劉瑾集團和朝中文官的鬥爭，按理說根本輪不到小小的兵部主事王陽明出頭，他官階不過正六品。但王陽明沒有選擇沉默。
戴銑和蔣欽等人被活活打死，他們的英勇事跡在兩京廣泛傳播，成為忠臣的楷模。飽讀聖賢書的王陽明當然覺得自己不能置身事外。王陽明思考良久，寫下了一篇《乞宥言官去權奸以章聖德疏》，為死去的蔣欽、戴銑鳴冤：
臣聞，君仁則臣直。今銑等以言為責，其言如善，自宜嘉納；即使其未善，亦宜包容，以開忠讜之路。今赫然下令，遠事拘囚。在陛下不過稍事懲創，非有意怒絕之也。下民無知，妄生疑懼，臣竊惜之。自是而後，雖有上關宗社安危之事，亦將緘口不言矣。伏乞追回前旨，俾銑等仍舊供職，明聖德無我之公，作臣子敢言之氣。
這份奏疏沒有直接批評劉瑾專權，而是委婉地提出建議。他說，戴銑等人作為言官，職責就是勸諫君王，即使說錯了，皇上也宜多包容，以開言路。現在皇上把他們拿解赴京，群臣皆以為不當，卻無人敢言。長此以往，皇上還能從哪裏聽到諫諍之言？
朱厚照當然不可能看這份奏疏，但劉瑾看到了。他幹脆自擬一道聖旨，以皇帝名義，廷杖王陽明四十，關入錦衣衛大牢。
這一天，幾個全副披掛的錦衣衛校尉衝到了兵部衙門，把還在辦公的王陽明揪出來，帶到了午門。城樓上當差的侍衛望著樓下，旁邊點著的香正微微地冒著煙。一根燃完了，又一根燃完了。終於，一隊錦衣衛步伐整齊地從午門魚貫而出，其中幾個還舉著粗圓的朱紅色廷杖。
一個太監宣讀完聖旨，幾個粗壯大漢就把王陽明粗暴地按倒在地，用繩索綁住他的雙腕，然後熟練地扒下他的褲子，讓其暴露在低溫中。這樣當眾被剝掉衣褲實是一種人格侮辱。王陽明無奈地閉上了眼睛，是生是死隻得聽天由命。