对“胡惟庸案”的清算只是表面上消停了，其实暗地里一直在偷偷摸摸地进行。朱元璋当年封的那些侯爵，被胡惟庸案牵连，已经死得差不多了。凡是被朱元璋盯上的人，肯定就会被他以胡惟庸案为借口诛杀。林贤案结束不久，朱元璋又把他岳父胡美给宰了。
胡美因为在朱元璋和陈友谅的水战中表现不凡，后来朱元璋为了拉近二人的关系，就娶了他的女儿当小老婆。建国后，朱元璋可能是“爱屋及乌”，越发喜欢胡美，不但封他为侯爵，还赏赐他丹书铁券。胡美这种双重身份(功臣与国丈)让很多功臣都羡慕不已，而胡美也是自鸣得意，走起路来常常感觉像在腾云驾雾。
可林贤案结案不久，胡美突然被朱元璋下令缉拿，关入大牢，不久后又下令将他这个老岳父处死。在后来公布的胡美的罪状中，朱元璋明确提到一点：胡美常常出入后宫和女儿交流别人不知的信息，说明两人可能在图谋不轨。
胡美和女儿只是谈几句话，朱元璋都会认为两人在图谋不轨，这种心态已达丧心病狂的地步。在朱元璋眼中，似乎所有人都想谋害他，但幸运的是，这些忘恩负义的敌人都被他提前发现并扼杀在了襁褓中。
有人认为，朱元璋有被害妄想症的倾向，但这不是事实。从朱元璋参加革命以来，做的每一件事对他而言都是有意义的。他绝不是情绪失控的动物，而是一头理性十足的野兽。
朱野兽通过胡惟庸案干掉了两拨潜在的敌人后，心里还是不安。他似乎一天不杀几个人，就感觉特别空虚似的。这种空虚感导致他心绪烦乱。可很快，老天爷就把一个叫丁斌的人送到了他面前，让他再度施展出“屠杀神技”。
1390年，被林贤案波及的一批侥幸未死的轻量级官员从南京陆续被发配到了南方蛮荒之地，这批官员之中就有丁斌。丁斌在十年前本是胡惟庸的一个亲信，后来离开胡惟庸投靠李善长麾下，侥幸躲过了朱元璋的第一次诛杀。但躲得了初一，躲不过十五，受林贤案影响，丁斌被发配到了偏远之地。
他实在是个扫把星。如果他认命了，李善长说不定还能安享晚年，但想不到他突然向李善长求情，希望李善长能救救他。李善长也是倒霉催的，赋闲在家多年，从没有向朱元璋求过情，这一次居然鬼使神差地向朱元璋求情，希望能放过丁斌。
朱元璋一查丁斌的档案，狂喜地叫道：“啊哈，真是老天爷送我的礼物!”
于是，他下令突击刑讯丁斌。丁斌和大多数被朱元璋刑讯过的官员一样，其血肉之躯根本架不住严刑拷打，被迫招供。供词上说，他求李善长拯救自己，这是托关系走后门，良心大大地坏掉了。
朱元璋拿到审讯结果后，大为不满，对审讯官说：“这小子当初是胡惟庸的人，胡惟庸曾勾结日本人，你明白我的意思吗？”
审讯官“政治觉悟”非常高，马上明白了皇上想要什么，于是再次拷打丁斌。丁斌被拷打得死去活来，只好请审讯官提示他：如何才能死得痛快点。
审讯官就告诉他：“你当初在胡惟庸那里有没有发现什么蛛丝马迹？”
丁斌老老实地说：“没有啊。”
审讯官暴喝道：“用刑!”
丁斌急忙说：“有!有……有发现!胡惟庸勾结日本人。”
审讯官提醒他：“你不要说一些我们已经知道的，你要说出我们不知道的。”
丁斌只好老实地问：“你们想让我说什么啊？”
审讯官其实也不知道，不过他们是受过特殊训练的人，隐约明白皇上喜欢什么：如今整个帝国的官员，能杀的人已经没几个了——除了李善长。
于是审讯官就问丁斌：“李善长是否曾和胡惟庸勾结？”
丁斌哭笑不得地说：“这个，是真没有啊。”
审讯官从火堆里抽出红得发紫的烙铁。丁斌急忙发挥想象力说：“李善长的弟弟李存义多次出入胡惟庸府，两人关起门来聊天，一聊就是半天。”
审讯官把丁斌的供词交给朱元璋，朱元璋惊呼道：“让我猜对了，胡惟庸果然和李善长有不可告人的目的。”
他下令：“逮捕李存义，严刑审讯，这一次不要让他走脱。”
早在朱元璋说出“这一次不要让他走脱”前，也就是1385年(林贤案的前一年)，有人就告发李存义和胡惟庸有着密切的联系。当时朱元璋看在李善长的面子上，把告密人处决了，并没有为难李存义。可让朱元璋大为恼火的是，他帮了李善长这么大的忙，李善长却连个“谢”字都没说。
如今回想起这段做好事没得好报的情景，朱元璋仍然感到愤愤不平，如今终于抓住了李存义的小辫子，于是他决心要把李存义干掉。
李存义被捉，受到一番严刑拷打后，不但承认自己和胡惟庸关系密切，而且同时招供出了他老哥李善长另外一件事：就在前段时间，李善长要装修房子，就向汤和借了500名士兵。而这件事的主要负责人，正是李存义的儿子。
朱元璋下令捉拿李存义的儿子，还没来得及拷打他，他就承认了一切。朱元璋又把汤和叫来，汤和急忙颤抖着对朱元璋说：“这件事，我早就告诉过您了啊。”
朱元璋向他使眼色，说：“是吗，我怎么不记得？”
汤和只好拍着脑门说：“哎哟，想起来了，我确实没有告诉过您，是我记错了。”
朱元璋冷冷地笑道：“你记错了，但李善长肯定没有记错。”
于是他下令：“捉拿李善长!”
