崇祯召开了第一次军事会议。
中央政府决策委员会的一正相和五副相6人，只有孙承宗一人参会。中央政府决策委员会的五副相只负责政府事务，军事方面不参与，孙承宗之所以参会是因为兼职国防部长。
军权崇祯要掌握在自己手中。
会上，崇祯开门见山，宣布了几个决定：
一是建立新的军事编制体系，改为班、排、连、营、团、师、军编制。
二是成立五大军区，分别是第一至第五军区。
三是取消监军，以后不再派太监进入军队系统；
四是在军队中建立政工制度，军事长官负责军事，政工干部不干涉军事长官的具体作战行动，政工干部最重要的职责有两个：知道为何而战，忠诚于国家，忠诚于人民，忠诚于皇上；成为一支纪律部队，爱护百姓，不拿民众一粒米一根菜。
崇祯说道：“接下来，由王世德介绍新的军事编制体系”。
舰队护卫队队长王世德声音洪亮地讲述了新的军事编制体系。
王世德讲解完毕后，崇祯说道：“现在由孙正相宣布五大军区的辖区及司令员和政工委员。”
正相兼国防部长孙承宗宣布了五大军区的辖区及司令员和政工委员：
第一军区：辖区：辽宁、山西、北直隶、山东，司令员袁崇焕，政工委员黄道周。
第二军区：辖区：陕西、四川、河南。司令员洪承畴，政工委员杨嗣昌。
第三军区：辖区：云南、贵州、广西。司令员朱燮元，政工委员陈士奇。
第四军区：辖区：浙江、南直隶，湖广，司令员傅宗龙，政工委员王家彦。
第五军区：辖区：广东、福建，司令员毛文龙，政工委员瞿式耜。
孙正相宣布完之前，崇祯说道：“各个军区的首长回去后，按照王世德刚才的讲解，尽快完成军队新的军事编制的改造。朕再强调一点，军区司令员负责军队的训练和指挥，政工委员不要干涉军区司令员的指挥；政工委员负责政工，保证这是一支有纪律、忠诚于国家，忠诚于朕的军队。”
崇祯看着袁崇焕说道：“师正职以上军官的任命和处置权都要报到国防部，由国部部长审批后，报到朕这里来。你们军区司令员以及政工委员可没有处置更没有先斩后奏的权利。”
袁崇焕比较疑惑，崇祯为何看着自己。崇祯心想，不看着你，看谁。真实历史上，你可是把毛文龙给先斩后奏了。
袁崇焕问道：“如果战场上，军官不称职或临阵脱逃怎么办？”
崇祯说道：“可以撤职，也可抓起来，怎么处置，由国防部出意见，报朕批准。朕再强调一点，对于师级以上军官，不准先斩后奏，否则，以军法处置。”
崇祯看了看毛文龙，想到了一件事忘了说：“朕还要强调一点，部队不能擅自收留其他部队的人马。作战时，编制打乱了，可临时收留，条件允许时，就要归建。和平时期禁止收留其他部队。部队编制的改变必须由军区来决定。”
崇祯最后对军队提出了十字要求：“忠君、爱国、爱民、纪律、善战。这十个字，各军区首长回到部队，要组织所有官兵学习。军队要有军队的样子，要得到老百姓的拥护，别整得像土匪、流寇，老百姓看了就躲。”
袁崇焕斩杀毛文龙，让后金兵没有后顾之忧，从而促使皇太极于1629年10月率领10万大军绕开关宁锦防线，机动千里从喜峰口入关，横扫北京、河北一带，这种说法有点言过其实。
后金军有20万军队，关键是这20万军队都有野战能力，但由于没有炮兵部队，城池攻坚能力不足。皇太极带了10万军队，留在大本营的还有10万军队。毛文龙在东江镇有2万8千人，关宁军有战斗力的13万人。这10万大军不是毛文龙的2万8千人可以撼动的。明军长途机动作战，在途中与后金军在野外相遇的话，基本上是只能固守等援。
1631年8月，祖大寿奉孙承宗之命修复大凌河堡，想把关宁锦防线往前推。未完工时，就被金兵包围，孙承宗组织了几次援兵，都被后金兵击败。最后祖大寿投降。祖大寿带领的是正宗的关宁铁骑，包围后也无法突围。
大凌河堡到锦州也不过30公里左右，救援都无法达成。毛文龙的2万8千的东江兵战斗力不如关宁军，在边界上骚扰一下还可以，想牵制大部队不可能。
明朝商人向后金走私物资由来已久，还向后金出卖情报，皇太极肯定知道有这么一条通道，可以绕过关锦宁防线。以前之所以没采取行动，是因为沿途有大量的蒙古骑兵，一路作战下去，那就是劳师袭远了。
林丹汗想统一后元地区，与不服的蒙古诸部落作战，让沿途的蒙古部落实力大为受损，也让林丹汗实力大减。沿途的草原一下子兵力空虚，这才让皇太极转战千里成为可能。林丹汗和蒙古诸部落的连年内战，致使长城以外沿线的蒙古兵力空虚，才是皇太极转战千里的真正原因。
袁崇焕斩杀毛文龙真正的影响要到1631年才显然，那就是著名的吴桥兵变。孔有德、耿仲明叛乱，带走了众多的火炮工匠和技术精湛的葡萄牙火炮射击教官，让后金军拥有了先进的火炮制造技术，以及熟练的火炮射击技术。
袁崇焕斩杀毛文龙后，孔有德、耿仲明一伙投靠了山东莱芜的孙元化部。孙元化当时聘请葡萄牙教官教官兵火炮射击，也组织了一批工匠研制先进火炮。
1631年祖大寿被围后，孙承宗调孙元化部去救援。孙元化派孔有德率800炮兵去救援。毛文龙兵纪律向来不好，走到吴桥时，老百姓不愿向孔有德部提供物资。
孔有德有个部下偷了家大户人家的鸡。结果被抓住，游街示众。部下气不过，把大户人家的仆人给杀了。然后士兵造反，孔有德返回登州，和城里的耿仲明里应外合，拿下登州，城里的辽东兵也加入进来，发展到1万多人。
到了第三年，也就是1633年2月，调来吴三桂的关宁兵才攻下登州，孔有德带领1万余人乘船投靠皇太极。皇太极的火炮制造技术和射击技术一下子实现了飞跃。
吴三桂的关宁兵能够攻下登州，也是因为关宁军战斗力在东江兵之上。关宁军有可与后金兵野战的能力，那也是要依托城池，要有火炮的支援。
皇太极第一关入关后，袁崇焕也只能依托城池借助城池上的炮火和后金兵作战。后金兵真到了野外，袁崇焕的关宁兵也只有远远跟着得份。
袁崇焕该不该杀毛文龙，该杀也不该杀。该杀是东江兵为毛文龙一手创建，毛文兵有些拥兵自重，不听招呼；部队纪律不好；还有吃空饷，以及走私与后金暗中进行贸易往来。不该杀，是有比杀毛文龙更好的办法，比如给个级别更高的虚职，调离原部队。
皇太极之所以敢转战千里，根本原因是明朝缺少一支能野战的部队，如果还有一支可野战的部队，皇太极的10万大军，劳师袭远，那就是自投罗网了。