1898年12月31日（光緒二十四年十一月十九日），北京城內，景山腳下，馬神廟中，沒有鼓樂齊鳴，沒有紅毯鋪地，也沒有貴賓致辭、“領導”剪彩、代表發言……管學大臣孫家鼐默默地率領中西教習和160名仕學生、中學生和小學生，對著萬世師表孔子的靈位頂禮膜拜。當時既無攝影，更無錄相，開學典禮的情形，早已塵歸塵，土歸土，煙消雲散。幸運的是，報紙的記載還能找到，憑借白紙黑字，後人似乎還能若隱若現地看見當年京師大學堂開學時的情景。1899年2月6日，位於上海的英文報紙《北華捷報》作了如下報道：
京師大學堂於兩星期前舉行了隆重的開學儀式。除了該校的西教習之外，沒有其他外國人參加這個開學儀式。
京師的傳教士們，或至少是其中的一部分人，對此表示相當憤慨，因為西教習們在開學典禮上對著孔子的靈位脫帽和鞠躬敬禮。他們認為此舉表示西教習們跟他們的中國同事們一樣崇拜孔子。有人說，盡管西教習們的本意並非崇拜，但本地的中國人卻肯定會這樣理解。
然而，在中國居住時間更長的人就不會這樣想。雖然中國人可能會真的報道說西教習們對孔子的靈位頂禮膜拜，但就連他們自己也不會相信這樣的話，更別提其他人了。西教習們曾被告知，在這件事上他們可以按照自己的意願辦。但在開學典禮前舉行的教員會議上，他們一致表達了在經過孔子靈位時要脫帽致敬的意願。中教習中的基督徒也被管學大臣孫家鼐免除了下跪磕頭的禮儀，因為後者說他不想強迫他們在這件事上違背自己的良心。孫大人雖然是個保守派，但卻通情達理，具有十足的紳士風度。⑴
考慮到交通和通訊的落後，信息傳遞速度緩慢，報刊也很稀少，《北華捷報》又是周刊，所以，這條消息在當時還是很具新聞性的。可惜的是，該報並未詳細記載京師大學堂具體的開學時間，以至於後來連學術大師、考據權威、北大校長胡適都搞不清楚“北大生日”，以至於北京大學的校慶活動，先是在每年的12月17日，後來又改在每年的5月4日……1998年，才有專家根據當年的上海中文報紙《申報》，得出了1898年12月31日是京師大學堂生日的科學結論，總算把這個百年謎團徹底破解。