鎖定阿波丸，比預想的要容易；而實際打撈，卻比預想的困難了好多倍。
牛山島海域盛產風浪。每年9月至第二年3月是東北風季節，風力大都超過7級；即使在風力較小的4至8月份，也因為台風經常過來串門，水深流急，流向多變，在風浪裏，工作船隻如同一片樹葉，時而被巨浪舉上了天，時而又被巨浪摔到穀底，無法進行潛水作業。海軍獵潛艇搖晃達到40 度，天線的固定鋼索都被巨浪打斷了。所以，一年之中，為了確保安全，隻能時幹時停，三分之二的時間不得不望洋興歎。
打撈海域位於台灣海峽，當年，大陸與台灣處於敵對狀態。金門、馬祖等島嶼的炮戰還在進行中，台灣海峽基本上為台灣當局的海軍控製，大陸的商船需要通過海峽，往往集結成一定數量的船隊後，由我方海軍特派軍艦予以武裝掩護，並經燈火管製後夜航通過。而大型沿海船舶，則采取繞道台灣以東到公海裏航行的辦法。
打撈工程上馬之初，有關部門就考慮到打撈時，很可能會受到台灣當局的海軍艦艇的襲擾，做好了應對預案。對打撈作業的軍事掩護的部署，由福州軍區統一組織、實施。在陸路隘口進行了布防，海上調集了驅逐艦、護衛艦、獵潛艇等作戰艦艇全天候守衛，戰機24小時待命。當時，中國海軍噸位最大的主戰艦艇是蘇製的鞍山號（舷號為“101”）、撫順號（舷號為“102”）、長春號（舷號為“103”）與太原號（舷號為“104”）驅逐艦，艦上裝備了國產最先進的“HY-2”導彈，號稱“四大金剛”。為了確保海上威懾，鞍山號、撫順號奉命南下，擔負了打撈阿波丸沉船的護航警戒任務。
“當時製定的作戰方針是，所有海空軍巡邏限製在規定的打撈作業區域以內，不刺激金門、台灣等地“台軍”；但如台灣方麵對我進行偵察、幹擾，無論從空中來、海上來、水下來，都要堅決予以反擊，徹底殲滅之。