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永元四年（公元92年）八月十七日，刘肇下旨，任命大司农尹睦为太尉。
太傅邓彪，因年老多病，请求辞去主管中枢机要的职务，刘肇下诏应允，命令太尉尹睦，代替邓彪主管尚书事务。
永元四年（公元92年）十月，刘肇下旨，将宗正刘方，任命为大司空。
清除了窦氏家族以后，刘肇理政，更加顺心。然而，好景不长，不久，汉朝廷西部边疆传来噩耗。
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“禀告陛下：
守卫汉朝廷西部边疆的护羌校尉邓训，突然去世，请陛下下旨安抚。”
闻听护羌校尉邓训，突然去世，汉朝廷君臣，十分痛惜。刘肇下旨，赏赐抚慰护羌校尉邓训家人。
护羌校尉邓训讲究信义，爱护汉羌各族百姓。西部边塞州郡的宦吏百姓、羌人和胡人，从早到晚，前往护羌校尉府，去哀悼护羌校尉邓训的，每日有数千人之多。
有的羌人和胡人，甚至用刀自刺，并杀死自己的狗马牛羊，向天地神灵祈求，大声痛哭说道：
“邓使君已死，我们活着，还有什么意义呢？也陪同使君一起去死吧！”
先前，邓训曾经担任过护乌桓校尉，也以仁义讲究信用，而为部属百姓尊敬。
闻听邓训的死讯以后，邓训当初担任护乌桓校尉时的部下官吏士大夫，也纷纷上路，前往西羌，为邓训奔丧，以至护乌桓校尉驻地的城郭，为之一空。
有关朝廷官员，用逮捕奔丧者的手段，去阻拦人们，前往西羌悼念邓训，但人们并不理会。
有关的地方官员，将官吏百姓哀悼邓训的情况，报告给了在任的护乌桓校尉徐干，徐干也是一个英雄豪杰，与邓训惺惺相惜，敬慕邓训的高尚品行，感叹说道：
“哎呀，这些人的一举一动，就是常说的大义啊！我们为什么，要阻止他们履行大义呢？请立即把被捕者释放，帮助他们，努力成全他们的忠义吧！”
于是，护乌桓校尉驻地所在的家家户户，纷纷为邓训立祠，进行供奉。
每当疾疫发生，人们都把护乌桓校尉邓训，看做神灵一般，纷纷向邓训，祭告祈福，以求邓训的保佑。
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不久，汉朝廷下令，任命前任蜀郡太守聂尚，接替邓训的职务，担任新的护羌校尉。
然而，护羌校尉聂尚，并不了解西羌形势，处置不当，不讲信义，不仅没有稳定西羌诸地，反而引起了西羌各部落的反叛。
当时，护羌校尉聂尚，欲效法前任邓训，打算对羌人各部落，实行怀柔政策。
护羌校尉聂尚，便派西羌翻译，担任汉朝廷使者，前去招抚羌人大统领迷唐，建议迷唐，率部返回大、小榆谷居住，接受汉朝廷的统辖。
西羌大统领迷唐，得知能够回归旧地，大喜不已，遂率领自己的部众回归旧地。
回到旧地大、小榆谷以后，羌人大统领迷唐，十分感谢护羌校尉聂尚的情意，遂派他的祖母卑缺等，前去拜见护羌校尉聂尚等朝廷官吏，表示感谢。
护羌校尉聂尚，十分高兴，遂亲自将大统领迷唐的祖母卑缺等，送到边塞之外，为卑缺饯行，命翻译田汜等五人，护送卑缺，回到羌人的驻地大、小榆谷。
护羌校尉聂尚的翻译田汜等使节，却心生歹意，欲破坏羌人与汉朝廷的和平，乘机立功，遂侮辱了大统领迷唐的祖母卑缺等。
羌人大统领迷唐，得知祖母卑缺等受到羞辱的消息，勃然大怒，发誓为自己的祖母卑缺等，报仇雪恨。
于是，羌人大统领迷唐，降而复叛，又一次反叛了汉朝廷，会同各羌人胡人个部落一道，生屠了翻译田汜等汉朝廷使节，割裂他们的肢体，用鲜血与诸部落盟誓，结成联盟，再度侵犯汉朝廷的金城郡等边疆要塞。
