辛亥年中，在武昌、西安等地屠戮旗人的消息传出后，恐慌情绪迅速弥漫到其他各省的驻防八旗。在本能的疑惧心理及各种夸大失真的传闻渲染下，旗人们往往产生“抵抗是死，不抵抗也是死”、“与其不抵抗而死，毋宁抵抗而死”、“不战亦死，战或得生”的想法。譬如荆州，当湖北革命军前来讲和时，荆州旗人并不相信都督黎元洪的承诺，因为他们已经通过各种渠道知道了武昌旗兵和旗人的遭遇，而这些受害者又绝大多数来自于荆？州。
位于长江上游、控滇黔巴蜀往来之通道的荆州，其地形险要，易守难攻，一向为兵家必争之地。康熙年间“三藩之乱”平定后，清廷在荆州设立驻防，由满蒙八旗组成，最初为4?000名兵额，后增至5?000名。最多时，加上养育兵等共计7?200名，为内地最多。荆州八旗设将军一名，副都统二名，在各地非省会驻防中，只有荆州的规格相当于省会城市。
设立八旗驻防后，荆州古城被一分为二，东城为满城，西城为汉城，两城用城墙相互隔绝。荆州八旗的人口最初约15?000人，但随着人口的逐年递增，光绪年间已近23?000人，其中还不包括太平天国时期的人口损失及之后迁到杭州的那部分人。
武昌起义时，荆州将军为连魁，左翼副都统桓龄，右翼副都统松鹤，旗兵2?000余名。由于长期派员至湖北新军中轮训，加上地理位置的重要性，荆州旗兵的军事素质相对较高，其中至少有一个标的旗兵可称得上是装备精良、训练有素，其副都统恒龄据说“于军事学颇有研究，其部下之指挥官亦多系学堂出身”。荆州营中，枪弹十分充足，“开花弹亦多”，这一标的旗兵实际上是按新军的标准编练而成。
不过，荆州将军连魁则性格怯懦。在革命军攻下宜昌后，其立刻通过驻沙市的日本领事转告宜昌革命军政府，请求划界而治，两不相犯，但遭到革命军首领唐牺支的拒绝。革命军攻打荆州之前，曾发布檄文：“我军之所谓革命云者，不过欲改造共和，并非制尔人民之死命；排满云者，不过推翻政府，并非歼灭旗人。诸君试细玩本部此言，当亦憬然大悟矣。今与诸君约：三日之内，倘能自知痛悔，先缴枪械，率众来归，尚可转危为安，转祸为福。若竟甘心从逆，则城破之日，玉石俱焚。”
接到革命军要求其“缴械投降”的檄文后，荆州旗兵针锋相对，他们将荆州城中的另一半汉人扣为人质，并将战线主动推至城外十里，摆出一副坚决抵抗的架势。11月19日，革命军开始攻打荆州外围，双方相持近半个月，但随着季雨霖、王正雅等其他革命军的来临，荆州八旗的兵员与弹药消耗大半，最后退守荆州，闭城待援。
在清廷顾此失彼、焦头烂额的情况下，等待援兵显然是不现实的。进入12月后，各路革命军开始围困荆州城，双方一度展开谈判，但未取得实质性的结果。后来，在一个法国传教士的调解下，关在城内的汉人被释放，但革命军很快便“背信弃义”地向城内开炮轰击，结果造成了大量旗人的伤亡。
在“内无粮晌、外无援兵”的局面下，荆州将军连魁请求法国传教士马德修从中转圜，其以不杀满人为条件，愿开城纳降。但是，副都统恒龄仍坚持己见，不肯投降。在此情况下，死伤旗兵家属齐集恒龄府邸哭骂，恒龄在羞愤绝望中自杀身亡，为荆州归降扫除了最大的障碍。
恒龄死后，本无斗志的荆州将军连魁、副都统松鹤即请日本领事及法国主教及税务司司马铎出面讲和，荆州八旗正式缴械投降。革命军进入荆州城后，遵照承诺未加报复，并给旗人发放了一定的救济金和粮米，但由于满汉对立的情绪与阴影俱在，大多数的旗人在随后的一两年中相继离开荆州城，另谋生路。
在杭州，蒋梦麟曾在《西潮》中回忆说：“革命波及杭州时不曾流半滴血，新军的将领会商之后黑夜中在杭州街头布下几尊轻型火炮，结果未发一枪一弹就逼得抚台投降。新军放了把火焚毁抚台衙门，算是革命的象征，火光照得全城通红。旗下营则据守他们的小城作势抵抗，后来经过谈判，革命军承诺不伤害旗下营的任何人，清兵终于投降。”
