北大學子、教授許德珩在《北京大學校史?序》中指出：“京師大學堂本身就是戊戌變法運動的產物，是維新派克服了頑固守舊勢力的重重阻撓和反對才創立起來的。”這一論斷，是非常切合實際的。
創建京師大學堂的動議，好多人曾提了好多年；在戊戌變法前兩年，光緒帝就專門下諭，要求孫家鼐籌辦。但是，由於恭親王奕訢和軍機大臣剛毅等大臣們以經費困難等為借口主張“緩辦”，使籌辦工作擱淺。1898年6月11日，光緒帝頒布《明定國是詔》，正式宣布變法，並將創建京師大學堂寫進了詔書。於是，京師大學堂作為“天字第一號”工程正式上馬。據統計，在103天的變法時段內，光緒皇帝“令如流水”“書朝上而電夕下”，連續頒布230多道除舊布新的上諭，事關京師大學堂的竟有15道之多，而且大都是當天奏報，當天拍板。可見光緒對創建京師大學堂的重視程度。
9月21日，慈禧太後收回了賦予光緒的所有事權，戊戌變法因此夭折。慈禧太後“罷新法，悉複舊製”，剛毅、徐桐等人堅決要求取締尚未開辦的京師大學堂，但是，12月31日，京師大學堂卻正式開學。在“北京塵天糞地之中，所留一線光明，獨有大學堂一舉而已”。奧秘何在？經過考證，我在《京師大學堂幸存之謎新解》一文中大膽推測，這是由於孫家鼐出於鞏固維新成果、推進民族進步的思考，甘冒血風腥雨，不顧身家性命，動員丁韙良出麵，以“外洋各教習均已延訂，勢難中止”“所以不能徑廢”⒀“查禁大學堂，將會在外國人麵前丟麵子”等理由，遊說開明政客榮祿，榮祿進而說服慈禧，她才網開一麵，使京師大學堂大難不死。
京師大學堂的幸存，意義重大。羅筠筠在《教育改革乃強國之本》中指出：“由於他（孫家鼐）在政界與學術界的威望，他一手籌辦了中國第一所綜合性的大學，這在中國文化史和教育史上有不可磨滅的貢獻。”⒁