作為一名朝廷重臣和改革家，孫家鼐卻不像晚年的李鴻章那樣投機取巧，甘當奴才，像哈巴狗似的刻意看“主子”眼色行事，以粉飾太平、明哲保身為已任；也不像翁同龢那樣，得意忘形，“喜怒見行於詞色，漸露攬權狂悖情況”；更不像王文韶那樣，飽食終日，無所用心，八麵玲瓏，做一個圓滑的“玻璃球”。他所信奉的政治哲學是“臣觀今之中國，雖雲削弱，而地大物博，確然可以振興。惟是為政之道，不在徒托空言，而在力行實政。果能刑政修明，外侮亦將心懾。”
戊戌變法進行了兩個月，光緒帝突然發現，自己的上諭“出不了中南海”，即使發布出去，也是廢紙一張，各地總督、巡撫等並不認真落實。光緒帝異常震怒，1898年8月26日，他嚴旨切責兩江總督劉坤一、兩廣總督譚鍾麟：“倘再籍詞宕延，必定予以嚴懲。”⒄次日，又嚴厲要求各地督撫凡交查各件，皆須迅速具奏。政令不行，讓身在局中的梁啟超感慨萬千：“自四月以來，明詔累下，舉行新政，責成督撫，而除湖南巡撫陳寶箴外，寡有能奉行詔書者。”⒅
相比之下，倒是師傅孫家鼐不顧年高體衰、百事纏身，積極踐行維新舉措。在認真履行管學大臣職責的同時，他還積極投身於振興民族工商業的實踐中。6月20日和7月12日，光緒皇帝分別頒布“發展農工商”和“獎勵發明”新舉措，要“提挈工商”，鼓勵民族工商業的發展。不久，孫家鼐就與安陽巨紳馬吉森等集資150萬銀元，創建了安陽廣益紗廠。1903年開機生產，時有紗錠2.5萬枚，工人2000餘人，是中國近代紡織工業創業最早、規模最大的廠家之一。
1898年，在孫家鼐的支持、參與下，其侄孫孫多鑫、孫多森領銜在上海創辦國內第一家機製麵粉廠“阜豐麵粉公司”，股金為30萬兩白銀。1900年建成投產，後來，規模不斷擴大，生產能力曾位居遠東第一，其經濟實力比榮氏家族的麵粉企業還要大。