伊藤博文和李提摩太同時到達北京，引起朝野極大震動，慈禧對此是什麽態度，沒有直接的史料記載，但是，通過光緒帝的異常反應，可以看出，“帝、後矛盾”在這一時段驟然尖銳。
9月16日（八月初一），光緒即賜密詔給楊銳：“即如（七）十九日之朱諭（指罷免禮部六堂官之諭），皇太後已以為過重，故不得不徐留之，此近來之實在為難之情形也。……朕位且不能保，何況其他？今朕問汝：可有何良策，使舊法可以漸變，將老謬昏庸之大臣盡行罷黜，而登進通達英勇之人令其議政，使中國轉危為安，化弱為強，而又不致有拂聖意。爾等與林旭、譚嗣同、劉光第及諸同誌妥速籌商，密繕封奏，由軍機大臣代遞。侯朕熟思審處，再行辦理，朕實不勝緊急翹盼之至。”光緒帝已預感到“朕位不能保”。老成持重的楊銳鑒於康有為的負麵作用越來越大，就向皇上直接建議“康不得去，禍不得息也。”⑾
次日（八月初二），經過深思熟慮，光緒帝采納這一建議，特別下了一道明詔：
工部主事康有為前命其督辦官報局，此時聞尚未出京，實堪詫異！朕深念時艱，思得通達時務之人，與商治法，聞康有為素日講求，是以召見一次。令其督辦官報，誠以報館為開民智之本，職任不為不重，現在籌有的款，著康有為迅速前往上海開辦，毋得遷延觀望！
按照清朝慣例，沒有重大急迫的政事不明降諭旨，一般事務都是軍機大臣傳旨。這道明詔，表麵上是嚴令康有為“迅速前往上海”，實質上是光緒向慈禧交底：“聞康有為素日講求，是以召見一次。”言外之意，是說自己與康有為並無深交。由此推測，康黨屢次建議開“懋勤殿”，已經讓慈禧感到其醉翁之意不在酒，而在於讓光緒自建顧問班底搶班奪權；康黨更進一步，又把伊藤博文和李提摩太引進北京擔任顧問大臣，以洋人勢力相威懾，更讓慈禧暴跳如雷。因此，初二這一天，她一方麵要拿康有為開刀（光緒做出讓步，發布明詔，既催促他早日離京，做出姿態給太後等頑固派看，說明光緒是個有謀略之君）；另一方麵，決定從次日（八月初三）開始，從光緒手裏收回變法等重大問題事權，隻給光緒留下一般政務的處置權。