同样来自浙江的鲁迅也在《谣言世家》一文中说：“革命军围住旗营，开枪打进去，里面也有时打出来。然而围得并不紧，我有一个熟人，白天在外面逛，晚上却自进旗营睡觉去了。驻防军也终于被击溃，旗人降服了，房屋被充公是有的，却并没有杀戮。”
不过，蒋梦麟又补充了一段，说：“旗人领袖桂翰香代表旗下营接受条件，但桂本人却被他的私人仇敌借口他阴谋叛乱抓去枪毙了。新当选的都督汤寿潜是位有名的文人，对于这件卑鄙的事非常气愤，闹着要辞职。”
蒋梦麟所说的“桂翰香”即清末有一定知名度的杭州八旗协领贵林。早在11月3日，浙江咨议局副议长沈钧儒即出面劝服巡抚增韫拆去满城营墙，旗人尽编汉籍，并宣告浙江独立，以免发生满汉惨杀事件，但身为旗人的增韫未能下定决心。次日，革命党人发动起义，女革命党尹锐志一马当先，其手提炸弹冲入抚台衙门，巡抚卫队在目瞪口呆之下竟然忘记了抵抗，急得往马厩里藏身的巡抚增韫被生擒，后被关在了福建会馆。
增巡抚在浙江士绅中还算有些口碑，对立宪也知之颇深，杀他无甚必要。只是，浙江虽然变色，但杭州旗营并不包括在内。新成立的浙江军政府命增韫两次致函杭州将军德济，令其速速投降，但后者“毫无表示，似有抗拒模样”。在此情况下，革命军炮轰满城，旗兵也开炮还击，双方各有伤亡，不过人数不多，大概在二十余人。攻打到下午，旗营力渐不支，闭门坚守，但革命军大体上也只是手提自制炸弹的“临时起义队伍”，并无即刻破城的能力。于是革命党派出代表进入旗营谈判，后由旗人中的开明人士贵林出而至省咨议局洽谈停战事宜。当晚七时，双方宣布停火，杭州全城光复，德济、增韫等人被礼送出境，立宪派首领汤寿潜被推为浙江都督。
总体而言，杭州虽有对抗攻守，但程度较轻，受损亦小，只是在事后发生了一件不愉快的事件，即蒋梦麟说的“贵林被戕”一事。当时贵林不仅在旗人中颇具声望，在全国士绅中也算个名人。事情的缘由，还要从一个名叫惠兴的旗人女子说起。1904年，孀居的旗人妇女惠兴创办杭州贞文女校，以帮助旗人女子提高文化水平。但一年后，贞文女校因为资金困难而面临关闭，惠兴向杭州的八旗官员求助，但遭到了无情的拒绝。绝望之下，惠兴为抗议同胞的冷漠而自杀身亡。
惠兴的死在旗人中引起了极大的反响，《北京女报》对此作了连续的报道，引起了舆论的强烈关注。这时，两位同样来自杭州的旗人金梁与贵林在激愤之下共同编写了一部关于惠兴的戏剧，并在京城巡演的同时组织了大型的募捐活动，筹集的钱用以重新开办贞文女校。后来，为纪念这位为女子教育而献身的惠兴，学校被更名为惠兴女学堂，而贵林则出任了学堂监督，直到他在辛亥年被杀。
多年后，沈钧儒曾这样表述此事：“浙江光复的头几个月里，一切都闹哄哄的，社会秩序还没恢复过来。贵林表面上投降，仍住旗营里，想乘机叛变。经人告发，浙军司令部立派部队驰赴旗营，起出私藏枪支两千余枝，子弹无数，还有好多箱炸药。……判决贵林父子死刑，就在咨议局的广场上执行枪决。”
大势如此，贵林是否真有反对革命之举动呢？这事颇有些可疑。同样参加了浙江革命的马叙伦则认为，贵林“无意为他的主子效忠，他在满籍官员里面还算是比较开明的”。据他所说，贵林在旗营中素有“孝子”之称，他曾师事浙江名士宋恕，在后者的引介下，又结识了浙中名士陈黻宸。武昌起义后，贵林向陈黻宸请教，陈劝他不可拘执于君臣之义而应看在老百姓的份上，清朝统治太腐败了，已经没有希望了。
