伯希和离开西北向北京而去时，瑞超和野村从京都启程，乘船经上海往北京，然后一路向西经张家口、库伦、科布多，于1908年9月下旬进入新疆，开始探险考察活动。那时，大谷光瑞正积极邀请结束西藏探险、在印度短暂停留的赫定。
瑞超一行刚到北庭古址，就被英国在西姆拉的情报机关和俄国在新疆的情报人员盯上。他们怀疑这两个日本僧侣借考古之名搜集政治、军事、商业情报。俄国情报部门有四个理由：第一，早在十年前，河口就假扮汉地僧人成功地潜入西藏，巡游许多地方，还和英国间谍萨拉特有密切关系。第二，自从赫定开了探险家写两本书（一本纯学术，一本为通俗读物）的先例，欧洲探险家都仿效，似乎成定例。而大谷光瑞探险队第一次亚洲探险结束至今没有公布任何古物，也没有这方面报告，这与探险家的做法大相径庭。第三，日本是亚洲新生力量，不但打败古老中国，而且在同老牌帝国俄国交战中也占上风，对周边国家存有野心。俄国军事部门查出瑞超是日本海军军官，野村是陆军军官。第四，日本每次探险都是僧人出面，从河口、大谷光瑞到瑞超、野村，都是这样。日俄战争中，西本愿寺年轻僧人还参加后备军队，瑞超就在其中。这些情报经俄国军事部门一渲染，引起西姆拉情报机关高度重视，下令让喀什马继业定期汇报情况。
俄国情报人员也采取雇人尾随、盯稍等办法观察他们的行动。
瑞超和野村翻越阿尔泰山，向位于吉木萨尔县的北庭古城进发时，一个小型商队若即若离，出现在他们身后。
商主名叫锁阳，他说要去乌鲁木齐，正好与瑞超同路。
路上，锁阳主动介绍自己，他经常来往阿尔泰山和乌鲁木齐之间，做皮毛和茶叶生意。
半个月后，到达吉木萨尔。
锁阳继续前行，瑞超和野村去寻访北庭古城。
下午，两人就站在当地人称为“护堡子烂城”的北庭古城城墙上。他们被眼前景象惊得目瞪口呆。虽然以前从史料、图片以及大谷光瑞探险队员的讲述中对西域古城有所了解，但想象力只在有限空间飞翔，而这座静卧在沙漠里喘息的古城则使人感觉到历史的悠远和岁月的深广。他们第一次感觉得肺活量的渺小和想象力的贫乏，日本虽然从西方学到现代军事技术，但是，这样宏伟的建筑何曾有过？日本师法中国一千多年，为什么没有学到这种君临天地间的大气魄？
古城呈长方形，分内外二城，城外有护城河和马面，城里所有建筑都已坍塌，但昔日官府、街道、民居的遗址依然可见。城市最繁华的时间应该在大唐时代，日本正是在那个时代开始从中国吸收文化的脉气。所以，瑞超望着这些厚重的黄土时，内心油然而生一种亲近感：北庭古城在岁月长河中精疲力竭，死亡了，但它的某种遗韵很有可能在大和民族的血液里流淌着呢！
两人感叹一会，从周围农村雇用二十多个雇工挖掘。
大谷光瑞探险队第一次只进行探访、考察，这次，他们就不再客气了。
首先，唐代建筑用的板瓦和筒瓦被挖出来，接着，莲纹方砖、开元通宝、陶器兽禽等文物陆续出土。七天后，挖出的古物在城墙边堆起一座小山。北庭古城到处坑坑洼洼，遍地疮痍。瑞超精心挑选，包装，然后雇西海驼队送到乌鲁木齐日本办事员贤次那里。
遗憾的是没有挖到梵文文书，这是他们最渴望的。
晚上，野村整理物品，忽然发现日记中有三页纸被人撕了，很纳闷。
瑞超问：“是不是你自己撕了，忘了？”
“绝对不可能！那上面全部记着路途见闻和大事，我怎么会撕掉呢？”
瑞超猛然想起与他们结伴而行过一阵的锁阳，只有他到过帐篷里，而且还曾经在一个屋子里住过。可是，他撕笔记纸干什么？
十月底，到达乌鲁木齐。
受日本外交部委派在这里工作的贤次接待他们。
谈话间，说起笔记纸被撕之事，他冷笑着说：“这肯定是俄国间谍所为！那个叫锁阳的商人就是间谍。他不认识日文，还以为是什么机密呢，现在，很有可能那几页纸已经到俄国情报部门的手里。也好，让他们看看，再不要疑神疑鬼。”
“他们为什么要盯稍？”
“英国和俄国都怀疑你们来新疆有政治、军事和商业目的，他们忽略了日本是信仰佛教的国家。以后行动时不能与陌生人结伙。”
两人不寒而栗：“好危险，我们没有带任何武器，在那荒僻的地方被人害了都很容易！”
“没事，我认识布政使汪树功。他是光绪十二年进士，当过兰州道尹，受张之洞提携，新任新疆侯补道台、署理布政使职。他酷爱文史、考古，学识很渊博，对日本人很友好。有他帮助，英、俄两国想干扰都没用。”
晚上，贤次带二人去拜见汪树功。
听说瑞超才满18岁，他激动得连声说：“真是后生可畏，后生可畏啊！”
汪树功专门设宴招待。席间，他连连举杯敬酒：“大和民族与中华民族同根同源，不但人种相象，而且文化、宗教也相同，所以，在这里相见十分亲切！鄙人与贤次君故交敦厚，受益匪浅，今天又幸识瑞超和野村君，实感欣慰！二位大人如此年轻，担当此大任，不畏艰险，成西域之行，鄙人实在佩服！不过，六千大地乃蛮荒野岭，艰难险阻，在所难免，若需鄙人效劳之处，尽可相告。鄙人虽然是老木朽枝，但凭借着头顶上的乌纱帽和这身官服，也能够为二位在辖地内提供一些方便，可不能客气哟，哈哈哈……”