护羌校尉聂尚，安抚西羌诸羌人胡人部落不成，反而激起西羌大统领迷唐的再次反叛，很短时间内，就破坏了护羌校尉邓训，奋斗多年建立的和平，挑起了新的边塞动乱。
刘肇闻讯大怒，下旨将护羌校尉聂尚，撤职严惩，并准备派遣军队，讨平西羌变乱。
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永元五年（公元93年）新年终于来到了。永元五年（公元93年）正月十一日，刘肇亲自到明堂，祭祀列祖列宗的英灵。
祭祀完毕，刘肇登上灵台，观察天象，查看天象预兆，并大赦天下。
永元五年（公元93年）正月中旬，刘肇的大哥千乘贞王刘伉，不幸去世，刘肇十分哀痛。
永元五年（公元93年）正月二十七日，刘肇下旨，将自己的皇弟刘万岁，封为广宗王，拱卫皇室。
就在千乘贞王刘伉，不幸去世不久，太傅邓彪也去世了，而西部陇西郡，又发生了大地震。
眼见天灾人祸不断，汉朝廷君臣，非常震惊，惊恐于天地神灵的震怒，刘肇再次下旨，进行大赦。
永元五年（公元93年）四月二十日，刘肇下旨，将已故阜陵殇王刘冲的哥哥刘鲂，封为新的阜陵王。
永元五年（公元93年）九月初一，刘肇的小弟弟广宗王刘万岁去世。
因广宗王刘万岁，没有子嗣，广宗王的封国撤除。一年不到的时间，刘肇连失两位至亲的亲人兄弟，心里大为痛惜，一直伤感不已，感叹于悲欢离合的忧伤。
3
当初，大将军窦宪等权臣，一力主张，把右谷蠡王於除，立为北匈奴汗国的新任单于，汉朝廷赞同。
大将军窦宪，曾计划派军，护送留居塞外的於除鞬单于，返回自己的北匈奴汗国的王庭，就任北匈奴汗国新任单于。
不幸的是，恰好遇到汉朝廷皇帝惩罚权臣窦宪，大将军窦宪诸兄弟突然败亡。
把匈奴汗国右谷蠡王於除，立为北匈奴汗国新任单于的计划，遂宣告彻底作罢。
於除鞬单于，得到消息，见自己接任北匈奴汗国的新任单于的希望落空，心里非常愤怒。
於除鞬单于，痛恨汉朝廷君臣的出尔反尔、不讲信用，一怒之下，遂叛离了汉朝廷，离开汉朝廷边塞，准备自行率部，返回自己的北方故地，自立为单于。
闻听北匈奴汗国单于於除鞬单于，不告而别，擅自返回自己的故地，汉朝廷君臣，大为愤怒。
刘肇遂下诏，派将兵长史王辅等，率领一千余骑兵，同中郎将任尚一道，追击擅自逃亡的於除鞬单于。
将兵长史王辅，同中郎将任尚一道，统领汉军，最终追上了於除鞬单于的逃窜部众。
此时，北匈奴汗国，遭遇一连串打击，实力严重衰弱，根本不是汉军对手。於除鞬单于被就地斩杀，汉军彻底消灭了於除鞬单于逃亡的军队。
北匈奴汗国再受严重打击，部众纷纷溃散。
自从当初，永元元年（公元89年），大将军窦宪部下的代理司马耿夔（建威大将军耿弇侄儿）与司马任尚等将领，大败北匈奴汗国以后，北方的鲜卑等部落，便乘此机会趁火打劫，辗转迁徙，占据了北匈奴汗国的广大故地。
於除鞬单于，被汉军就地斩杀以后，北匈奴汗国残存的部众，还有十余万户之多。
但此时，北匈奴汗国的单于等汗国首领不是逃亡，就是被杀，北匈奴汗国顿时群龙无首，各部落你争我斗，无法振作复兴。
北匈奴汗国的残余部落人众，知道数百年来，匈奴汗国的仇敌太多，与四周的东胡等部落都有血海深仇，担心这些部落，趁着匈奴汗国衰落之时，报仇雪恨。
为了自己的生存，北匈奴汗国的残余部落人众，纷纷改换门庭，寻找新的主人庇护。
那时，北方各蛮夷部族之中，要数鲜卑部落人多势众，实力最为强大。
北匈奴汗国的残余部落人众，遂见风使舵，纷纷归附了鲜卑部落，全都改称为鲜卑人了。
