簡文帝死後，其第三子司馬曜被推上皇位，這就是晉孝武帝。司馬曜經桓溫之亂，因機緣巧合而登帝位，在他的心中自然有著對世家門閥的戒備心理。同時，司馬曜本人也是一個昏庸無能之人。他在位二十餘年，與東晉前代君王比，司馬曜繼位時隻十多歲，也是少主即位。所以晉孝武帝在位初期，謝安在與桓衝的衝突中為了避免朝政大權再次落入桓氏手中，就支持崇德褚太後臨朝聽政。褚太後是謝安堂姐的女兒，其利益得失自是與謝安休戚相關。不過褚太後能夠臨朝聽政，除在朝中要有如謝安這樣有勢力的能臣支持外，天子年幼、未及弱冠也是一個必然條件。所以，有的人為貶低司馬曜，說他是20歲即位，其實是不對的。但司馬曜有以謝安為代表的陳郡謝氏輔佐，再經淝水之戰國人振奮，這些情況也是史實，所以曆史所給予他的可說是東晉曆代帝王所不具備的大好時期。遺憾的是司馬曜喜好“黃老”，萬事無為，就是在簡文帝去世時，年幼的他也沒有流一滴眼淚。晉孝武帝臨朝以後，更是終日醉生夢死，好酒喜色。淝水之戰後，他更聽信讒言，為製約謝氏勢力，而起用司馬道子，終釀成了後來的司馬道子之亂，而自己最後竟被妃子殺死。東晉一朝，實喪於司馬曜之手。
東晉喪於司馬曜之手，這一點是為史學家所公認的。司馬曜，字昌明，關於他的字，在《晉書》中有這樣的記載：“初，簡文帝見讖雲：‘晉祚盡昌明。’及帝之在孕也，李太後夢神人謂之曰：‘汝生男，以‘昌明’為字。’及產，東方始明，因以為名焉。簡文帝後悟，乃流涕。
及為清暑殿，有識者以為‘清暑’反為‘楚’聲，哀楚之征也。俄而帝崩，晉祚自此傾矣。”《晉書》中的這段記載恐怕並非真實情況，隻是後代的敷衍說法而已，但其結論卻是正確的，即晉祚自司馬曜而傾。