元中六年（北朝康應元年，1389年），山名時義去世，其子時熙繼承了一門總領之職。山名氏同族的丹波、和泉守護氏清與丹後、出雲守護滿幸為了爭奪家督之位，在足利義滿麵前進時熙的讒言。於是義滿遂於次年（公元1390年）命令山名氏清、滿幸討伐山名時熙及其弟氏幸，並且承諾說：“如果成功，就將時熙兄弟的守護國賞賜給你們，但馬給氏清，伯耆和隱岐給滿幸。”義滿很想趁著這個天賜良機一舉擊垮山名本家，所以還給蟄居讚岐的細川賴之寫了密信，要他從四國出兵，協助平定備後。
山名時熙兄弟猝不及防，戰敗被迫隱居，足利義滿削弱山名氏的計劃完成了第一步，而細川賴之也因此功勳，得以重新參與幕政，其子賴元繼任為將軍執事。下一步，足利義滿準備把下野的時熙兄弟再抬出來，反過來利用他們去打擊得勢的山名氏清和山名滿幸。於是元中八年（北朝明德二年，1391年）十一月，借口山名滿幸侵奪後元融院在出雲橫田莊的禦料地，突然解除其丹後守護一職，並下令追放。山名氏清、滿幸被迫舉兵叛亂，於十二月間率領5千兵馬直逼京都。
足利義滿親率直屬武士“奉公眾”及在京各大名的軍隊，總數估計近萬，前往討伐。在大內義弘、細川賴之、畠山基國等守護的奮戰下，山名軍很快就全線崩潰，山名氏清戰死，滿幸逃亡——是為“明德之亂”。戰後，造反的山名氏被全數剝奪了領地，而站在幕府方的山名時熙兄弟隻討回了但馬、伯耆、因幡3國——“六分之一殿”的後代，勢力萎縮了七成還不止。
北畠親房和《神皇正統記》
北畠親房出自村上源氏，鐮倉初期的政治家源通親是其祖先。後醍醐天皇初繼位時，就有三位重要的臣子輔佐他並推進複興皇室、推翻鐮倉幕府的改革，此三人即為吉田定房、萬小路宣房和北畠親房。後醍醐天皇召禪僧玄惠入宮講解朱子學，北畠親房也就拜在玄惠門下，他可以說是推動日本朱子學發展成形的重要代表。
後醍醐天皇非常信任北畠親房，他有意立次子世良親王為嗣，就把世良親王托付給親房教導。然而元德二年（公元1330年），世良親王突然病逝，北畠親房因此引咎出家，法號宗玄。
元弘三年（公元1333年），鐮倉幕府滅亡，六月，後醍醐天皇回到京都，隨即任命北畠親房的兒子、年僅16歲的北畠顯家為陸奧守，輔佐義良親王鎮守東北地區，親房也跟隨其子到了陸奧。足利尊氏發動叛亂，南北朝開始以後，親房提出“東國經營”的策略，親自前往關東地區，想要分化瓦解跟隨足利尊氏兄弟起兵的關東豪強們。
從延元三年（北朝曆應元年，1338年）直到興國四年（北朝康永元年，1342年），北畠親房一直轉戰關東各地。然而他的努力卻是徒勞的，建武新政早就令地方武士心寒了，關東豪強紛紛內通足利氏，親南朝的據點被逐一拔除，北畠親房最終被迫回歸吉野。此後他跟隨在後村上天皇身邊，繼續指揮對京方的戰鬥，正平九年（北朝文和三年，1354年）病歿於賀名生，享年62歲。
就在轉戰關東的那5年中，北畠親房完成了他的重要著作《神皇正統記》。這是一部以朱子學為指導思想，以朱熹的《通鑒綱目》為模本的史書，記述從所謂“神代”直到南朝後村上天皇繼位這千餘年的曆史，更明確地說，是這千餘年的天皇史。親房在書中宣揚“大義名分”，筆伐“亂臣賊子”，主張天皇必須擁有三種神器，並且具備神器所對應的正直、慈悲、智慧這三種道德，而公家、武士們則應當遵守傳統秩序、輔佐天皇，這樣才能使政治穩定、社稷安康。
《神皇正統記》係統地闡明並且發展了傳到日本的朱子學，將許多神道內容也糅合其中，宣揚日本“肇國悠久”、“皇位神聖”。可以說，北畠親房的這種思想是近世日本神國體係以及在此基礎上產生的軍國主義思想的濫觴。
十一章室町幕府的興衰
日本國王源道義
