阿波丸沉船打撈工程，曆時三年多，工程巨大，影響深遠。雖然沒有達到預期目標，卻取得了不菲業績：海軍、交通部、國家有關部門科研人員共有3000多名人員參與其間，其中，海軍J101號、J503號船和上海救撈局滬救3號船，各船平均作業332天。共有600多名潛水員進行了水下作業，輪番下水總數達13604人次，水下作業6138小時，超過下潛100次的潛水員有64人。水下切割2379.1平方米，水下爆破650次。清除沉船上的淤泥12291.5立方米，揭蓋4974平方米，約占沉船船體麵積的70%。打撈出橡膠、錫錠等貨物分別為2411.8645噸、2472.681噸、415.925噸。整個工程總計撈起貨物達5417.947噸，其中僅錫錠一項就達2872噸，可以換取4000萬美元。所得財富，大大高於國家的投入。
當然，在400多個日日夜夜中，所有參戰人員戰風鬥浪，付出了巨大的辛苦。還有兩名潛水員光榮犧牲。
為了搞好後勤保障，平潭縣群策群力，先後為各作業船隊提供了47萬斤各類主副食品。
1979年7月、1980年1月和1984年4月，中國政府本著中日友好和人道主義精神，充分體現中華民族的寬容大度，先後三次在上海向日本方麵移交了阿波丸沉船死難者的遺骨370具和私人遺物218項，共計1683件。
1979年7月2～4日，日本厚生大臣橋本龍太郎（1996年起任日本政府首相）率領包括8名死難者家屬代表，相繼訪問北京、上海。在北京，訪華團分別拜會了國務院副總理陳慕華、外交部部長黃華、交通部部長曾生。死難者家屬代表呈交了致中國領導人和有關方麵的感謝信。7月2日晚，在人民大會堂為訪華團舉行的歡迎宴會上，橋本龍太郎大臣誠摯地說：“貴國政府本著日中友好和人道主義精神，決定將阿波丸遺骨交給我們。我國政府對貴國政府非常感謝。日本全體國民、特別是阿波丸沉船死難者家屬對貴國政府感激不盡。”