康正元年（公元1455年）三月，畠山義就出兵大和，追討彌三郎。戰爭延續了整整4年，到了長祿三年（公元1459年），在細川勝元的努力下，幕府下達了對畠山彌三郎的赦免令。大和國內支持彌三郎的筒井氏等國人（在地武士領主）眾受此鼓舞，發起全麵反攻，把畠山義就徹底趕出了大和國。當年秋天，彌三郎病逝，筒井氏擁其弟畠山政長為主。
寬正元年（公元1460年）九月，畠山義就被解除了幕職，隨即被迫逃離京都，進入河內籠城固守。畠山政長上洛，並且請得了義就追討令。這次追討，和前次的義就追討彌三郎不同，幕府本身也調集了大軍，以管領細川勝元為總大將，很快就擊破義就軍，遊佐河內守等大批畿內被官戰死。
畠山義就退往金剛山西北麓的嶽山城。幕府大軍層層圍住嶽山，卻花費了整整3年的時間才將其攻克。畠山義就酣戰嶽山的事跡傳遍了天下，山名前家督持豐即入道宗全聞聽後，據說還感動得流下了熱淚。嶽山城被攻克後，畠山義就逃往吉野，隨即獲得赦免。兩年後（公元1465年），畠山政長接替細川勝元擔任幕府管領。
畿內地區的連番惡戰，一方麵動搖了幕府統治的根基，另一方麵也給百姓帶來了深重的災難。本來隨著南北朝以降戰爭的頻繁和規模的擴大，農民們或被拉夫，或被征收沉重的年貢，或欠下高利債務，早就無法活下去了，他們紛紛自主結合起來，用消極的諸如“逃散”等方法對抗封建統治。到了正長年間以及嘉吉年間，天災不斷，領主和農民間的矛盾迅速激化，農民們開始揭竿而起，用不合作的或者暴力的手段拒交年貢、解除債務，甚至驅逐領主及其代官，這種行為即被稱為“一揆”，因為主角是農民，根源是土地，故也稱“土一揆”。
所謂“一揆”，最初是指在神前起誓，為滿足某種訴求而共同進退的團體，這種訴求一般首先從談判開始，如果談判不成功，則會演化為暴動。後來，一揆逐漸轉化為暴動的同義詞。
由於一揆很少將矛頭直指最高封建領主即幕府，所以往往在暴動的同時向幕府提出訴求，要求免除一切債務，即施行所謂“德政”，因此這些土一揆也被稱為“德政一揆”。德政一揆的主體是底層農民即佃農，但其領導者卻往往是自耕農即小名主，他們組成了被稱為“惣”（可寫作“總”）的自治體，從一村乃至延伸到數郡，拒絕領主及其代官進入領地，但仍按談判所商定的數額繳納年貢，所以這種暴動其實頗為可笑，無法真正動搖封建根基。
不過，暴動卻終究動搖了幕府根基，因為它頻繁地出現在幕府統治的核心區域即畿內和近畿地區，因此幕府和傳統的守護大名受到最大程度的衝擊，勢力逐漸衰弱。偏遠地區與此不同，所以我們即將看到，近畿地區新的豪強並起，而偏遠地區傳統的豪族和守護大名則往往能維持其統治，直接轉化為新形式的封建領主——戰國大名。
應仁之亂
且說從室町中期開始，為了更方便參與幕政，很多守護大名留居京都，很少回歸自己的領地，領地上大小事務，全都交給有力的豪族即那些被官們代管，很多被官逐漸被賦予數郡乃至一國的統治權，上升為守護代即代理守護。守護代們一直居留在其所轄領地上，因與國人、豪族等地方武士的聯係非常緊密，勢力日益膨脹，往往可以左右守護家族的命運。前麵提到過的關東山內上杉氏的家宰長尾景仲，其一門就擔任多國的守護代，逐漸奪取了上杉氏的實權。
守護代們的爭鬥直接影響了守護家族內部的穩定，而室町幕府基於削弱守護勢力的原則，往往插手甚至慫恿這種不安定因素，因此傳統的守護大名家族內部爭權奪利之事層出不窮，而各大家族之間也開始爆發無休止的戰爭。畠山氏的爭亂，隻是一個比較顯著的表現而已。
文正元年（公元1466年）十二月，畠山義就揮師入洛。義就能夠卷土重來，是因為他利用了兩個很好的機會；一是武衛家**；一是將軍繼嗣之爭。
且說三管之一的斯波家，因為家督世代擔任兵衛督或兵衛佐的職務，遂被尊稱為“武衛家”。管領斯波義重曾被幕府勒令退隱，家族因此衰弱，無法再與細川等家族相抗衡，但仍為一方諸侯，具有一定的實力。
