在前边已经提及桓温北伐的大体情况，在这一篇中将继续讲述这一取代庾氏兄弟而兴起的历史人物。祖逖的北伐是不计较个人荣辱得失的爱国之举，是东晋北伐最具有民族主义特性的一次军事行动。此后的庾氏兄弟以及桓温的北伐目的就不那么单纯了，他们的目标并不在于中原。庾氏兄弟北伐的目的不过是为了令家族长盛不衰，所以稳固上游形式是庾氏兄弟始终如一的宗旨。桓温继而兴之，其北伐最初的目的似乎也与庾氏兄弟类似，但随着自己势力的不断强大，其野心也随之膨胀，进而有移鼎之意。
桓温的势力起自东晋永和年间。东晋永和时期，是东晋历史上一个相对安定的时期。在外，后赵石氏盛极而衰，石虎于永和五年死去，冉闵于永和六年灭石氏，北方重新陷入混乱无主的局面。这样一来，东晋来自长江以北的外部压力就大大减弱了。永和七年，东晋趁机收复洛阳，这一事件虽并不表明长江南北的军事势力发生了明显变化，但对东晋却有比较强烈的政治和心理影响，一时间东晋内北伐呼声异常高涨。永和八年，谢尚又于北伐中获得所谓的传国玉玺，这使得建康司马氏摆脱了“白板天子”
这一无物可凭的尴尬政治处境。另一方面，庾翼之死则成为永和安定局面的内部条件。庾翼死后，颍川庾氏势力骤衰，江左世族中一时间没有可以具有足够实力和影响代替庾氏发挥作用的世族门户。这样一来，世族门户间的争斗虽未停息，但却处于相持局势中，一时难分高下，政局呈胶着状态。同时，也正是庾翼的死，为桓温提供了机会。
桓温父桓彝在灭王敦时有功于东晋司马氏，而又死于苏峻之难，这样一来，就为桓氏家族与司马氏政权之间的关系打下了良好的基础。而后，桓温娶成帝之姐，成为庾氏甥婿，这样，桓温在东晋复杂的政治环境中就有了独特的身份，成为当时执掌东晋朝廷的何充与强藩庾翼同时看重的人物。庾翼声言北伐时，就曾以桓温为“前锋小督”，假节入淮。何充回朝后，也以桓温继刺徐州，列名方镇。而在此之前，庾翼也曾力荐桓温。庾翼临终前又表次子爱之为荆州刺史。而东晋朝廷则正是要利用庾翼之死来收回庾氏兵权。何充在这时就趁机提携桓温，刘惔不同意何充的安排，他说：“使伊去，必能克定西楚，然恐不可复制。”何充不听，仍以徐州刺史桓温为安西将军、荆州刺史，桓温由此发达。
何充对这一安排是很满意的，桓温镇荆州后，他常对人说：“桓温、褚裒为方伯，殷浩居门下，我可无劳矣。”而恰恰是他的这一安排，为后来东晋局势的发展带来了无穷后患。永和二年何充死，会稽王司马昱成为首辅。此时桓温在力量增长以后，正应了刘惔“不可复制”的说法，已比以前的庾氏更难驾驭了。
永和时期，是桓温势力逐渐壮大的时期。东晋穆帝即位时只两岁，皇太后诸氏临朝，何充辅政。何充自知自己难堪大任，所以引诸太后父褚裒共参大政。褚裒看清了要想保朝廷，就必须坐镇外藩，掌握实际兵权。因此，褚裒宁愿出镇徐、兖，也不愿驻守朝廷。何充死，司马昱辅政。褚裒以后父为征北大将军，督徐、兖。徐、兖自郗鉴以来，一直为卫戍京师的重镇。褚裒出镇徐、兖，一可制约上游，稳定政局，同时也可经略北伐军务，不让其他门阀插手，以避免以北伐之名，挟功弄权，乘机坐大，窥视朝廷。褚裒以后，荀羡、郗昙先后居徐、兖，其作用与褚裒大体一致。而此时，豫州掌握在谢氏手中，谢氏也支持朝廷。在这样的局势下，桓温也就只能经营荆州，等待扩张势力的时机而已。桓温从永和元年（345年）出督荆州，一直都于荆州培养势力，扩大声望。直到永和十年，殷浩兵败，被桓温趁机废黜，从而总揽北伐之任，这时事态才发生变化，桓温的势力才得以迅速发展。
