简文帝死后，其第三子司马曜被推上皇位，这就是晋孝武帝。司马曜经桓温之乱，因机缘巧合而登帝位，在他的心中自然有着对世家门阀的戒备心理。同时，司马曜本人也是一个昏庸无能之人。他在位二十余年，与东晋前代君王比，司马曜继位时只十多岁，也是少主即位。所以晋孝武帝在位初期，谢安在与桓冲的冲突中为了避免朝政大权再次落入桓氏手中，就支持崇德褚太后临朝听政。褚太后是谢安堂姐的女儿，其利益得失自是与谢安休戚相关。不过褚太后能够临朝听政，除在朝中要有如谢安这样有势力的能臣支持外，天子年幼、未及弱冠也是一个必然条件。所以，有的人为贬低司马曜，说他是20岁即位，其实是不对的。但司马曜有以谢安为代表的陈郡谢氏辅佐，再经淝水之战国人振奋，这些情况也是史实，所以历史所给予他的可说是东晋历代帝王所不具备的大好时期。遗憾的是司马曜喜好“黄老”，万事无为，就是在简文帝去世时，年幼的他也没有流一滴眼泪。晋孝武帝临朝以后，更是终日醉生梦死，好酒喜色。淝水之战后，他更听信谗言，为制约谢氏势力，而起用司马道子，终酿成了后来的司马道子之乱，而自己最后竟被妃子杀死。东晋一朝，实丧于司马曜之手。
东晋丧于司马曜之手，这一点是为史学家所公认的。司马曜，字昌明，关于他的字，在《晋书》中有这样的记载：“初，简文帝见谶云：‘晋祚尽昌明。’及帝之在孕也，李太后梦神人谓之曰：‘汝生男，以‘昌明’为字。’及产，东方始明，因以为名焉。简文帝后悟，乃流涕。
及为清暑殿，有识者以为‘清暑’反为‘楚’声，哀楚之征也。俄而帝崩，晋祚自此倾矣。”《晋书》中的这段记载恐怕并非真实情况，只是后代的敷衍说法而已，但其结论却是正确的，即晋祚自司马曜而倾。
为什么说晋祚自司马曜而倾呢？首先司马曜的智商没有问题，这一点与晋惠帝以及继司马曜之后的司马德宗不同，这两位天子都是白痴，而且一个比一个痴呆得厉害。在智力没有问题的前提下，司马曜登基之初虽经桓温之乱，但桓温之乱平息后，谢氏辅政，谢安力求恢复东晋国力，在维护谢氏家族利益的同时，全力平衡其他门阀世族的利益，出现了谢氏与桓氏家族联手的形势。淝水之战后，东晋更出现了前所未有的大好局面，在这样有利的情况下，身为天子的司马曜正当有所作为，以振国威。可惜，年幼登基的司马曜生长在崇尚黄老的环境中，缺少忠言规劝，因此处于有为之世，却取无为之道，终日以酒为友，以色为媒，与小人佞臣为伍，排挤忠臣，不仅错过了改变东晋命运的大好时期，更因用司马道子而加速了东晋的灭亡。
在司马曜时期，东晋皇室与世家的矛盾在淝水之战前，主要是皇室与桓氏之间的矛盾，在这方面，由于谢安从中平衡，因而得到缓和。淝水之战后，桓冲病死，谢氏的声望与势力迅速上升。尽管当时谢安已感到自己家族功名太盛，在战后未将因桓冲的死而空缺出来的荆、江二州刺史之职授予谢玄，而将荆州授予桓冲之侄桓石民，命桓石民弟桓石虔为豫州刺史，以维持各大族之间的势力平衡，稳定政局。但无论谢安如何避免，皇室与掌权的世家大族间的矛盾都是不可调和的。其时，谢安之婿王国宝为太原王坦之子。王国宝不学无术，所以谢安十分讨厌他。为了顾及大族的颜面，只任命他为尚书郎。但王国宝却自以为出身名门，其官职应为更高，于是辞职，从而积怨于谢安。王国宝的堂妹是司马道子的王妃。于是王国宝谄媚司马道子，让他在司马曜面前离间谢安。此时孝武帝也对谢安心有忌惮，于是开始疏远谢安。不久，司马曜升谢安为太保，其目的是要架空谢安。谢安为避免朝廷中的争斗再起，同时也为了守护谢氏家业，于是上书请求率兵北伐，以此为名，督扬、徐、江、荆、司、豫、兖、青、冀、幽、并、梁、益、雍、凉十五州诸军事，掌握了东晋的兵权。谢安出征后很快病逝。谢安死后，晋朝廷以司徒司马道子领扬州刺史、录尚书、都督中外诸军事。自此，道子继谢安掌权。司马道子弄权，门阀势力的平衡被再次打破。
司马道子执政时期，政治腐败，在前秦瓦解，北方分崩离析时，东晋统治者不求进取，却只是苟安江南，毫无恢复中国的大志。孝武帝司马曜和司马道子，一君一相，整日以酣歌为务，官以贿迁，政刑谬乱。为一国之相的司马道子经常夜宴，总是喝得蓬首昏目，对于政事，除了紧握实权外，其他一概不管。
司马曜就这样在位二十多年，没有什么特别的建树，反将国家弄得民不聊生。他的存在不过是门阀政治的点缀而已。而司马曜的死，也为后世留下了一些悬念。《晋书》中记载：“时谷贱人饥，流馑不绝，由百姓单贫，役调深刻。”后来，司马曜对司马道子独揽朝权的做法也有所不满，遂以王恭为兖州刺史、殷仲堪为荆州刺史、王恂为尚书仆射，以此张大皇室，钳制司马道子。
就在这时（公元396年），孝武帝突然死了。历史上对司马曜的死记载得很有戏剧性。当时，司马曜宠爱年已三十的张贵人。一天，他与张贵人在寝宫吃酒作乐。司马曜喝醉了，就对张贵人开玩笑说：“爱妃你老了，过些日子我就要把你废入冷宫。”张贵人听后十分生气，于是乘司马曜酒醉，用被子蒙住司马曜，将皇帝闷死了。令人不解的是司马曜被张贵人杀害，按罪应处大辟，灭其三族，而执政的司马道子竟将这件“大逆不道”之事不了了之。这是什么原因？史书上就没有任何记载了。