京方的足利幕府，能夠最終取得南北爭亂的勝利，很大程度上得益於足利義詮對在鄉武士和各地守護的妥協讓步。正平七年（北朝文和元年，1352年），足利尊氏以其子義詮的名義發布了《半濟法》，即允許守護以征收“兵糧米”為名，獲取屬於公家、貴族和寺社莊園年貢總數的1/2。這一政策最早在近江、美濃和尾張三國執行，足利義詮當政時逐漸擴大到北朝所控製的所有領地。
根據這一法令，各國守護得以加強對領內莊園的控製，能夠更有效地把莊園武士征召從軍，同時更有效地把在鄉武士團結在自己身邊，軍事實力逐步增強。正是靠著這一點，京方軍隊才在義詮和義滿時代不斷取得輝煌戰果，最終把南朝逼得無路可走，隻好乖乖交出神器，讓出政權。
當然，這種莊園經濟向守護的領國經濟轉化的趨勢，強化的隻是作為整體的京方，而非足利幕府本身，這柄雙刃劍在消滅了“朝敵”以後，反過來也砍向足利幕府將軍，這卻是尊氏、義詮兩代都根本無法預料的。到了足利義滿時代，很多家族身兼數國守護，軍事力和政治影響力都足以威脅幕府統治，義滿費盡畢生心力，也終究無法徹底解決這一問題。
且說這位足利義滿將軍，倒也算是一代雄主，他繼任幕府將軍的時候年僅11歲，掌握實權的乃是執事細川賴之。細川氏本是足利氏的同族，細川俊氏生公賴、賴貞兄弟，賴貞有三子，其一就是前文提到過的大名鼎鼎的細川定禪，公賴也有三子，並為足利尊氏麾下大將，是為細川和氏、細川師氏和細川賴春——細川賴之是賴春之子。
正平十六年（北朝康安元年，1361年），由於受到佐佐木高氏（道譽）的挑撥，細川和氏之子清氏投降南朝，隨即殺入京都，迫使足利義詮和後光嚴天皇逃往近江。次年（公元1362年）七月，細川賴之在讚岐白峰城大敗細川清氏——清氏或許就歿於是役，總之從此消失了蹤影。賴之因有戰功，節節攀升，最終成為幕府執事，並且足利義詮臨終前，也把年幼的兒子義滿托付給於他。
足利義滿前期的對南朝戰爭，基本上都是細川賴之指揮。他先是任命今川貞世（了俊）為九州探題，貞世在大內義弘的協助下，打敗菊池武朝等南朝武將，基本控製住了九州的局麵。其後，細川賴之誘降楠木正儀，隨即以正儀為先鋒，以弟細川賴元為總大將，突襲南朝的天野行宮，將南朝軍隊主力消滅殆盡。
細川賴之最強有力的政治對手是斯波高經之子斯波義將。斯波高經原本是直義派武將，後跟隨足利義詮，因此義將一度出任幕府執事，當時的斯波一門權勢熏天，這就引起了有“婆娑羅大名”（此處的“婆娑羅”，指特異而華麗的穿著）之稱的佐佐木高氏的憤恨。在高氏的讒言中傷下，正平二十一年（北朝貞治五年，1366年），足利義詮解除義將的執事職務，隨即發兵討伐斯波父子——是為“貞治之變”。斯波父子逃往北陸，不久高經病死，義將複歸幕府。
此後，斯波義將討平占據越中的南朝名將桃井直常，勢力逐漸恢複。到了天授四年（北朝永和四年，1378年），細川賴元等進攻南朝的領地和泉、紀伊，遭到慘敗，隨即代其為將的斯波派山名氏清、山名義理卻成功攻取上述兩國。從此細川賴之的聲望大跌，於次年（公元1379年）閏四月被趕下了台。斯波義將再任執事，發兵討伐細川賴之。
其實細川賴之的去職，並非僅僅因為斯波派的打擊，主要原因在於將軍足利義滿已經成年了。義滿亟待擺脫細川氏的陰影，樹立自己的權威，把幕政完全掌握在自己手中。執事斯波義將的能力和威望都不如細川賴之，從此義滿就可以放開手腳，進行政治改革了。
