曾國藩奏出在籍終製之折，正在料理竹亭封翁的葬事。一天奉到批折，不允所請，並且催促假滿回營視事，曾國藩哪裏就肯遵旨辦理。五月裏葬過竹亭封翁，六月又上一折，仍舊瀝請終製。批回之折，仍不允請，且有移孝作忠之語。曾國藩到了九月，因見江西軍務漸有起色，複又委委曲曲的奏上一本。說他父亡至今，方寸猶亂，就是勉強遵旨回營，對軍務也難盡心調度，與其遺誤於後，不如聲明在前。朝廷見他說得十分懇切，方才允準；並命將曾國荃的吉字一軍，交與旗人文翼和陳-人分統。曾國華的統領職務，交與王鑫代統。
王鑫本為曾國藩一手提拔之人。對於作戰計劃，頗有一點特別長處，廣昌一役，倒也大打幾次勝仗。不防駐紮樂安的敵軍，率了大隊，回竄吉安，官兵寡不敵眾，周鳳山的一軍，首先潰敗，於是王鑫、劉騰鴻的兩軍，不能立足，兩人一同陣亡。那時江西巡撫，又擢旗人耆齡署理。耆撫台因見連喪湘軍幾員健將，派人麵請曾國藩以國事為重，請他命他兄弟曾國荃，擔任總統一職，以救江西生靈。曾國藩也念國事方艱，便命曾國荃速行就任。曾國荃方始進駐吉安，仍以他那吉字一軍，做他坐營。
沒有多久，忠王李秀成已命賴漢英、洪宣嬌、陳玉成、馮兆炳四個，各率精兵一二十萬，合計五六十萬之眾，從那饒州、撫州兩路，直趨吉安。曾國荃親打頭陣，即於鹹豐七年十二月中旬，首先克複臨江府城。同時楊載福、張運蘭、王開化、趙文群等人，先後殺退賴漢英、洪宣嬌、陳玉成、馮兆炳等等的四路人馬。賴洪陳馮四人，因見江西不能立足，即向浙江竄去。
此時左宗棠因丁內艱，已回原籍守製。鹹豐皇帝隻得親自書寫一道廷寄，飛遞曾國藩那裏，命他馳驛浙江，督辦軍務。曾國藩到此，隻好墨敬尤鄭即日治裝，先到長沙，奏報起程日期。又由武昌經過九江，直達南昌。救援浙江的一切軍隊，都集河口鎮上。彭玉麟聽得曾國藩到了南昌，親從湖口前去迎接。曾國藩僅在湖口小住幾天，八月下旬，即到河口大營。又因駐守福建的敵軍陳開、李世賢、陳國瑞、苗沛霖、李昭壽各帶重兵，進陷廣豐、玉山兩縣；江西又極緊張。曾國藩指揮各路人馬，與敵作戰，未能馳往浙江。後接安徽巡撫李續賓的公文，也要曾國藩前去相助。曾國藩隻得命國華兼程前往。曾國華去了未久，又接李鴻章、劉秉璋二人的公文，都說情願各率大隊淮軍，去克江蘇。曾國藩知道李鴻章手下，有那劉銘傳、程學啟；劉秉璋手下有那徐春榮，同弟徐春台，都很可靠。當即回文允諾。