此时的李善长已经77岁，老得平时连喘气都费劲，但当缉拿人员冲进他的家中时，他就像个年轻小伙子一样，从**一跃而起，然后跟着缉拿人员就去见朱元璋。
他的家人们知道他这次是有去无回了，哭天抢地地问他：“您有没有临终遗言？”
李善长眉开眼笑地说：“没有，反正你们也用不着。”
这句话如同天启，李家上下都明白：很快，他们将随老李头一起去见阎王爷。
李善长见到朱元璋时，保持着特别客气的微笑，看上去非常虚伪。朱元璋也保持着高贵的微笑，以一种幸灾乐祸的口吻说：“瞧瞧，瞧瞧，这是谁来了？”
李善长大笑，说：“皇上，我终究还是没逃过去啊。”
朱元璋点了点头，认真地对李善长说：“你说点什么吧。”
李善长不再笑了，他的表情变得很严肃，像回忆往事一样诉说着：“当初我跟随你时，就知道你不是个好人。可当时天下大乱，就需要你这样的恶棍，去扫灭另外那些坏蛋。你建国后给我们分果果，看似毫不吝啬，其实我早就知道，凡是被分了果果的人，都进入了你的黑名单。你之所以极度敏感，是因为你极度自卑，这就导致你会猜忌所有人，你对任何人都不放心。你从来没有战友，只有棋子，我们所有人都是你的棋子，你这辈子只想做一件事，那就是稳住你的朱家江山，为了完成这件事，所有人都是你猎杀的目标。”
朱元璋没有生气，反而鼓掌叫好。他让李善长接着说。
但李善长此时只说了一句话：“我有罪。”
朱元璋“哦”了一声，问他：“什么罪？”
李善长回答：“你说我有什么罪，我就有什么罪。”
朱元璋假装很生气：“老李，你怎么能这么说话，真伤我的心。如果你没有罪，我怎么会缉拿你？”
说完，就把一份李存义的供词扔给李善长。
李善长笑了笑，将供词拿起来翻开。他根本不相信李存义的供词是真的，即使是真的，也是被审讯人员严刑拷打出来的。他之所以拿起来看，只是想看看，审讯人员的想象力到底有多丰富。
按照李存义的供词所说，胡惟庸当初要造反时，希望能够得到亲家李善长的帮助，于是就让李存义去游说李善长。当时，李善长知道后大惊，说：“这可是灭九族的勾当啊!”过了不久，胡惟庸又派李善长的老友去劝说，提出事成之后封其为王，李善长仍然不同意，可是心却动了。后来，胡惟庸亲自出马，李善长还是不同意，可心已动了大半。但李善长虽然心动，却始终没有行动，只是对胡惟庸说了这样一句话：“等我死后，你们想怎么干就怎么干吧。”
李善长在看这段供词时，几乎憋不住自己的笑。朱元璋一直盯着他，发现他因为想笑而憋红了脸，脸上挂不住了。他问李善长：“你笑什么？是觉得这份供词很可笑吗？”
李善长终于笑出声来说：“太可笑了!这供词编得太没有脑子了，它说胡惟庸造反事成之后封我为王，我现在可是公爵，和王爵又有啥区别？另外，它说我心动，但我是不是心动，只要没有付诸行动，谁人能看得出来？李存义又不是神仙，他看得出来个鬼啊？!”
朱元璋连连点头说：“你说得对，这个审讯官，啊不，这个李存义说话不经大脑，该杀。”
李善长也点头说：“我们都该杀。不过我还是想劳烦皇上您一下，告诉我，为何我该杀!”
朱元璋一本正经起来，说：“我的妈呀，你是不是脑子不好？胡惟庸谋反，你有参与啊。即使你没有参与，也是知情不报。这些就足够了。”
李善长冷冷地问：“还有吗？”
朱元璋一拍大腿说：“有啊。当初胡惟庸毒杀刘伯温，这件事你知道吧？”
李善长险些跳起来抽朱元璋一个嘴巴。刘伯温的死因，至今还是个谜。刘伯温死后，朱元璋派特务暗中调查过许久，也没有查到任何和胡惟庸有关的信息。而且，朱元璋当时对刘伯温的态度很冷淡，刘伯温是死是活，朱元璋似乎从未在意过。可是这个时候，朱元璋竟然翻出这本旧账，这可真是“欲加之罪，何患无辞”!
这下他不知道该怎么接朱元璋的话了，朱元璋却把话题延伸了下去：“老李啊，你是自我开国以来的文臣之首，虽然已退休多年，可你的朋友、故吏遍布全国。我当然知道你没有和胡惟庸一起谋反，你都这么大年纪了，还谋反什么啊？谁会七十多岁了，还去创业的？”
李善长认为朱元璋说得很好，忽然叹息着问：“那能留我一条命吗？”
朱元璋不说话。
李善长再问：“能否保全我的家族？”
朱元璋还是不说话。
李善长懂了，只不过这种懂，太残酷了!
不久后，被关押在监狱中的李善长突然得到一条消息：星象学家观察天象，发现星象有变，于是占卜了一卦。卦象显示，要移大臣。
朱元璋叹息说：“看来这是天意啊，我不能违抗天意。”
于是，李善长和他的家族全被诛杀。这一次被牵连进来的人又是一万余人，胡惟庸案正式结束，前后十年的时间，朱元璋用“胡惟庸”这个幌子，陆陆续续干掉了三万余人。
胡惟庸对朱元璋的“贡献”，是其他任何人都不能比的。