一方麵，足利義滿繼續打擊南朝的勢力，並最終完成了南北統一，另一方麵，他想盡辦法提高將軍家的威信的實力，壓製在長年混戰中日益龐大的地方勢力。可以說，如果沒有足利義滿執著不懈的努力，或許南北朝的亂世還將無休無止地延續下去，而足利將軍家將隻是北朝諸侯們名義上的盟主，室町幕府根本就無法被稱為一個完整意義上的武士政權。
明德之亂
天授四年（北朝永和四年，1378年），幕府將軍足利義滿在京都的室町地方修建了一所華麗的宅邸，因為院中遍植花卉，人稱“花之禦所”——這就是足利幕府又被稱為室町幕府的緣由。
元中九年（北朝明德三年，1392年），南朝體麵地交出神器，結束分裂局麵，是基於以下四個條件：一、後龜山天皇向北朝後小鬆天皇讓渡三種神器，其儀式不是投降，而是授予；二、今後的皇位仍由持明院和大覺寺兩統交替繼承；三、諸國國衙由大覺寺統管理；四、長講堂領由持明院統管理。
條件非常優越，今後兩統不要再搶著當天皇，大家仍然有份，並且就算你暫時沒能輪上，也還有自己的領地，不愁吃穿。既然麵子有了，裏子也有了，勢窮力蹙的南朝又有什麽理由不答應呢？
然而，足利幕府最終卻並沒有兌現自己的承諾。到了應永十九年（公元1412年），後小鬆天皇讓位給年僅12歲的東宮實仁親王，是為稱光天皇。16年後，稱光天皇去世，沒有子嗣，於是大覺寺統的小倉宮謀為天皇，因為得不到幕府允準而遁往伊勢，在大名北畠滿雅的支持下舉兵叛亂。最終叛亂被平定，持明院統的彥仁親王被擁上寶座，是為後花園天皇。大覺寺統從此就與皇位無緣了，此後的曆代天皇都屬於北朝光嚴、崇光天皇的嫡係後代。
後話暫且不提，且說足利義滿的所謂“治世”。本來京方早有機會吞滅南朝，偏偏京方內部紛爭不休，各國守護日益坐大，時常發動叛亂，威脅幕府統治，甚至一個搞不好還倒向南朝，導致局勢瞬間扭轉。足利義滿畢生都在和這些守護勢力作鬥爭。
首先是元中七年（北朝明德元年，1390年）的“土岐氏之亂”。土岐氏出自源氏，一門總領土岐賴遠曾任美濃守護，因為衝撞了光嚴院的禦車而被足利直義下令斬首。但是賴遠本人功勳卓著，因此在他被處刑後，諸將求情，幕府允許其侄賴康繼承家業。到了足利義滿時代，土岐賴康擁有美濃、尾張、伊勢三國守護職，聲威煊赫，這當然會引起義滿的警惕。
土岐賴康沒有兒子，就撫養侄子康行和滿貞作為繼承人，等他死後，年長的康行成為一門總領。土岐滿貞心懷不滿，就向足利義滿進讒言說康行有謀反的企圖，正中義滿下懷，於是下詔討伐土岐康行。
可惜足利義滿並沒有一舉將濃、尾、勢三國吞下的胃口，戰爭的結果，隻是勒令土岐康行將美濃守護職交給其叔父賴忠，把土岐氏一分為二，暫時遏止了其勢力的發展而已。
第二年（公元1391年），擁有七國守護職、在四國和山陽道都舉足輕重的細川勢力卷土重來，斯波義將被迫辭去執事，讓給細川賴之的養子細川賴元。這是當年四月的事情，十二月就爆發了“明德之亂”。
“明德之亂”的主角是山名氏。山名氏本是新田氏的分支，但他們沒有追隨新田義貞，而是跟了足利尊氏，屢立戰功，到了山名時義當家的時候，全族執有丹波、丹後、因幡、伯耆、美作、但馬、出雲、隱岐、備後、和泉、紀伊等11國守護職，因為全日本才不過66國，故此人們都尊稱山名時義為“六分之一殿”。