《菜穗子》的結構從表麵上看是比較鬆散的，如果根據情節劃分，其實是分別講述了菜穗子、菜穗子母親和都築明三個人各自的故事。母親三村夫人幼年接受過良好的教育，丈夫去世後，她來到O村居住，並邂逅了前來度假的作家森於菟彥。兩人在精神上彼此吸引，卻因世俗不容而倍感痛苦。森先生遠走他國，鬱鬱而終，三村夫人也在幾年後突發心髒病去世。目睹了母親戀愛全過程的菜穗子，因無法忍受那種陷於愛情中的精神折磨，與青梅竹馬的朋友都築明不告而別，在東京迅速同一位名叫黑川圭介的上班族結了婚。圭介性情木訥，婚後仍隻與自己的母親相處甚歡，這讓被婆婆排擠的菜穗子感到十分落寞。而母親去世的打擊更使她鬱鬱寡歡，終因患上肺病而住進高原療養院，過起了與世隔絕的生活。一方麵，作者將母親的故事放在了小說的前傳《榆樹之家》中，與菜穗子自己的故事遙相呼應；另一方麵，與她一起長大的都築明性格憂鬱，因從小失去雙親，由住在O村的姑媽照顧，少年時代與菜穗子的過往成了留存在他記憶中最深刻的一幕。多年後，都築明成為一名建築師，卻難以融入平庸的日常生活，時常迷失在自己的各種感傷情緒中。一次街頭邂逅讓他重新回憶起與菜穗子一起度過的往昔，回憶起O村。肺病加重的他決定放棄工作，前往O村度過人生最後的時光。
我們可以從《菜穗子》中看到許多《起風了》的影子，比如相似的人物設定、類似的情節乃至環境。堀辰雄似乎並不是一位樂於推陳出新的作家，同樣，他也不是一位熱衷於反映現實的作家。他的小說創作全盛期正值日本入侵中國，與許多日本作家不同，堀辰雄似乎對現實毫不關心，隻將注意力集中在筆下人物纖細的神經上，看他們在愁腸百結的心靈處境中掙紮覆滅。這種對宏大敘事的疏離態度是否可以證明這位作者是缺乏現實感的呢？也許並非如此，舉個小說中的例子，森於菟彥最後是在北京去世的：