朝堂之上，諸事繁雜，猶如一團亂麻，千頭萬緒，亟待梳理。崇禎深知，欲使南明政權得以穩固，絕非一朝一夕之功，隻能循序漸進，慢慢將其理順。
而在當下這諸多事務之中，對於崇禎而言，最為關鍵且緊迫之事，自然當屬全力整頓好南明政權的防線，以抵禦外敵的侵襲，守護大明的半壁江山。
崇禎的戰略防禦思想傾向於保守，此乃事出有因。他對目前明軍的整體戰鬥力並未抱有過高期望，畢竟曆經多年的戰亂與動**，明軍的士氣、訓練水平以及裝備狀況皆參差不齊，難以令人樂觀。再者，執掌重兵的將領之中，能夠真正讓崇禎信賴、委以重任的可靠人選實在是寥寥無幾。在這種情形之下，崇禎認為當務之急乃是先穩固防守這半壁江山，確保根基不失，而後再謀劃其他長遠之計，方為明智之舉。
當務之急，南明朝廷急需沿長江構建起第一道堅固防線，長江作為天然的屏障，若能善加利用，可在一定程度上阻擋敵軍的南下步伐。
守長江，必先擁有一支能夠有效封鎖長江水域的強大水師力量，此乃重中之重。故而崇禎毅然下詔，調馮鎧章所部水師移防采石磯，此地地理位置險要，是長江防線的關鍵節點之一；令黃斌卿駐守九江，九江乃長江中遊的重要樞紐，掌控此地，可對中遊江麵形成有力威懾；又命鄭鴻逵駐鎮江，鎮江位於長江下遊，與揚州隔江相望，共同構成了長江下遊的防禦核心。通過這一精心部署，初步構建起了長江防線的基本框架。
並且，崇禎決心在此基礎上大力擴充水軍力量，力求打造一支水上勁旅。
他將長江沿線細致地劃分為多個防區，依據各個防區水情的不同特點，有針對性地配備相應的水軍艦隊，以實現因地製宜、靈活防禦的戰略目標。