思想自由、百家爭鳴，是中華文明領先世界、燦爛輝煌的基石。但是，自西漢以來，董仲舒提出的“罷黜百家，獨尊儒術”主張，被曆朝統治者所采納，學生們學的大多是漢代以前的《四書五經》，陳芝麻爛穀子，“諸生往往皓首而不能窮”（孫家鼐語），學用脫節，消磨了多少代人的大好年華？此後，中華文明步入了一條“死胡同”，思想被禁錮，智慧被壓抑，就像一個長期吃偏食的孩子，越來越發育不良，智商和綜合素質大受影響。第一次鴉片戰爭以後，中國屢戰屢敗，喪權辱國，病根就在於此。
戊戌變法期間，康梁派出於私欲，利用所把持的編譯局編寫教材的機會，任意篡改經典、排除異己學說，產生了惡劣的社會影響。針對這一問題，孫家鼐在《奏覆籌辦大學堂情形折》中予以嚴厲批評：“若以一人之私見，任意刪節割裂經文，士論必多不服。”他還以史為鑒，對這種“學霸”作風予以痛斥：“昔宋王安石變法，創立三經新義，頒行學官，卒以禍。宋南渡後旋即廢斥，至今學者猶垢病其書，可為殷鑒。”在此基礎上，他提出了“蓋學問乃天下萬世之公理，必不可以一家之學而範圍天下”的教育思想。或許可以這麽理解，1916年12月，蔡元培擔任北大校長所倡導的“思想自由，兼容並包”的辦學方針，正是對孫家鼐“學問不可以一家之學而範圍天下”教育思想的直接傳承和發揚光大。
為了做到學以致用、專才專用，孫家鼐還建議朝廷采取長效機製，使“學政治者歸吏部，學商務、礦務者歸戶部，學法律者歸刑部，學兵製者歸兵部及水陸軍營，學製造者歸工部及各製造局，學語言、文字、公法者歸總署及使館參隨，終身遷移不出本衙門”。這些思想，至今也未過時啊。