1.廢帝風波
修建三海本是光緒帝和醇親王為慈禧準備的五十歲壽禮，花費了巨額銀兩，慈禧卻沒有在三海中的任何一處住過，反倒南海瀛台最後成了光緒帝的 “監獄”。
瀛台四麵環水，北麵有一木橋與陸地相連，其中心建築為涵元殿，雖比不上紫禁城，但也富麗堂皇，恢宏大氣。光緒帝在戊戌政變那天恰好住在瀛台的涵元殿，被軟禁後，光緒帝的活動僅限於該地，從此瀛台成為囚禁他的一座 “水牢”，使他變成一個不戴枷鎖的 “囚徒”。
皇帝突然被囚，慈禧總得給天下人一個交代。要殺要留，都得有充分的令人信服的理由。她找了很多證據，包括從光緒帝寢宮和養心殿搜查到的資料，她要讓光緒帝心服口服。政變第二天，即光緒二十四年（1898）八月初七，慈禧趕至南海勤政殿召見光緒帝，對他進行突擊審訊。這次審訊是逼迫光緒帝表態，承認康有為等人為亂臣賊子，並下旨捉拿。光緒帝心如刀絞，卻又無可奈何。康有為、譚嗣同等人是他一手提拔起來的維新誌士，此番要他論罪後再親自下旨捉拿，他如何能做到！但是，麵對咄咄逼人的慈禧太後以及強大的後黨集團，他沒有選擇的餘地。張蔭桓口述而成的 《驛舍探幽錄》記載：“呈與皇上，皇上轉呈太後閱畢，仍遞交皇上。皇上持此旨目視軍機諸臣子，躊躇久之，始發下。”
慈禧將光緒帝囚禁起來後，要殺掉或廢掉光緒帝可以說易如反掌，但她心存隱憂，不敢草率從事。政變後南方各省民眾的情緒極不穩定，隨時可能發起示威反抗活動甚至暴動；而且歐洲國家對光緒帝的改革持同情態度，列強很有可能以此為借口再派大兵壓境。國內外的形勢使慈禧意識到自己必須小心謹慎才不至於惹禍上身。八月初，整個京城流言四起，稱光緒帝活不過這一年。對光緒帝是殺是留，慈禧糾結了很久。