第二年，即明弘治十三年（1500年），二十九歲的王守仁在完成督築威寧伯王越墓後，實習期滿，被分配到刑部雲南清吏司擔任六品主事。
這個崗位不需要他去雲南，而是留在京城，主要是審核雲南報上來的有關刑案卷宗文書。當時雲南是刑事案件多發地區，王守仁感到刑部的工作相當繁重。刑部的官員們不僅要熟悉大明律法，還時常需要麵對禮與法、情與理的權衡與考量，而這也正是一個渴望成為聖賢的人所必須通曉的內容。
王守仁開始時還認為自己有了用武之地。一段時間後，他突然感覺到很累，這種累是身心俱疲。官場中人往往會把一件非常簡單的事搞得極其複雜。在處理公事之外，王守仁還要在官場交際上煞費苦心。他抱怨說，官場中紛擾雜遝，根本就不是自己想做事就能做成的。一份本已證據確鑿的案件，遞到上級那裏，卻被打回，原因自然是有人收了案件當事人的賄賂；而有的案件，呈遞上去卻杳如黃鶴。
在負責提牢時，王守仁有一次去巡視牢獄，發現那些囚犯都以米糠為食，而朝廷撥給囚犯的口糧竟被獄卒私下用來喂豬。王守仁非常憤慨，當即召集獄吏訓話：“朝廷有好生之德，即便是囚徒，也撥給米糧布被，使其不致受凍挨餓。囚犯也是人，你們卻待其不如豬犬，奪食以喂豬，率獸以吃人，為朝廷招怨，你們是豬犬不如！”
作為一個有抱負有擔當的官場新人，王守仁不知道自己做的工作是否有意義，是否還要堅持下去。
明弘治十四年（1501年）的一天，上司派王守仁去南直隸、淮安府，會同當地巡按禦史審查囚獄案件。於是，王守仁作為中央刑部特派員上路了。
這是王守仁第一次去淮安。這座名城位於淮河與大運河的交匯處，戰略位置十分重要。王守仁到了那裏，通過查閱卷宗，提審人犯，走訪證人，得知這些重囚大多是秋後問斬的死刑犯。王守仁發現一些死囚十惡不赦，的確該殺，但也有一些是在嚴刑拷打下被迫認罪的；還有一些早該被處決，因為花了大量錢財買了命，在等待出獄的機會……他認真清理了一批明顯有冤情的案件，並予以平反昭雪。