桓温于永和十年以前，为了扩大自己的声望，进行了一次大规模的军事行动，这就是灭蜀。桓温出任荆州刺史时，占据巴蜀的李氏成汉政权已日渐衰微。为立功树威，桓温开始积极筹划伐蜀。永和二年十一月，桓温上书朝廷要求伐蜀，只不过是个形式而已，他知道在朝中防备他的势力很强，所以他随后不等回音，便在当月以江夏相袁乔为前锋，亲率益州刺史周抚、南郡太守谯王司马无忌，精兵万余人，径自出兵伐蜀了。朝中闻知，诸臣都以为蜀道险远，而温军寡少，胜算不大，只有刘惔认为桓温必能克蜀。其后，捷报传来，桓温果然平蜀。
桓温驻军蜀地30日，援引成汉贤才为己之用。成汉尚书仆射王誓、中书监王嘏、镇东将军邓定、散骑常侍常璩等，皆为桓温并用为参军。不久，王誓、邓定等复反，桓温一一讨平，然后回师江陵。永和四年，桓温以平蜀之功，进位征西大将军、开府、封临贺郡公，加督交、广二州诸军事，一时威名大振。会稽王司马昱怕桓温威名过大而日后难制，于是用扬州刺史殷浩参综朝政，以抑制桓温。桓温尽管有不满，但他知殷浩虽有盛名，其才却不堪大用，加之尚不能控制朝政，也就故作姿态。而平蜀以后，朝廷对桓温已不能征调如意。桓温所督荆、司、雍、益、梁、宁、交、广八州“士众资调，殆不为国家用”，俨然国中之国。
桓温欲掌控朝廷，就必须得到上游荆州与下游扬州之间的豫州和江州。这样，在永和以及以后的一个时期内，江、豫就成为朝廷与桓温明争暗夺的地带。桓温明白，自己要想扩张就必须借助北伐。永和五年，石虎病死。桓温自江陵出屯安陆，上书请求北伐。朝廷自是不能容忍桓温的威望进一步提高，所以对桓温的上书不加理睬，而于同年七月，以征北大将军褚裒为征讨大都督，督徐、兖、青、扬、豫五州诸军事，出兵北伐。朝廷之意自然是不在北伐，而是要遏制桓温。桓温此时自不敢与朝廷公开对抗，但要是强行北伐，则有丢失荆州的危险。
永和七年，事情发生了变化，此时冉闵已经作乱，中原无主。这年，褚裒北伐失败。十二月，桓温再次拜表北伐，随后率大军自江陵顺流而下，至武昌而止。建康朝廷此时损兵折将，为桓温逼迫，上下无不惊恐。
会稽王司马昱写信给桓温，极力劝阻桓温北伐，言“思宁国而后图外”，又说桓温行此“异常之举”，易引起非议，希望其深思熟虑之。桓温于是息兵观望。永和十年，殷浩兵败，被免为庶人，徙居信安。自此，桓温取得了进一步扩充自家势力的空间。
在这段时间里，桓温虽在江州有很大的活动能力，但并未真正掌握江州。而豫州自永和四年起，至以后的15年时间里，则一直为陈郡谢氏所掌控，谢尚、谢奕、谢万兄弟相继出镇豫州。升平二年，豫州刺史谢奕卒，有人举桓温弟桓云为豫州刺史。朝廷为防止桓温专权，又顾及陈郡谢氏的面子，因而起用谢万。但谢万不务正业，是一个典型的世家子弟。升平三年，谢万兵败，桓温给朝廷施压，将谢万贬为庶人。谢万病逝，而桓温仍未能很快掌握豫州。豫州刺史之职空悬数年，后朝廷任命庾氏旧部袁真为豫州刺史。桓温夺得江、豫二州是在太和四年的事了。自永和十年，到兴宁三年，桓温先后进行了三次北伐，其以北伐为名，挤走了徐州的郗愔，压平了豫州的袁真，于是长期维持的力量均势被彻底破坏，桓温自此真正得以独断朝纲。
