波兰的爱国者们没有默许第二次瓜分波兰的行为。1793年第二次瓜分波兰结束后，俄罗斯人其实已经在军事上占领了仍然“保持独立”的波兰。但在1794年3月，波兰军队在前领导人塔德乌什·柯斯丘什科的领导下再次起义。这位勇敢的英雄在1793年第二次瓜分波兰之后曾去巴黎执行任务。他现在返回波兰，号召同胞们摆脱俄罗斯和普鲁士的压迫，努力把俄罗斯驻军从克拉科夫、华沙和维尔纽斯驱逐出去。几个月来，柯斯丘什科实际上成了波兰的独裁者，但他只取得了短暂的胜利。1794年5月，腓特烈·威廉二世亲自率领一支普鲁士军队进攻波兰。同年6月，普鲁士人在拉夫卡战役中赢得了决定性的胜利，不仅占领了克拉科夫，还围困华沙长达两个月之久（7月9日—9月6日）。听了比斯乔夫沃德尔的错误建议，腓特烈·威廉二世进攻华沙时犹豫了一下，但他的犹豫给了俄罗斯一个机会。俄罗斯人在8月重新占领维尔纽斯，之后大败柯斯丘什科，并且在11月8日胜利返回华沙。柯斯丘什科也受了伤，还被俄罗斯人俘虏。俄罗斯的保罗一世对这位波兰爱国者有着骑士般的敬仰，所以在他1796年即位后便释放了柯斯丘什科，让他在瑞士享受退休生活，直到1817年去世。
柯斯丘什科失败后不久，他的国家就灭亡了。1795年1月，叶卡捷琳娜二世与德意志皇帝签署了一份密约，后来普鲁士也应邀加入了这项密约。根据约定，俄罗斯边境延伸至布格河，这片新增的领土上有大约120万居民；奥地利获得了克拉科夫，还有桑多梅日和路贝斯卡这些帕拉丁领地，人口约100万。普鲁士将获得华沙以及奥得河、布格河和尼曼河之间的地区，但条件是普鲁士要默许俄罗斯和奥地利进一步得到土耳其的领土。腓特烈·威廉二世对俄罗斯给予他的待遇感到非常愤怒，他也应该感到愤怒，但转念一想，俄罗斯这次对待普鲁士的方式，与他在1793年对待奥地利的方式如出一辙，两者都属于背信弃义的行为。所以他别无选择，只能默默接受这样的条件。因此在1795年，他的领土增加了“新东普鲁士”，还有100万波兰人。
根据1793年和1795年的瓜分条约，霍亨索伦家族的领土几乎扩大了一倍，但政治力量的加强与地理区域的扩张远远不在一个等级。瓜分波兰的人消灭了波兰这个国家，但他们没有也不可能消灭波兰民族。这个民族在18世纪末有1400万人口，现在增加到了2400万人，其中350万是普鲁士国王的臣民。但是普鲁士从未成功地同化他们。无论是调和矛盾还是强迫他们归顺，无论采取哪种政策，普鲁士政府和波兰臣民之间只会越来越疏远。从表面上看，腓特烈·威廉二世取得了极大的成功，但除了吞并但泽和托伦之外，他在任何方面都没有让普鲁士王国变得更加伟大，甚至没有提升普鲁士王国的战略安全。