从此以后，融合了北匈奴汗国残余部落等北方蛮族部落人众的鲜卑部落，变得更加强盛，俨然塞外的新霸主了。
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永元五年（公元93年）十月，接任太尉宋由，担任太尉不久的三公尹睦，就因病去世了，刘肇非常难过。
永元五年（公元93年）十一月初六，刘肇下旨，提升太仆张酺，为太尉。
太尉张酺，上任不久，就与尚书张敏等人一道，先后共联名上书五次，控告射声校尉曹褒等大臣擅自制定汉朝礼仪，请求处罚射声校尉曹褒道：
“陛下：
臣等以为，射声校尉曹褒等，不与儒家士大夫和大臣商议，擅自制定汉朝礼仪，破坏和扰乱圣人之道，应当处以刑罚，严惩他们，扰乱了朝廷纲纪。”
刘肇头脑清醒，心里十分清楚，射声校尉曹褒当初，是奉章帝之命，修改制定汉朝礼仪的，为射声校尉曹褒鸣不平。
刘肇于是对大常秋郑众说道：
“大常秋大人：
太尉大人，严守儒学正统，但僵固而不通达，不知变通。射声校尉当初，是奉先帝之命行事，修改制定汉家礼仪制度的，究竟有什么过错呢？”
大常秋郑众，赞同说道：
“陛下言之有理。但太尉新近上任，他的建议，实际上是代表三公们的共同心愿，不可不慎重对待，怠慢三公之心啊！”
刘肇赞同并让步道：
“大常秋大人说得很对。
虽然太尉张酺、尚书张敏等大臣的建议，十分迂腐，不切实际，但三公的意见，朕也不能不听从。
传朕旨意，射声校尉曹褒，奉诏办事，本无过失，弹劾惩罚没有必要，暂且将曹褒制定的汉礼搁置，不再实行。”
见刘肇尊重太尉张酺、尚书张敏等大臣，此事终于妥善处置，没有酿成新的变故。
然而，有关汉礼的争端，才刚刚平息，新的烦恼，又开始扰动小皇帝刘肇。
而这个新的烦恼，来自于刘肇的亲人梁王刘畅。梁王刘畅肇祸的起因，与当年的楚王刘英等侯王，非常相似。
5
梁王刘畅，是刘肇的亲叔父。梁王刘畅，是汉明帝（刘庄）的第七子，他的母亲，是赫赫有名的阴氏家族出生的阴贵人，是汉明帝之娘亲阴丽华的阴氏家族的侄女。
当年，刘畅与母亲阴贵人，母子两人，都很受明帝的宠爱，所以刘畅最终，受封为封地位于膏腴之地的梁国的梁王。
6
高贵的出生，当然注定了梁王刘畅，有傲慢自大的本钱和违法乱纪的资本，也就难怪梁王刘畅，会骄横跋扈，胡作非为，触犯朝廷的忌讳和法纪了。
一天，梁王刘畅与自己的随从官卞忌等人一道，祭祀天帝神灵，为自己和家人祈福。
部属卞忌等，是典型的马屁精，见梁王刘畅，兴致勃勃，兴趣很高，遂不顾朝廷禁忌，迎合梁王刘畅，谄媚阿谀梁王刘畅说道：
“大王啊，臣等祭祀天帝神灵，已经听到了天帝神灵的预言，占卜中明明白白地说道，大王应当做大汉皇帝。”
梁王刘畅大喜，一时之间，得意忘形，忘了自己究竟是谁，便同自己的部属卞忌等，对答谈论起来道：
“卞忌啊，你这个家伙，就喜欢信口开河，随意胡说。陛下正青春年少，风华正茂，本王怎么可能做大汉皇帝呢？”
部属卞忌，继续恭维梁王刘畅道：
“臣等怎么有这个狗胆，亵渎天帝神灵，假传天地神灵旨意，胡说八道呢？而是占卜的结果如此啊！”
梁王刘畅信以为真，哈哈大笑起来道：“本王的相貌，与先帝相似。你们所言，恐怕并非虚言，一切皆有可能，一切皆有可能啊！”
梁王刘畅疏阔糊涂，得意忘形，居然将自己与卞忌等下属的戏谈，告诉了梁国丞相。
梁王刘畅不知道，部属卞忌谄媚自己的这些话，属于大逆不道的话语范畴，已经完全触犯了朝廷禁忌。
很快地，梁国丞相就将梁王刘畅，与下属卞忌等私下谈论的话语，上报了朝廷知晓。