后来，贵林又请陈黻宸去见他的母亲，陈向其母恳切地劝导了一番后说：“将来如果有事，只要你们不抵抗，总可以保证你们的生命安全的。”其母听后，即对贵林说：“陈先生是至诚君子，你得听他的话。”如此，旗营被围后，贵林出来议降，即在陈黻宸的陪同之下。
很大程度上，贵林的被杀与新任浙江都督汤寿潜有很大关系，因为贵林是汤寿潜的至交好友。而后者原本是江浙立宪派领袖，并无一兵一卒，但因省咨议局坚持公推而得此任，这与同样争夺这一位置的革命党人存在较大矛盾。由此，浙军总司令周承炎趁汤寿潜去上海之际以“私藏武器”为名捕杀贵林父子，并在浙江咨议局广场公开行刑，其“敲山震虎”的含义极其明显。
事后，汤寿潜愤而辞职，这不仅是因为他在之前协议中担保“不杀一个旗人”，而更主要的是，在革命党的枪杆子面前，他作为文人和立宪派人士，完全控制不了局势。颇值称道的是，贵林的女儿在辛亥年后继续坚持办学，并维持到20世纪50年代中期。
在南京（时称江宁），关于满汉仇杀的谣言传播得相当厉害。据某电报员的回忆，当时传说革命军一到，就要把满人杀尽，以报清兵入关时屠杀汉人之仇。满人吓得天天哭泣，尤其是妇女，因为既没有缠足，服装又和汉人不一样，更加发愁，纷纷向估衣店购买汉人妇女衣服，打扮成汉人，还硬给十岁左右的女孩子缠足。男子也大都改名换姓，充作汉人。
南京是八旗的驻防城市，但坚决抵抗革命的不是两江总督张人骏和江宁将军铁良，而是江南提督、江防营统领张勋。庚子年后，慈禧太后从西安回銮时曾由张勋统带所部北洋新军随京陛护。皇恩浩**下，张勋由此感恩戴德，最为“大清忠臣”而一生不悔。在张勋看来，无辫之人即为革命党。在第九镇统领徐绍祯举事失败后，张勋派出大刀队大肆搜捕革命党，据说有数百人被处死，其中也不乏一些无辜的老百姓。
之后，人数近三万人的江浙联军卷土重来，张勋的两万江防营和铁良的两千旗兵抵挡不住，结果在清军撤退之后，南京的旗人成为被报复的对象。其中，有一位名叫苏良弼的民军将领，其手下军队对满城进行了随心所欲地焚烧、杀戮与抢劫。据一名到访的法国学者费尔南多·法杰勒记录：“革命军放火焚烧（满城），团团围住着火的房子，开枪射死了每一个试图从火中抢出自己财产的鞑靼人。那些空手逃出来的人侥幸保住了性命。”在革命军的攻击下，一些旗人点燃了军火库，试图同归于尽。这场杀戮性的混乱整整持续了一天，之后革命军发布命令，宣布保护旗人的安全。苏良弼被逮捕，他的虎狼之师被解散，但此时的满城却早已成了一片焦土。
三天后，据某殷姓目击者回忆，当时的南京满城“都统署尚存两进，余皆为瓦砾之所场。妇女成群，露宿乞食。至御河桥下，犹有大小尸体数具未及掩埋。哭声惨状，不忍闻睹，然本地人士寂然莫动于中（衷）”。据他的解释，造成这种状况的原因是之前旗人过于骄横，以至于汉人切齿痛恨所致。
数月后，费尔南多·法杰勒又记载说：“鞑靼城连一块直立着的石头都没有留下。我们在残垣断壁中进行搜寻，除了焦土和瓦砾，什么也没有看见。每一间房子都被完全夷为平地。”据《辛亥殉难记》中记载，南京旗营官佐死亡38人，其中被杀10人，阵亡4人，不明死因者6人，自杀者则高达到18人。毫无疑问，南京的满城再次遭受了一次类似于太平天国式的劫难，虽然这次的规模可能要小得多。
当时正在南京临时政府中任职的鲁迅在《杂忆》一文中也对此颇为委婉地说：“南京是革命政府所在地，当然格外文明。但我去一看先前的满人的驻在处，却是一片瓦砾。……那么，城破之时，汉人大大地发挥了复仇手段了么？并不然。知道情形的人告诉我：战争时候自然有些损坏；革命军一进城，旗人中间便有些人定要按古法殉难，在明的冷宫的遗址的屋子里使火药炸裂，以炸杀自己，恰巧一同炸死了几个适从近旁经过的旗兵。革命军以为埋藏地雷反抗了，便烧了一回，可是燹余的房子还不少。此后是他们自己动手，拆屋材出卖，先拆自己的，次拆较多的别人的，待到屋无尺材寸椽，这才大家流散，还给我们一片瓦砾场。”最后，鲁迅加了一句：“但这是我耳闻的，保不定可是真话。”
