图宾根学派运动之所以会出现，很大程度上是因为腓特烈·威廉三世为了庆祝宗教改革三百周年（1817）而想合并路德教和加尔文教。腓特烈·威廉三世的本意虽然是好的，但他处事过于笨拙。他本来想通过引入新的礼拜仪式，从而为两派合并打下基础，没想到这反而突显了两派的差异，还引发了冲突。
更严重的是，巴伐利亚、威斯特伐利亚和莱茵普鲁士三地还爆发了教皇至上主义运动。废除教会选侯国之后，凭着宽松的教义和简单的讲学，耶稣会看到而且抓住了自己发展的机会。如今天主教会摆脱了亲王主教的管控，终于能为那些奔波于边境地区、从德意志逃往法国，又从法国逃往普鲁士的百姓带来宗教地抚慰了。因为深受人民爱戴，天主教势力开始在莱茵兰和普属波兰挑战普鲁士王国，还在跨宗教婚姻这种棘手的问题向普鲁士王国发难。到1837年，矛盾已经极其尖锐，政府不得不关押科林大主教并罢黜博森大主教。但这些主教背后不仅有人民，还有慕尼黑和维也纳一些高层的支持。因此冲突一直持续，直到腓特烈·威廉三世去世。