瑞超感动得热泪盈眶，说：“尊敬的王大人！在您这里，我和野村就像回到了家里面见父亲，承蒙大人照顾，请多多指点，此情此恩，永生难忘！”
“二位大人过谦了，你们历尽千辛万苦到我这里，理应全力帮助，这才不失国风。请问，下一站你们意欲何处？”
“……正想请教王大人呢。”
“就去吐鲁番吧，那里路途不远，古迹颇多，七年前出土过唐代莲花经一卷。我也收藏一些那里出土的古物。想不想去哪里？”
两人连声叫好。那里正是他们的下一个目标。
“那好，我给那里的杨恕昌知事写信，令他好生接待！”
汪树功命人取来笔墨，在餐桌上写信。写完，读几遍，又改动两处，才交给瑞超：“唉，老眼昏花，心有余而力不足啊。杨恕昌是个不合时宜的怪物，因为载澜极力推荐，我才起用。不过，他见了我的信，会买账。”
他们感谢不已，要告别回旅店。
汪树功指着贤次说：“这就是你的不对了，难道我这里不比小旅店好？”
瑞超再三拒绝：“此恩情已似大海，不能再给大人添麻烦。”
汪树功笑着说：“大人刚才所言，在这里如同归家，既然到了家，怎可在外住宿？中国有句话，叫客随主便，就听我安排，住在本府！我给你们看看那几件吐鲁番出土的古书，另外，鄙人正在揣陋撰《新疆访古录》，借此机会，正好与诸君做一番探讨。”
贤次说：“那就恭敬不如从命了。”
当晚，瑞超和野村就住在官府。
休息两周，他们离开乌鲁木齐，乘马车到吐鲁番，即刻去衙门拜见杨知事。
杨恕昌正和幕府喝酒，看见是两名日本人，心生反感，板起脸，问：“我记得前几年有两个日本人到吐鲁番来过，跟你们是不是一伙的？”
野村看杨恕昌的冷漠态度，心里极不舒服，又听得他话里带骨头，很气愤：“我们是西本愿寺僧人，请不要用‘一伙’这个词，好像在说打家劫舍的强盗！”
杨恕昌罪熏熏地说：“是吗？这就是您多心了！既然是西本愿寺和尚，怎么可能是强盗？谁这样以为了？拉出来，让老爷我先打他四十大板！”
没人说话。
“就是嘛！看你们模样，不是标准的正人君子吗？怎么会是强盗？强盗的贼胆再大，也不敢从日本跑到新疆来撒野吧？不过，这年头也难说，英国人拿着枪炮一路杀进西藏，明明是强盗行为，却扬言说是送什么贸易去了，现在这个世道，人们怎么都不讲理了？望远镜有了，放大镜也有了，可是，偏偏要指鹿为马！”
然后，他转向瑞超：“你们不是来过一次嘛，怎么又来了？不嫌麻烦吗？”
瑞超呈上汪树功的信。
杨恕昌看完信，往桌上一扔，说：“既然你们能耐大，弄到上方宝剑，还找我干啥？总不能让我带领公差去挖掘祖坟吧？”
野村说：“大人！您能不能把‘挖’改成‘掘’？据我所知，汉文中这两个字的意义不一样。再申明一次，我们以科学考察为目的。”
杨恕昌脸色一阴：“没想到日本人国学比我这个大清举人还渊博！承蒙您指教，让我长了见识，不然，我只知道中国人把‘猫’叫成‘咪’，把坏叫成‘孬’，还不懂这‘挖’和‘掘’有区别！”
瑞超说：“我们此行奉西本愿寺法主之命，考察古代佛教状况和有关历史文化……”
“好啊，我想知道你们的科学考察，是‘文察’，还是‘武察’？”
“请您说明白。”
“哈哈，看来，国学到底是中国人的学问，你们也有弄不明白的时候，不然，我要羞得愧对列祖列宗了！所谓‘文察’，就是有君子之风，只观赏，不挖掘；所谓‘武察’，就是跟可耻的盗墓贼一样，动家伙，又看又挖——不，是又看又‘掘’！”
瑞超提高嗓门说：“‘文察’‘武察’我还是头一回从大人口中听到！照您的解释，‘文察’知表，‘武察’知理，我们欲二者兼为。这一点，汪树功不是在信里写得很明白吗？”
“汪树功给我的信是封起来的，你们怎么知道信中所言？莫非在路途中拆开看过？要是这样，那就有失君子风范，汪树功的一腔热忱等于喂了无情无义的野狗！”
野村急忙解释：“这封信是汪树功在宴请时写的，我们在旁边，所以知道内容。”
杨恕昌叹息一声，说：“日本人真聪明，把西洋人的轮船大炮学到手，同时，也不忘记收拾中国官场上的一些垃圾，总而言之，香的，臭的，啥都往肚子里装！”
“大人此言差矣，我们既然能选择吐鲁番，就要‘文察’兼‘武察’，做到知表知里。”
“说得好，这次‘武察’可要真正做到知表知里！不然，弄些假文书到日本、欧洲去，散发给各国大博物馆陈列，叶公好龙，发表学术文章评论，害得中国老百姓丢脸面不说，还要吃官司。你若不知表不知里，可别牵连本大人，我老糊涂了，衰朽不堪，受不了那个罪哟！”
“反正，这次考察经过上面正式批准，高昌、交河、古沟子千佛洞，都要发掘！”