有关地方官员，豫州刺史、梁国丞相等，当即对梁王刘畅，提出弹劾，请求皇帝下令，将梁王刘畅，征召进京，囚禁诏狱，审判梁王刘畅大逆不道的行为。
刘肇很清楚，这不过是梁王刘畅与部属的戏言，没有批准审判梁王刘畅的建议，只是下令，削减梁王刘畅的封土，将成武县、单父县两县削去，以示对梁王刘畅妄言的惩戒。
梁王刘畅，虽然没有受到皇帝的严厉惩罚，得到了皇帝宽恕，但梁王刘畅，终于得到教训，开始清醒过来，明白自己的胡说八道的严重后果。
梁王刘畅，惭愧而又惶恐，于是上书皇帝，痛切地责备自己，大逆不道的妄言道：
“陛下：
臣生性狂妄愚昧，游戏人生，不知朝廷的禁忌，自陷于死罪之中，按理该当诛杀示众。
但陛下恩德深厚，不惜违背朝廷法律和公平，而硬将臣予以赦免，为臣而玷污了朝廷盛德的美名，臣愧悔不已。
臣心知，宽大的赦免，不可再得，因此发誓，要约束自己和自己的妻子儿女的言行，不敢再和坏人私下里交往，不敢再有，违法乱纪等越轨的举动，也不敢再有，铺张浪费的行为了。
臣的封国的租税收入，年年有余，臣请求，只享用睢阳县、谷熟县、虞县、蒙县、宁陵县五县封土，而将剩下的四县封土，交还国家，以弥补臣，犯下的重大过失和谬误。
臣有小妾三十七人，其中没有生育子女的，臣愿将她们，统统送回她们的娘家。
臣自己挑选，谨慎礼让，遵守规矩的奴婢二百人，留下来侍候自己，除此之外，将赐给臣的虎贲武士、骑兵仪仗，以及各种技艺的工匠、乐队、仆隶、奴婢、兵器、马匹等，全部上缴朝廷原来所属的官署，以救赎自己的严重罪过。
臣身为陛下的骨肉近亲，竟敢愚蠢糊涂地扰乱，圣明的教化，玷污纯洁的风气，如今既然，已经蒙陛下恩德，保全自己的性命，臣实在无心无颜，以罪恶之身，再在巨大的宫室居住，拥有广袤的封国，设置官员僚属，收罗享用各种器具了。
愿陛下开恩，准许臣的请求。”
梁王刘畅的检讨，感人至深，刘肇深为感动，于是对太尉张酺等三公说道：
“诸位三公：
人非圣贤，孰能无过呢？梁王叔父大人，知错能改，善莫大焉！朕怎么能够，继续追究，隔绝亲人亲情呢？
请诸位三公，看在朕眷顾亲情的份上，不要再追究此事了。”
刘肇于是下诏，对梁王刘畅，表示宽大，温和地拒绝了梁王刘畅辞让封土谢罪的请求。
自此以后，梁王刘畅，得到教训，痛改前非，再也不敢，骄横跋扈，胡说八道，违法朝廷乱纪了。
最终，梁王刘畅，得以善终，安享荣华富贵。
6
刘肇一直忧虑，西部羌人胡人，反动叛乱，危害西疆，渴望安定西部州郡。
永元五年（公元93年）十一月，刘肇下旨，任命大臣贯友，接替惹祸的聂尚，担任护羌校尉一职，负责安抚西羌诸部落和西部胡人，安定西疆。
护羌校尉贯友，决定吸取护羌校尉聂尚失败的教训。
上任以后，护羌校尉贯友，当即派人前去，详细了解，西羌诸部落的情形，决定离间羌人胡人诸部落，破坏羌人胡人的团结，拆散他们的联盟，化解西疆的危局。
护羌校尉贯友，遂派熟悉羌人胡人言语的部属，担任翻译官，做自己的使者，携带贵重礼物，前去各部落，进行威胁利诱，说服羌人胡人各部首领，归顺汉朝廷。
护羌校尉贯友的计谋，很快收到了成效。
在护羌校尉贯友的威胁利诱之下，羌人胡人诸部落的联盟，因此土崩瓦解。
羌人胡人诸部落的联盟土崩瓦解以后，羌人大酋长迷唐，孤立无援，遂逐渐陷入绝境之中。
于是，护羌校尉贯友，派兵出塞，在大、小榆谷一带，对西羌烧当部落大酋长迷唐，展开进攻，斩杀及俘虏羌军将士八百余人，缴获小麦数万斛，烧当部落大酋长迷唐，失败退却。
护羌校尉贯友，乘胜进军，又在逢留大河的两岸，修筑城堡，制造大船，兴建河桥，打算派兵渡河，去追击溃逃的西羌烧当部落大酋长迷唐。