江苏境内的镇江也是八旗驻防城市，这里驻扎有1?692名旗兵。早在南京之前，镇江旗营副都统、皇族穆载即同意投降并交出武器，以换取旗人的生命和财产安全。镇江的革命最初是和平的，双方达成了协议。但在南京举事的革命军遭到失败后，他们退到镇江重组时将一腔怒火发泄到镇江的旗人身上。结果导致很多旗人被杀，而穆载则因为受到欺骗愤而自杀，剩下的旗人们被赶出满城。
在陆军第四中学读书的旗人通甫回忆说，南京革命时他已经剪除了辫子，因为害怕张勋捕杀无辫之人而赶忙逃出南京，经上海中转后乘船赶回福州老家。当时船上共有二十几位同学（满汉各半），他们还一度担心福州也会杀害无辫之人。一行人回到福州后，因为他们结队而行，脚上又穿着铁掌皮鞋，走在石板路上叮当有声，结果城门口有人赶紧去通风报信，说是革命党要进城，吓得城内十里长街的商铺全部打烊。
福州旗营的历史较长，在最鼎盛时有8?000旗兵（可能与收复台湾之役有关）。但到庚子年后，兵额只剩2?000人，且旗兵多为老弱病残，有战斗力的只有600余人，不成队伍。通甫等人回营后，福州将军朴寿命他们训练旗丁，但前来受训的却大都是一些五十多岁的人。当时福州还驻有另一位满人高官，那就是闽浙总督松寿。与朴寿不同的是，松寿认为大势所趋，准备与革命党妥协。但朴寿却认为福建的新军第十镇可靠，因为其统制孙道仁为忠良之后，断不会与朝廷作对；至于那些革命党，只是胡闹而已，不足以成大事。
不过，朴寿心里也清楚，把希望全寄托在孙道仁身上也不现实。因为底下的士兵一旦被煽动，上层未必能控制局势。因此，他又命令给旗营中13岁以上的男子发枪并带300发子弹，妇女则每人发一把剑。据说，朴寿还组织了一个500人的“杀汉团”，并在满城口外安置大炮，而且还埋设了地雷，准备在受攻击时与汉人居住区一起同归于尽。
在紧张的局势之下，福建咨议局的士绅们忙作一团。他们四处奔走，试图劝说松寿让出政权，争取和平解决。但松寿为朴寿所困，提议被拒绝了。在下层士兵的支持下，由许崇智、彭寿松等人率领的革命军开始攻击满城，旗兵们则用复仇性的大火攻击了邻近的汉人居民区，引起了一片火海。由于革命军占据了有利地形并在山上向满城开炮，加上福州旗兵本来就没有多大的战斗力，因而攻击只用了一天时间，满城即挂出白旗，上面写着“请求停火，全部缴械乞降”。
在败局已定的情况下，朴寿一面组织抵抗，一面将旗人集结到八旗中学，准备集体自焚。在此过程中，闽浙总督松寿吞金自杀，另有数百名旗兵和家属自殉，他们投井或跳入了闽江。镶黄旗协领定煊自缢。捷胜营队官郎乐额兄弟三人及十几名家属浇上煤油烧死了自己。据事后革命军的统计，旗兵死亡280余人，而革命军一方只死亡了13人。至于福州将军朴寿，其在旗营投降后被生擒，愤怒的革命军士兵将其杀死后，又把他的尸首剁成了四？块。
战事结束后，除朴寿因其愚顽不灵而被杀，福州旗营并没有发生屠杀抢掠的报复性行为。相反，革命军对战败的旗人颇为宽容，被推为都督的孙道仁甚至为自杀身亡的原总督松寿举行了追悼会，“杀汉团”指挥文楷也被释放。不过，革命军政府拒绝了咨议局所提出的“继续向旗兵提供俸禄”的请求。据通甫的回忆，旗兵们被就地解散，每人发一元（没辫子的发三元），旗人们则发一两银子和一些大米，让他们自谋职业。
