李善長案爆發後不久，朱元璋把案犯的獄詞編成了《昭示奸黨錄》，除了裏麵的人名是真實的外，其他內容純屬虛構，其虛假程度簡直像是三流小說家編出來的。朱元璋出版這樣的一本書，隻有一個目的，那就是警示那些還活著的文武百官：胡惟庸、李善長之流是死有餘辜，不值得同情；你們這群狗官千萬要小心，就連李善長和胡惟庸這樣謹小慎微的奸臣都落網了，更何況你們。
李善長案牽連的無辜太多，光被殺的就有萬餘人，朱標看在眼裏，心中對老爹的這種做法很是不滿。
為此他不止一次和朱元璋爆發了爭吵。不但如此，他還做了一件錯事：他聚集起那些還活著的臣子，商討如何避免以後再發生這樣的慘案。
朱元璋對此自然是一清二楚。他問朱標：“聽說你最近和大臣們走得很近？”
朱標回答：“那些人也是我東宮的大臣啊。”
朱元璋鼓起眼睛，下巴突然向前探出，扯開嗓門吼道：“他們現在還都是我的臣!”
朱標身子一個激靈，他看著老爹的怒容，感覺再也回不到從前和老爹玩“你追我跑”遊戲的時光了。他安靜了下來，回想著各種和老爹相處的往事，一切都那麽空幻，如同鏡花水月。
失去了父親的偏愛後，朱標總會想起老媽馬皇後。馬皇後對他的影響無疑是很深的，這種影響導致他做不到如老爹那樣冷酷無情，玩弄臣子就如玩弄自己的毛發一般。
夜深人靜時，朱標由於身體過於肥胖而喘著粗氣，他的心情失落到了極點，據他安插在父親身邊的太監們透露消息說，皇上每次提起他，總是唉聲歎氣。
朱標從未考證過這些消息的真假，其實真假已經不重要了——他漸漸得了抑鬱症，身體情況也大不如前。1391年，朱元璋突然召見他，派給他一個艱巨的任務：巡撫西安。