在美國抓耳撓腮的時候，日本也是坐臥不安。遲遲不見阿波丸靠岸的日本政府和參謀本部，也是“悄悄的，打槍的不要”，偷偷派遣飛機、艦船、潛艇等，在預定航線上四處尋找阿波丸的蹤影。在沒有獲得確切消息之前，日本人不願意暴露秘密，也不相信阿波丸會有什麽三長兩短。
時間一天天過去了，阿波丸就像突然從人間蒸發了似的，活不見人，死不見屍。
等到4月10日，也就是阿波丸計劃靠岸一周後，日本政府和參謀本部徹底絕望了。他們斷定，阿波丸凶多吉少。於是，日本政府通過瑞士駐東京大使館，向美國政府發出質詢：要求其提供阿波丸的詳細情況，並協助尋找。
接到日本政府的質詢，美國政府似乎是雷厲風行，在第一時間（美國時間11日）就作出正式反饋：
據有關情報報告：4月1日，在離阿波丸預定經過位置40海裏處，有一艘船被潛水艇擊中沉沒。當時，船上的燈火和照明燈光都無法看見。船被擊中之後立刻沉沒。救起的惟一幸存者告訴該船是阿波丸。而如果被擊沉的真的是阿波丸，美國政府對這起事故表示非常遺憾和不安。如果再有詳細情況，我們將隨時通知日本政府。
但是，關於擊沉船隻的確認問題，還有若幹不確定之處。即使真的是阿波丸，事件的責任應由哪方承擔有待進一步判斷。美國政府保證以誠實的態度對這一事件進行調查。
希望日本政府不要因此改變去海參崴運載盟國救援物資的計劃。
對於美國政府的答複，日本深表不滿。因為，美方咬定阿波丸偏離了既定的航線，而且沒有按約定打開燈光加以照明，將一盆髒水潑了過來，把事故責任推到了阿波丸身上。為此，日本政府立即提出抗議，稱無故進攻阿波丸是曆史上最無信的行為，要求美國方麵承擔全部責任，並再次要求美國政府作出解釋。日方還通過瑞士代表團，對美方提出了“六點要求”：