桓温第三次北伐时，也基本控制了朝政。其时，他本意是欲先立功后还受九锡，渐窃朝柄。然“枋头之败”令他威望顿减。桓温本人素慕王敦，本人亦有不臣之心，经王敦墓时他曾连声说：“可人，可人。”赞王孰能行非常之举。他还曾对亲信说：“为尔寂寂，将为文、景所笑……既不能流芳百世，复不足遗臭万载邪！”枋头战败后，参军郗超知桓温心意，于是说：“明公既居重任，天下之责将归于公矣。若不能行废立之事，为伊、霍之举者，不足镇压四海，震服宇内，岂可不深思哉！”桓温闻言，于是始定废立之事。
桓温与郗超密谋后，先诬海西公，即晋废帝司马奕有痿疾，是太监之身，并说司马奕使嬖人相龙、计好、朱灵宝等与美人私通，生下二子，将要冒充皇子建储为王，改皇家血统，倾移皇基。太和六年十一月，桓温率军从广陵返回姑孰，军止于白石，后带兵入朝，威逼褚太后废海西公，立会稽王司马昱为帝。褚太后在逼迫下只得同意。于是桓温集百官于朝，宣太后令，废海西公，立司马昱为帝。司马奕被废后，担心桓温加害，自此装疯卖傻，纵情酒色。一旦妃子们生下孩子，他就扔在水里溺死。以这种窝囊的方式，总算没被桓温杀害，于公元386年死去。
废掉海西公后，桓温开始对朝中的异己力量大加剪除。桓温先使其弟桓秘逼迫新蔡王司马晃诬告武陵王司马晞与殷涓、庾蕴之弟庾倩、庾柔等谋反，然后将他们全部擒捕。随后，桓温又使御史中丞谯王司马恬上书，依律处死司马晞。简文帝在这一次还表现得十分强硬，当桓温又亲自上表请杀司马晞时，他手诏答桓温说：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏；如其大运去矣，请避贤路。”自是用退位来反抗桓温。桓温不能新立一帝，即废一帝，这才改废司马晞及其二子，将其家属皆徙于新安郡，没有杀司马晞。但不久，殷涓、庾倩、庾柔等都遭族诛，庾蕴因其侄媳乃桓豁之女，被桓温使其饮鸩自尽。从此，庾氏、殷氏两大家族受到惨痛打击，再未能复兴。一切都完成以后，桓温又带兵返回白石，还镇姑孰。
司马昱被桓温拉上皇位时，已51岁。面对当时的政局，他终日战战兢兢，如履薄冰，小心谨慎地伺候着桓温。他不是不想有所作为，而是贤臣被害，手无一兵，实在没能力有所作为。一次，司马昱与兄长武陵王司马晞坐车出游。桓温布置乐队在半路突然敲锣打鼓，将马惊得狂奔不已。当时身为武将的司马晞惊得面无人色，而司马昱却安坐泰然，这并非是司马昱胆识过人，而是自进宫以后，就已有了生死的觉悟了。尽管如此，司马昱仍是为国家与族人的命运殚精竭虑，为帝只几个月，就已须发如霜了。
他只在位一年，第二年就忧愤而死。咸安二年，简文帝病重，急召桓温，一昼夜四诏，桓温仍是不至。几天后，简文帝病死。
简文帝死后，群臣立太子司马曜即帝位，是为孝武帝。
简文帝临死前和桓温开了个大玩笑。原来桓温本以为简文帝临死将禅位于己，不然便会使己如周公行居摄之事。不想简文帝竟遗诏他效仿诸葛亮、王导用心辅佐太子。桓温为此愤愤不平，于是再度兴兵入朝。一时间朝中人心惶惶，都传言桓温将要杀掉王坦之、谢安，取代晋室称帝。此时，孝武帝也毫无办法，只好诏令王、谢率百官至新亭迎接桓温。谢安到新亭神色不变，就座与桓温谈笑自若，答对得体，于是气氛渐渐缓和，以致竟尽欢而散。桓温在建康只待了14天。不久，桓温染病，只得回姑孰养病。到姑孰后，桓温病渐沉重，但仍野心未已，逼迫朝廷加己九锡。桓温屡屡使人催促，谢、王等人故意拖延。宁康元年七月，桓温病重身死，年62岁。