公元1279年二月，元朝滅亡了南宋，完全統一中國，勢力更為強盛。到了公元1281年，忽必烈再次下詔東征，派出兩路大軍：一路由忻都、洪荼丘率領4萬作戰部隊，戰船900艘，從朝鮮出發；一路由範文虎率領攜帶農具、稻種的10萬江南屯田部隊，戰船3500艘，從揚子江口出發。兩軍約定於六月中旬在壹岐會合，作戰部隊主管作戰，屯田部隊在被占領區屯田，以為長久之計。
六月初，負責作戰的元東路軍進展神速，不待江南軍到來，先繞過了對馬和壹岐，直接南下侵入博多灣，攻克了誌賀島。然而因為日本幕府方麵預先做好了比較充分的準備，在博多附近建起了牢固的石堤，使元軍的戰艦在到達日本近海時，竟找不到一處可以登陸的地點，隻好停泊在海麵上等待時機。
在停泊於海上的一個月裏，元軍進行的幾次強行登陸作戰都宣告失敗，並且一直遭到河野通有、草野四郎等人所組成的海上敢死隊的襲擾。船上作戰，全靠個人水性和武力拚鬥，元軍的步兵集群戰術根本無從發揮，因此雙方互有損傷，誰都無法真正改變戰局。元軍被迫退到肥前的鷹島，等待江南軍趕來會合。
六月底，元江南軍的先遣部隊攻入壹岐，七月初，南北兩軍終於完成會合。然而就在即將發起總攻的七月三十日，元軍再次遭到台風的猛烈襲擊，大部分兵船沉沒，生還者還不到1/10——這次對日本的失敗遠征，史稱“弘安之役”。
元軍兩次來侵，都因台風驟起而遭到慘敗，這隻能說明忽必烈敵情搜集和出征的準備不充分，以及指揮官不知天時風候，顢頇無能。然而在日本方麵看來，兩次驟起的台風如有神助，因此尊稱為“神風”，認定日本島國有天神庇佑，永遠不會淪亡——就是這種愚蠢而驕傲的心理，600多年後才會讓他們欲哭無淚。
拉回來說歡慶勝利的幕府。戰爭雖然打贏了，敵人雖然退去了，但幕府卻從此背上了沉重的負擔。元朝是如此龐大，隨便發動一兩次遠征，扔個數萬人，對國民生計都不會造成太大影響，而麵對這樣的敵人，數年來積極備戰的鐮倉幕府，卻已經庫房空虛，財政緊張了。
更要命的是，戰鬥既然打贏了，總該獎賞有功之將吧。按照幕府的傳統，禦家人應當一心“奉公”，而幕府要公平“恩賞”，恩賞的內容則不外乎土地和莊園。比如“承久之亂”的時候，北條泰時就流放了大批公卿，沒收其莊園和土地以賞賜有功的禦家人。然而這次打的是防禦戰，根本沒能獲得新的土地，又拿什麽來賞賜那些奮戰在第一線的九州武士呢？
幕府無力行賞，禦家人們或許可以暫時咽下這一口氣，然而這些禦家人自己也有一族，有家來，有臨時拉出來的領地上的農民，不可能要求這些人也都秉持著對幕府或主家的忠心不要賞賜。於是禦家人隻好大量侵占公地以獎賞臣下，這些新被侵占的土地和莊園，並非幕府恩賞，也不可能得到幕府的承認，而是獨立於幕府經濟體係之外的。就這樣，幕府對禦家人和對全國大小莊園的控製力開始減弱。
饒是如此，仍有大批武士破產，而相對的，“百姓名主”中倒有相當數量因發戰爭財而上升為武士階層。這些新武士和舊的禦家人不同，和鐮倉幕府並無嚴格意義上的主從關係，他們為了保護自己的土地以及土地上的產品，經常阻礙幕府對年貢的征收，甚至武裝襲擊和奪取運送年貢的車隊。當時稱這些新武士集團為“惡黨”，惡黨首先出現在近畿地區，逐漸蔓延到日本各地，甚至很多不滿幕府統治的地頭和守護也逐漸與惡黨們暗中勾結起來——後來聲威赫赫的楠木正成，本就是河內的惡黨頭子。
