与此同时，拿破仑也在稳步推进着自己为法国重组德意志的任务。对他来说，领地的重新分配只有几条简单的原则：孤立奥地利，让奥地利受到惩罚；讨好普鲁士，让普鲁士获得补偿；而且最重要的是要壮大团结二等诸侯国，比如巴伐利亚、巴登和维滕贝格，让他们感激法国，确保他们的利益与法国一致，从而把他们拉拢到法国这一边。最终，再分配的细节在《帝国代表会议主要决议》（1803年2月25日）中确定下来，并被纳入所谓的《臣属法案》中。
《臣属法案》只涉及非世袭诸侯国，亦即教会领地和帝国自由城市，到后来，世袭诸侯国才被纳入进来。但1803年发生的转变可谓令人瞠目结舌。在1803年之前，神圣罗马帝国拥有差不多360个诸侯国，但是最后剩下不到一半。帝国自由城市由51个骤减至6个，分别为汉堡、不来梅、吕贝克，美因河畔的法兰克福、纽伦堡和奥格斯堡。过去神圣罗马帝国的边界终于消失不见，教会领地也只剩下1个。在这个过程，科隆和特里尔选侯国也消失了，剩下的1个教会选侯国——美因茨选侯国也划给了雷根斯堡。巴伐利亚放弃了莱茵河左岸4000平方英里的领土和58万人口，而在莱茵河右岸获得了6000平方英里的领土和大约85万人口，这些领土主要是来自于维尔茨堡、班贝格、弗赖辛、奥格斯堡和帕绍这些教会领地，结果巴伐利亚不仅领土得到了扩张，还摆脱了领土分散的局面，开始崭露头角。除此之外，巴伐利亚还得到了1座小修道院、12座大修道院和17个自由城市。巴登的情况也差不多，巴登大公晋升为选帝侯，并且作为莱茵河左岸领地的补偿获得了包括曼海姆和海德堡在内的17座城镇，并在莱茵河右岸获得了本来属于康斯坦茨、斯拜尔、史特拉斯堡主教领地以及10座修道院——他失去的人口只是这些新领地人口的十分之一。同样，维尔茨堡公爵和黑森-卡塞尔伯爵也晋升为选帝侯并获得了大片领地。奥地利只能眼睁睁地看着二等诸侯国壮大起来，而自己在德意志不仅寸土未得，还间接地失去了许多土地，其中很多土地都到了自己的强敌普鲁士手里，普鲁士的领土进一步扩大和巩固。