曆史研究門類眾多，學科林立，概括地說，可以分為實體研究與虛體研究。所謂實體研究，就是研究者不僅要充分運用可信的史料，而且要結合當時的曆史背景，將當年所發布的理論與該理論在當時所產生的實際社會效果結合起來加以考量，才可能得出符合客觀曆史實際的正確結論，比如政治史、社會史、經濟史等；所謂虛體研究，研究者在充分運用可信史料的基礎上，做出理性判斷，不一定非要結合當時的曆史實際，比如思想史等。思想史就是思想者就那些在曆史學家們看來重要的問題上的言論的曆史（美國密歇根大學曆史學教授戴維·霍林格語）。
就政治史與思想史而言，兩者既有聯係，又有本質區別。思想史注重曆史人物倡導理論的前瞻性、開拓性，往往以首創論英雄；而政治史則注重曆史人物倡導理論（包括學說、觀點、製度設計等）的可行性，對社會發展的具體推動作用，往往是以成敗論英雄。思想史、政治史的內涵不同，外延也不一樣，思想史研究的外延大於政治史。
同理，戊戌變法研究與戊戌變法思潮研究，也有本質區別。戊戌變法研究一般簡稱為戊戌變法研究，是具有政治史、社會史性質的實體研究；戊戌變法思潮研究則是思想史性質的虛體研究。兩者決不能張冠李戴，混為一談。
“戊戌變法是中國近代史上一次意義重大的社會改革運動，也是一場影響深遠的思想啟蒙運動。”⒄因此，既可以從政治史的角度，也可以從思想史的角度，乃至從經濟、文化、教育、對外交流等學科加以研究。但是，很多學者在自己的著述中，都把康有為的《新學偽經考》、《孔子改製考》看成是戊戌變法的理論基礎和指導思想，這就“葫蘆攪茄子”。
眾所周知，《新學偽經考》和《孔子改製考》，都是康有為變法思想的集中體現，既是他的代表作，也是他搞學術研究“往往不惜抹殺證據或曲解證據”的“標本”。