这件事给普鲁士带来了相当可观的回报，而这些领地上的变化更是有着无法比拟的重要性。就领土而言，腓特烈·威廉三世没有完全得到自己想要的领土。他对维尔茨堡和班贝格教区心仪已久，就是为了在德意志中部扩大霍亨索伦家族的影响力；但拿破仑可不这么想，拿破仑希望普鲁士往东北方向发展，作为奥得河和维斯瓦河畔的强国来制衡多瑙河畔的强国奥地利。德意志中西部则留给法国的跟班们。因此普鲁士被迫放弃了莱茵河左岸一千多平方英里的土地及12.2万人口，而在右岸获得了近5000平方英里的土地及58万人口。这些新获得的领地包括了明斯特的城市和部分教区，希尔德斯海姆和帕德博恩的威斯特伐利亚教区，6座威斯特伐利亚修道院，5座自由城市，包括米尔豪森、诺德豪森、戈斯拉尔和埃尔福特以及美因茨主教的图林根领地。
比起巴伐利亚得到的土地，普鲁士得到的这些就显得有些微不足道了。但普鲁士获得的不只是这些，甚至可以说，在普鲁士获得的东西里面，重点根本不是领地、人口和收入。哈布斯堡家族失去的一切，几乎都会变成敌国的优势：宗教领主被排除出帝国议会；政治力量的重心从此从罗马天主教廷转移到新教；几乎所有帝国自由城市都被吞并；二等诸侯国纷纷崛起——所有这一切都对哈布斯堡家族的皇帝不利，并且假以时日，将会为霍亨索伦家族的壮大提供条件。
拿破仑当然没有预测到，更不希望这件事的发生。法国还必须割让给普鲁士一些土地，一是为了犒劳腓特烈·威廉三世乖乖保持中立，再就是在北方扶持霍亨索伦家族让他们和在南方的哈布斯堡家族势均力敌。在当时，没人也没可能预测到普鲁士会称霸德意志；更没人能想到，普鲁士是通过统一德意志、压制法国来取得并巩固自己的霸主地位的。
眼下拿破仑的任务是彻底分裂德意志帝国，守住法国在莱茵河的战线，确保莱茵河以外霍亨索伦家族可以抗衡哈布斯堡家族，但同时这两个家族又要受制于其他的二等诸侯国（这些国家当前和未来的地位都仰赖于法国）。拿破仑在1803年便完成了这一切。
但德意志的重组却仍没完成。《臣属法案》不仅没有满足，反而还勾起了诸侯的胃口。世俗化教会领土之后，下一步便是取消那些没有政治地位的组织。修道院和其他宗教组织、医院、大学都在这个过程中受到影响。再后来，改革运动者和想赚钱的人又找上了帝国的骑士，使得帝国骑士失去了他们长期占有的领地，也失去了他们可观的税金。不可否认，很多人虽然本身没有什么过错，却受到这个过程的影响；德意志很多独特而无害的方面都被无情地摧毁了。然而就整体而言，我们必须承认，由于权力的集中，人们的生活得到了明显的提升：税金变得更加平等稳定，甚至收得更少了；法律也变得更公平，不再像以前那般反复无常；经济也慢慢地好转起来。