軍都督府徹底淪為一個徒有虛名、有名無實的空殼部門。