西羌烧当部落大酋长迷唐，无法抵御护羌校尉贯友的猛烈进攻，遂率领自己的烧当部落，主动向远方迁徙，远逃到达赐支河曲等地，躲避汉军的攻击。
西羌对边塞郡县的威胁，暂时解除。
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此时，虽然已经到了永元五年（公元93年）年末，但汉朝廷危机重重的局面，并未有很大改观。西疆羌人胡人制造的灾难，刚刚平息，北疆又再起波澜。
就在此时，南匈奴汗国单于栾提屯屠何，突然去世，前匈奴汗国单于栾提宣的弟弟栾提安国，继位匈奴汗国单于。
栾提安国曾经是南匈奴汗国的左贤王，但栾提安国的声誉威望，一向不佳，不得人心。
及至栾提安国，当了南匈奴汗国的新任单于，于是，前单于栾提适的儿子，右谷蠡王栾提师子，按照匈奴汗国的继承原则和顺序，转升为左贤王，相当于匈奴汗国的储君。
右谷蠡王栾提师子，为人果断，一向以勇猛狡黠，而足智多谋著称，前匈奴汗国单于栾提宣和栾提屯屠何二人，都十分喜爱他。
由于右谷蠡王栾提师子的勇气和果敢，非常突出，两任单于栾提宣和栾提屯屠何二人，都屡次派栾提师子担任主将，领兵出塞，前去袭击北匈奴汗国的军队，掠夺北匈奴汗国的的部众财富，扩充南匈奴汗国的地盘。
栾提师子凯旋回国以后，多次受到单于栾提宣和栾提屯屠何二人的赏赐。
汉朝廷君臣，认为右谷蠡王栾提师子的才干突出，也对栾提师子特别看重。
所以，右谷蠡王栾提师子威望很高，南匈奴汗国的国内部众，都尊敬右谷蠡王栾提师子，而不肯依附左贤王栾提安国。
南匈奴汗国单于栾提屯屠何，突然去世以后，左贤王栾提安国，按照继位原则，成为了南匈奴汗国的新任单于。
栾提安国成为南匈奴汗国新任单于以后，越发对左贤王栾提师子，嫉恨交加，想设计杀害左贤王栾提师子。
那时，当初在塞外，屡遭栾提师子的袭击和掳掠，被迫归降南匈奴汗国的北匈奴汗国人，大多对右谷蠡王栾提师子的侵扰，十分痛恨，欲报仇雪恨。
南匈奴汗国新任单于栾提安国，便将自己诛灭栾提师子的希望，寄托在那些北匈奴汗国的归降者身上，欲借助北匈奴汗国归降将士的力量，除掉左贤王栾提师子，清除心腹之患。
左贤王栾提师子，十分警觉，很快就察觉了南匈奴汗国单于栾提安国，与北匈奴汗国降众勾结，欲杀害自己的阴谋。
左贤王栾提师子，害怕被南匈奴汗国新任单于栾提安国所害，就率领自己的部属，分居五原郡界，远远地避开。
每逢南匈奴汗国王庭，举行盛大集会，左贤王栾提师子，总是称病，而不肯前往王庭朝拜南匈奴汗国新单于栾提安国。
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汉朝廷度辽将军皇甫棱等，也很快知悉了南匈奴汗国发生内讧的内情。
度辽将军皇甫棱等，担心左贤王栾提师子，被南匈奴汗国单于栾提安国所害，引起南匈奴汗国四分五裂，发生内争，就派兵保护左贤王栾提师子，而不让左贤王栾提师子，前往南匈奴汗国王庭，朝拜南匈奴汗国单于栾提安国。
南匈奴汗国单于栾提安国，看见度辽将军皇甫棱等汉朝廷官员，保护左贤王栾提师子，认为度辽将军皇甫棱，偏袒左贤王栾提师子，对度辽将军皇甫棱与左贤王栾提师子，愈发怀恨，于是上书汉朝廷皇帝，控告度辽将军皇甫棱与左贤王栾提师子。
到了此时，南匈奴汗国内部各派系的内讧，愈演愈烈，南匈奴汗国单于栾提安国与汉朝廷度辽将军皇甫棱等地方官员的隔阂与矛盾，也越来越严重。
汉朝廷北疆，又将面临一场重大的危机，新的严峻考验，又将重现在汉朝廷君臣目前。