享德元年（公元1452年），斯波本家斷絕，遂迎大野分家的斯波義敏為一門總領，並且就任右兵衛佐一職。然而斯波義敏由分家入繼正統，無法壓服領地上的諸多被官，甲斐常治、朝倉孝景、織田敏廣等人就前往拜會政所執事伊勢守伊勢貞親，控訴義敏的種種惡行。
長祿三年（公元1459年），斯波義敏進攻甲斐常治的本處越前敦賀城，伊勢貞親趁機向將軍足利義政進言，發布對義敏的討伐令。義敏戰敗逃走，被官們擁立涉川分家的斯波義廉擔任家督。
伊勢貞親本是義政將軍的寵臣，此人朝三暮四，毫無政治道德可言，沒過幾年，他又轉過頭來支持斯波義敏。而義政將軍也是沒主張的人，遂於寬正六年（公元1465年）收回討伐令，赦免了義敏，並於次年（公元1466年）勒令斯波義廉讓位。
甲斐常治等人心說，如果斯波義敏再當家督，還有我們的活路嗎？於是匆忙前往拜謁斯波義廉的老丈人，也是後台老板山名宗全（持豐）。宗全聞言大怒，親自前往義廉家中坐鎮，並且召喚屬下各國兵馬入京，準備用武力阻止幕府的這一“亂命”。同時，他還趁機聯絡隱藏在吉野群山中的畠山義就上洛。八月，義就整頓兵馬，進取大和、河內，與畠山政長的軍隊交戰。
恰在同一時期，將軍繼嗣問題也正鬧得不可開交。原來足利義政將軍無嗣，在先後兩代管領細川勝元、畠山政長等重臣們的建議下，決定收兄弟淨土寺義尋為養子，改名義視，作為繼承人。可是，世上的事情就是這樣出人意料，才宣布立義視為嗣將軍，義政卻很快得到了一個兒子，取名為義尚。
這下子，立子還是立弟的大辯論開始了。將軍當然想立兒子，他得到了其妻、義尚的母親日野富子以及山名宗全的讚同；可是一向與宗全不和的老管領細川勝元不幹：“作為幕府將軍，豈能自食其言？！”兩大勢力各自拉幫結夥，爭鬧不休。
文正元年（公元1466年）九月，也就是在下令斯波義廉讓位給斯波義敏的兩個月後，善於逢迎的伊勢貞親再出餿主意，請義政將軍殺了弟弟義視——隻要這小子不在了，繼承人不就肯定是你兒子，大家都沒得可吵了嗎？結果陰謀敗露，足利義視逃到細川勝元府上藏起來，伊勢貞親和他的新黨羽斯波義敏逃出了京都。
為了支持斯波義廉，確定足利義尚的繼承人地位，趁機恢複畠山義就的家督之位，當然更主要是為了打倒細川家族和細川勝元，已經出家入道的老頭子山名宗全披掛上陣，召喚麾下兵馬，齊集京都。
次年為應仁元年（公元1467年），元月二日，畠山義就進入京都，在山名宗全的家中拜見了義政將軍。義政將軍正想利用山名氏之力確定兒子義尚的繼承人地位，於是5天後即下詔罷免畠山政長的管領之職，而以山名派的斯波義廉代之。
畠山政長不服，自己放火燒了房子，然後退到京都北麵的上禦靈社，將此地設為本陣，聚集兵馬，準備討伐畠山義就。將軍義政因怕政長劫持後土禦門天皇作為旗幟，匆忙請天皇行幸花之禦所，然後派畠山義就、山名宗全之子政豐，以及斯波義廉的被官朝倉孝景率兵進攻上禦靈社。激戰一日後，畠山政長被打敗，倉皇逃出京都。
上禦靈社之戰，被認為是“應仁之亂”的第一場大規模戰役。山名氏如此囂張跋扈，公然動兵，並且掌握了幕府的實權，細川勝元又怎肯善罷甘休？他一方麵與山名宗全虛與委蛇，暗中召集各方支持自己的兵馬，陸續集結洛中，終於雙方在當年五月展開了“洛北合戰”。
室町政所花之禦所，位於京都的北部，而山名宗全的宅邸在其正西。且說細川勝元、畠山政長、斯波義敏等人率兵占據花之禦所，隨即殺往山名府邸，山名宗全倉促應戰，在宅邸東麵設置了穩固的陣地。就兵力上來說，細川方占有絕對優勢，他們一方麵隔絕京都對外的各條道路，防備山名方的救援部隊突入京都，一方麵猛攻山名宅邸。
現在將軍義政落到了細川勝元的手裏，被迫下令要求山名宗全等人放下武器投降，斯波義廉軍首先動搖，山名方節節後退。戰至第二日，各自死傷無數，附近無數房屋毀於戰火，雙方被迫暫時休戰，屯兵洛中，展開了長期對峙……