日本政府自願放棄阿波丸的索賠要求，阿波丸風波似乎可以塵埃落定了。
但是，樹欲靜而風不止。關於阿波丸的話題非但沒有平息，反而像其沉沒之後，在海麵上激起的圓形波浪，隨著時光的流逝，愈來愈大。各種質疑的聲音，也是日益強烈。主要有四個方麵。
其一，阿波丸到底有多少人遇難？按照日本政府公布，阿波丸上有2003人隨船而亡，而美國等盟國掌握的數據是2009人（包括在船上出生才三天的一名女嬰），兩者相差5人。這5個人是盟國統計有誤，還是因為他們的身份特殊，日本故意隱瞞了他們的存在？
其二，美軍真像他們所說的那樣，是誤發魚雷嗎？下田勘太郎坦言：“阿波丸一離開新加坡，就有美軍飛機出現，進行擦著桅杆的低空飛行，使人心神不寧。第二天，美軍潛艇開始尾隨跟蹤，常常‘呼’地冒出水麵。”“現在看來，在出發的時候就好像有了不吉利的兆頭。例如，我在門司和吳港暗中發現，船艙的深部藏著大炮和彈藥捆包。那時我們就預感，運載這些武器將使已經得到的安全承諾變得無效起來。”而在事件發生之後，在與日本的辯論中，美方一再指責，是阿波丸違規在先，打著運送人道主義物質的旗號，偷運大量的橡膠、錫鋁等戰略物質。所以，曆史學家田賀一堅持認為：“戰後，由於美國給予日本糧食等經濟援助，日本放棄了阿波丸的索賠要求。阿波丸罹難者得到的撫恤為：一人7萬，一家兩人12萬，一家三人15萬，低得讓美國人吃一驚。我個人認為，由於阿波丸裝載了重要的物資，美艦擊沉她未必不是故意。”
其三，兩千多名乘員中，為什麽隻有下田勘太郎一人幸存，而且是一而再、再而三地獲救？阿波丸沉沒後，那麽多人無論老幼，全都喂了魚鱉，唯一一個幸運兒，是船上的三等乘務員（酒吧間管理員）下田勘太郎。但是，經過調查，這個下田勘太郎已經連續第四次從沉船中死裏逃生，此前的三次分別是平洋丸（1943年1月21日）、艇庫丸（1944年2月22日）和艇亞丸（1944年8月18日）。四次遇險，四次獲救，而且毫發無損。為什麽隻有他那麽命大福大造化大？會不會是美軍潛艇發動魚雷攻擊之前，他就有了預感？換句話說，他是不是美軍暗藏在日本商船上的間諜？獲救時，46歲的下田勘太郎對拉福林艇長交代說：“自己已婚，有5個孩子。夫婦都信仰佛教，孩子們在美國所屬的東京教會學校學習。女兒在東京的降落傘工廠工作。除了女兒之外，一家人都住在東京郊區。”這表明，他與美國有著千絲萬縷的聯係；而一個普通的船上乘務員，卻能夠讓兒女們上得起東京教會學校，本身就令人生疑；戰後，下田勘太郎於1946年2月順利返回日本，從此深居簡出，行事低調。但是，麵對公眾的吵吵，他卻一直無動於衷，始終對過去的事情閉口不談。人們更有理由推論，其中必有什麽難言之隱。