福州革命后，省内局势依旧紧张。据革命党人傅柏翠回忆，他和一些同伴加入同盟会后返回县城，“某次，几个人一起走到江边，看到江中正驶着一艘船，我们怕它夹带旗人逃走，就招手呼喊：‘船上是些什么人？’船上人见呼喊的人是没留辫子的‘革命党’，十分惶恐，急忙回答‘船上并无满洲子’，边说还便打躬作揖。”这一案例，似乎也说明当时的革命风潮并未过去，满汉关系依旧极其敏感。
在各地纷纷响应革命的大潮中，也有“反革命”得势的案例，譬如宁夏哥老会的起事失败。宁夏并无新军队伍，当地哥老会首领刘华堂、刘跃鲤在听得陕西革命成功后，也带着一些人马，拿着十几枚爆竹突入镇署，居然起义成功，夺得不少库储军械。次日，刘跃鲤自任宁夏镇，刘华堂任宁夏道，随即攻打满城。哥老会们没想到的是，宁夏满城虽小却颇为坚固，而且城中藏有原罢职提督董福祥报效朝廷的快枪1?200支，结果一千多革命临时队伍对阵同样数量的旗兵，双方交战两小时，革命军大败而归，刘跃鲤、刘华堂等各自逃走。宁夏起义，竟告失败，为辛亥年中独有之案例。在西北伊犁，主要由左宗棠征西时留下的湘军后代及当地哥老会革命军起事时，锡伯族旗兵顽强抵抗，后在前任伊犁将军广福的调解下才交出武器，和平解决。但伊犁将军志锐被处死，少数旗人也在战斗中被杀死。
更有拼死抵抗并占据上风的，这就是因反对立宪而被革职的原陕甘总督升允。西安革命爆发时，升允碰巧去城外草滩办事，侥幸躲过一劫。得知事变后，升允只身急赴甘肃平凉，后在陕甘总督长庚的举荐下，清廷命升允署理陕西巡抚，督办军务，以镇压陕西革命军。在长庚的协助下，升允组织了马安良、张行志等部共40余营兵力，分南北两路攻入陕西并连克长武、彬县，后在西安近郊的乾州（今乾县）一带与陕西革命军展开激战。升允所部，志在复仇，其俘虏的革命军士兵一律处死，一路上堪称杀人如麻。
升允坚决反对南北和议，他曾致电资政院，指责北方谈判唐绍仪等人勾结革命党，其与南方革命政府签订停战约是“长寇志，慢军心”，并要求清廷严查唐绍仪等人的“庇匪之罪”。
最令人不可思议的是，升允在清帝退位后仍指挥所部继续进攻，陕西革命军兵马都督张云山派行营执事官雷恒焱为代表赴乾州十八里铺面见升允，告知南北和议成功，要求双方停战。孰料升允非但不听，反而下令将雷恒焱割耳削鼻，弃尸于荒野土窖之中。退守咸阳的陕西革命军标统丘彦彪派曾任升允卫士的先锋总队长朱长春前往礼泉，劝其罢兵和谈。升允竟下令把朱长春钉死在礼泉东城门上示众，并将俘虏的革命军全部处死。血淋淋的事实证明，革命与反革命的烈度与凶残，原本即在伯仲之间。
升允的暴行激起了革命人士的强烈愤慨，孙中山特致电新任临时大总统袁世凯，其直斥升允为“民国公敌”，要求袁派北洋军入陕援救革命军并驱逐升允。曾被升允通缉的陕西革命党于右任也致电袁世凯，称：“升允涂炭西北之人民，扰乱五族之平和，及今不除，后患滋大。”在各方压力下，袁世凯担心升允破坏和议大局，随后调派河南毅军赵倜部赴陕增援。
陈忠实先生的名著《白鹿原》，其前篇即以升允史事为历史背景，陕西军政府曾派与升允交谊深厚的乡贤名士牛兆濂、张晓山前往礼泉与升允谈判议和。最终，升允好说歹说被劝服了，其一边痛骂袁世凯误国，一边声称：“现今皇上退位，我已无君可事，唯有一死以报圣恩。”
但是，撤军后的升允仍不死心，他一面封锁清帝退位消息，一面企图迎溥仪到西北建立小朝廷。回到平凉后，升允又致电袁世凯，要求由他取代张凤翙出任陕西都督，但袁对此未予理睬。直到1912年3月下旬，在清帝退位的消息已经遍及营中，军心已乱的情况下，升允这才在无奈地交出军权，后带着家眷走往西宁。
至此，辛亥革命的战事才算是真正结束。