以上所述，都是文永·弘安兩次蒙古來侵給日本社會造成的不安定因素，這些不安定因素舊已有之，因為戰爭的刺激開始泛濫並且日益嚴重。此外，日本家族製度的變更，也給幕府統治帶來了相當大的影響。
日本古代家族，表麵上看是屬於家名繼承製，實際上則屬於諸子析產製，也就是說，一門總領世代相傳給嫡子（沒有嫡子的情況則另論），並且隻傳一人，然而老子隱居或去世，名下財產卻是平均分配給各個兒子的。本家的一門總領掛個家督的空名頭，他的實力未必比得上那些分家，分家隻是在家族完整的前提下聽命於總領而已。
正因為這樣，禦家人的領地經過很多代以後才越分越細，就算分家沒有離心傾向（打敗元軍以後，基於財政上的考慮，這種離心傾向越來越嚴重），一百隻羊集合在一起，也比不上一頭獅子。於是很多家族逐漸從諸子析產製向總領繼承製方向轉化，即老爹隱居或死後並不分家，財產都由一門總領繼承，別的兒子都得靠這個新總領養活。
為了保持禦家人的活力，鐮倉幕府鼓勵這種新的轉變，而在執權北條氏內部也加強得宗。事實上，從北條時賴直到鐮倉幕府滅亡，一共有12名執權粉墨登場，但是握有實權的卻隻有出身得宗的時賴、時宗、貞時與高時4人而已。
然而北條氏可以這樣搞，別的家族若也這樣搞，那勢力就會越滾越大，甚至逐漸強大到足以和北條氏相抗衡。這種繼承製從諸子析產向總領繼承方向的轉化，事實上經過了近300年的漫長時間才得以徹底完成，新舊輪替所產生的動亂先後搞垮掉兩個幕府——第一個就是鐮倉幕府。
霜月騷亂
對抗元軍入侵的戰爭耗盡了幕府的資金儲備，幕府不但無力獎賞在戰爭中有功的禦家人，甚至連戰爭時禦家人所花費的軍餉都無力報銷，許多禦家人因此而破產——這雖然相當無奈，卻也是情理中事。然而，事實上幕府資金儲備的相當數量卻並非消耗於戰爭，而是為了祈禱勝利，寄存在了各地的神社、寺院中，這才是真正使禦家人憤慨不已的。
為了拉回日益遠去的禦家人的心，擺脫困境，幕府不得不於永仁五年（公元1297年）頒布《德政令》，允許禦家人在向商人借款後賴賬，於是這不但引起了商人們的憤怒，更使得此後禦家人告貸無門。再加上農民負擔加重，全國各地惡黨林立，交通斷絕……種種弊端叢生，鐮倉幕府和北條執權體係，從此日薄西山，難以複振了。
且說北條時宗死於弘安七年（公元1284年）四月四日，年僅34歲。時宗是幸運的，他能被譽為明君，全因擔任執權的大部分時間都在想方設法抵禦元軍入侵，等到戰事平息，他就留下一個爛攤子，然後咽了氣，人生再無汙點。他把爛攤子留給了兒子、年僅14歲的北條貞時，貞時也算是一位中規中矩的統治者，然而統合人心外戰則易，統合人心內治卻難，他在位的第二年就爆發了“霜月**”。
這次**來源於因得宗而使“禦內人”與禦家人的嚴重對立。所謂禦內人，即北條得宗的家來，相對而言，作為幕府家來的“禦家人”也被稱為“外樣”。弘安八年（公元1285年）十一月，北條貞時的外祖父、代表外樣權益的肥後守安達泰盛與代表禦內人利益的內管領平賴綱發生衝突，十七日，賴綱突襲安達泰盛在鐮倉的府邸，經過激戰，將安達一族盡數剿滅。日本古稱十一月為霜月，這就是“霜月**”一詞的來源。