第三代室町幕府將軍足利義滿成功地削弱了山名氏的龐大勢力，並在不久後統一南北朝，當真是聲威顯赫，無人可比。他從此就抖了起來，連天皇、朝廷全都不放在眼裏。應永元年（公元1394年），義滿就任太政大臣，把征夷大將軍的職務讓給兒子義持。在第二年（公元1395年）元月的拜賀會上，太政大臣義滿居於群臣之首，連關白一條經嗣都得畢恭畢敬地跟在他身後。
可是在當年六月，足利義滿卻又辭去了太政大臣一職，出家入道——公、武雙方的最高職位他都當過了，大概要向天下人宣告，他本身是超越於公、武雙方之上的最高統治者吧。
足利義滿一直想恢複和明朝的友好關係，應永九年（公元1402年）八月，他下令嚴禁邊民入寇明朝，為此，明惠帝（建文）派使臣前往宣詔撫慰。足利義滿在北山殿接見明使，跪接詔書，詔書上說：“爾日本國王源道義，心存王室，懷愛君之誠，逾越波濤，遣使來朝……”這位所謂的“日本國王源道義”究竟是誰呢？原來就是指的足利義滿。
次年（公元1403年）明使歸國，足利義滿在回書中也不客氣地自稱“日本國王臣源”，這說明無論在日本國內，還是在國際上，室町將軍都已經是日本國家權力的最高代表了，鐮倉以來公武二重政權的性質逐漸開始轉換，曆史真正邁入了武家號令天下的時代。
為了建立真正的武家政權，同時製約各地守護的勢力，足利義滿設置了“三管四職”。所謂“三管”，是指將作為將軍家總管的“執事”一職上升為幕府總管的“管領”一職，由細川、畠山和斯波三個家族的成員輪流出任；“四職”則是指幕府要職侍所頭人，由京極、一色、山名、赤鬆四個家族的成員輪流出任。
十一章室町幕府的興衰
但是足利義滿終究無法徹底解決各地守護坐大的問題，隻能暫時遏止這種趨勢的繼續發展而已。應永六年（公元1399年），他又挑起了“應永之亂”，算是繼削弱土岐、山名兩家後的第三次也是最後一次大規模行動。
“應永之亂”的主角是大內氏。傳說大內氏乃是百濟聖明王的兒子琳聖太子的後代，當年琳聖太子渡來日本，在周防國的多多良浜登陸，此後就居住在同國的大內村，世代繁衍，自稱姓多多良，氏名大內——傳說是否真實，已經完全不可考了。大內氏就這樣在周防國內逐漸膨脹起來，鐮倉時代乃是幕府的禦家人。南北朝初期，一門總領大內弘幸從屬於南朝，而其叔父大內（鷲頭）長弘則跟隨京方，發生嚴重對立。最終弘幸之子弘世獲勝，完全統一周防、長門兩國。
有大內氏這隻老虎雄踞西方，阻斷了中國通往九州的道路，這使足利幕府大為頭疼。於是，在足利尊氏、義詮父子的不斷策反下，正平十三年（北朝延文三年，1358年），大內弘世終於歸屬京方，並上洛謁見將軍義詮。
其後大內弘世之子義弘跟隨九州探題今川了俊，屢建奇勳，於“明德之亂”中又協助討滅山名氏清，最終受封周防、長門、石見、豐前、和泉、紀伊六國守護職。他不僅領土廣大，還有兵有錢，利用對明朝和朝鮮的貿易大發了幾筆橫財，這就引起了足利義滿的側目。
於是在幕府的蓄意挑釁下，大內義弘於應永六年（公元1399年）舉兵謀反。義弘勾結仍在九州鬧事的南朝殘餘菊池黨，並且聯合對足利義滿不滿的關東將軍足利滿兼，發兵進駐攝津的堺。早有準備的足利義滿親率大軍出兵討伐，包圍了堺，在圍攻40餘天後，終於將其攻克，大內義弘自殺。經此“應永之亂”，大內氏勢力受到極大壓製，守護領又退回到最初的周防、長門兩國。
應永十五年（公元1408年），足利義滿去世了，朝廷甚至一度打算為其上尊號“太上天皇”。自此以後，各地守護勢力繼續膨脹，曆代幕府將軍仍想采用義滿的分化、瓦解等策略逐漸削弱之，卻因沒有義滿的才能而屢屢失手，甚至搞到最後，守護們的爭鬥結束了室町幕府本身。