諸葛亮在輔政後做的第一件大事就是恢複了和東吳的聯盟。劉備東征孫權的失敗，不但使蜀漢的軍事力量大為削弱，而且導致了內部政權的不穩。諸葛亮為了穩定政局，發展生產力，恢複經濟，從而能夠全力對抗曹魏，於是於公元223年派鄧芝出使東吳。雙方經過艱苦的談判，最後孫權斷絕了同曹魏的關係，重新又和蜀漢結成聯盟。自此，吳、蜀雙方使臣又開始往來不斷，蜀漢也減輕了東顧之憂。外交上的成功，為諸葛亮集中力量整頓內政、平定南中叛亂，提供了有利條件。
公元225年三月，諸葛亮親率大軍南征平叛。蜀漢的南部地區，包括今天的四川南部和雲南、貴州，當時曆史上通稱為南中地區，當時這裏居住著一些被稱為“西南夷”的少數民族。諸葛亮在《隆中對》中就曾設想“南撫夷越”，把這裏建設成為劉備集團的大後方。劉備占領益州後，諸葛亮選派善於處理民族關係的安遠將軍鄧芳治理南中地區，取得了較好的成績。劉備東征失敗後，南中四郡除永昌外，相繼發生了叛亂。諸葛亮考慮到劉備剛剛去世，內部還沒有穩定下來，對南中的叛亂分子采取了暫時克製的態度。吳蜀聯盟的恢複，內部政局的穩定，使平息叛亂的時機成熟起來。於是諸葛亮進軍南中，一路上勢如破竹，很快就打到了叛亂的中心——益州。當諸葛亮的軍隊到達益州時，叛軍內部發生了分裂，雍闓被殺，當地少數民族首領孟獲代替雍闓成為頭領，繼續與蜀軍對抗。孟獲勇猛頑強，在當地少數民族中威信很高。當蜀軍即將與孟獲交戰時，諸葛亮卻突然下令，對孟獲隻能生擒，不許傷害。原來諸葛亮覺得，南中地區地勢偏遠，民族成分比較混雜，如果一味以武力鎮壓的話，終究不是辦法，而且會拖累自己的北伐大計。為了給蜀漢留下個穩定的大後方，他決定實行“攻心”戰術，而且準備先從孟獲入手，改變過去南中地區經常叛亂的局麵，以便治理好南中。果然，經過一場激戰，孟獲兵敗被俘，事後諸葛亮命令軍隊擺開陣勢，讓孟獲觀看，以便觀察孟獲的態度。諸葛亮一麵陪著觀看，一麵故意問孟獲：“你看，這樣威猛的軍隊你能打得贏嗎？”孟獲很不服氣地說：“先前我是不知道虛實，所以被你用計打敗。如果再給我一次機會的話，我一定能夠打敗你們。”諸葛亮聽了他的話，笑了笑，很爽快地命人把他放了回去，還讓他整軍再戰。孟獲回去後集合好部眾後，果然又來交戰，但又戰敗被捉。諸葛亮見他還不服氣，又放走了他。