這一次衝突與其說是**，不如說是戰爭，整個鐮倉都卷入戰火，連幕府將軍惟康親王的府邸也在戰鬥中焚為灰燼。因為安達一族的覆滅，外樣勢力受到沉重打擊，上野、武藏等幕府統治中心地區的大批禦家人受此牽連，紛紛被殺或者自殺，據說總數超過了500人。從北條氏執權的角度考慮問題，得宗因此事件更為強化，獨裁更為穩固，但把目光放長遠一些，從整個幕藩體製考慮問題，鐮倉幕府的力量卻因此遭到了重大的削弱。
傳說有一位名叫足利家時的武士也在此後不久自殺。家時乃是源氏的八幡太郎義家的七世孫，義家想將源氏勢力伸入陸奧，結果失敗了，據說他曾留下一篇文書，稱“我七代以內的子孫要替我取得天下”。到了足利家時的時代，他羞愧於無法完成先人的意願，於是切腹自盡，並在臨終前向八幡大菩薩祈禱說：“自我以下，三代以內子孫必將取得天下。”
後來家時的孫子足利尊氏果然推翻了鐮倉幕府，建立室町幕府，此乃後話。我們要說的是，家時的祈禱頗為可信，源義家的“七代取天下”的文書卻僅僅是傳說而已，考究家時的自盡，大概也是起因於“霜月**”的餘波，他為了一肩扛起來自於北條得宗的迫害，所以含恨飲刃。
“霜月**”使平賴綱的勢力更為膨脹。賴綱此人，本是平氏一門平資盛的後人，其祖父盛綱是前執權北條泰時的家臣筆頭（筆頭指首席），被任命為執事，也就是家族事務長官。泰時本是北條得宗，所以執事就是負責管理北條得宗的土地、統領禦內人的重要職務，同時在相關幕府政治的很多方麵，執事也是北條得宗的代理人。
平盛綱以下，三代承襲執事的職務，到了平賴綱擔任此職的時代，這個職位已被改稱為內管領，隨著得宗的加強，內管領的權力也日益膨脹。文永九年（公元1272年）二月，也就是元軍來侵前不久，北條一門的名越時章、教時兄弟被誣陰謀推翻得宗統治，遭到討伐，討伐軍主帥正是內管領、同時擔任侍所所司的平賴綱。然而時隔不久，這個案子就被徹底翻了過來，討伐方有功之臣5人被斬，若沒有安達泰盛相助，恐怕連平賴綱本人也要吃不了兜著走了。
當時幕府的重臣合議製已形同虛設，代之以得宗內部的重臣合議，北條時宗經常在其私邸山內殿舉行秘密會議，稱為“寄合”，參與人除時宗本人外，還有平賴綱、安達泰盛和問注所執事太田康有、得宗的被官（也是代理人）佐藤業連。站在不同階層立場上的賴綱和泰盛無疑會在各種大政方針上針鋒相對，矛盾頻繁，所以賴綱才終於不顧救命之恩，對安達泰盛下了黑手。
“霜月**”以後，平賴綱成為了幕府實際上的統治者，他大肆迫害與安達一族有關聯的禦家人，比如吉良、三浦、小笠原、二階堂等有力禦家人家族。到了永仁元年（公元1293年），執權北條貞時已經19歲了，對賴綱的專權表示強烈不滿。當年四月，平賴綱長男宗綱密報幕府，說賴綱陰謀策劃立其次子飯沼宗助為幕府將軍，於是貞時趁著鐮倉大地震的機會，派兵剿滅了賴綱一族，殺死90餘人（宗綱被流放）。因為賴綱此時已經出家為僧，故此史稱“平禪門之亂”。