同治十年，船政局经费已经十分紧张，到了年底，几乎到了揭不到锅的地步。经费紧张，一方面是当初为了获得朝廷支持，左宗棠有意少报费用，根本原因则是规模比计划扩大，开支自然浩繁。
就工厂而言，原计划是铸铁厂、打铁厂、模子厂、水缸厂、轮机厂共五个。可是实际上新增了拉铁厂、锤铁厂、钟表厂、帆缆厂、火砖厂、舢板厂等六个。而且打铁、轮机、钟表又各有分厂，实际建成的厂子有十四个，且缺一不可。就学堂而言，原来本计划建前后两个学堂，前学堂学制造，后学堂学驾驶。可是后来发现，要真正自驾自造，仅有两学堂很难胜任，为了培养设计制造能力，添设绘事院，专门学习制图；为了增强动手能力，又专门开了艺圃，招收年轻学徒学习。工厂增加机器必然增加，中外工匠必然也要增加，学堂规模扩大，艺童和老师也必然要增加。原来计划洋人用三十八人，实际五十余人；原计划学堂六十人，现在艺堂加艺徒有三百余人。此外，朝廷及地方大员都向船政荐人，沈葆桢无论如何抵制，各类委员一增再增，吃闲饭生闲事，让他苦不堪言，还无法在奏折中明言。
还有一项支出，非常浩繁，从前无论如何没想到：造出的船全由船政局养护维持。如今船正局已经造成的船有五艘，将要下水的还有两艘。但大清并未建海军，所以船政局每造出一艘船，立即会增加一笔费用。每艘兵轮大者兵夫一百四五十人，少者七八十人，俸银再加维护，“扬武”每月三千二百两，“万年青”“飞云”每月两千一百余两，“建威”练船每月一千四百余两，“镇海”每月六百四十余两。养这五艘船，每月便需银九千五百余两，还未算煤炭、修理费用。一项项算下来，每月缺口两万余两。
沈葆桢当时尚在丁父忧，不在马尾出头露面，但实际上还是主持人，大主意都要他来拿。他把船政经费窘迫的情形写好奏折，但他在丁忧，只能请人代奏。左宗棠远在西北，代奏不便；而对船政一直十分支持的闽浙总督英桂已经内召出任兵部尚书，新任闽浙总督李鹤年年后才能到任，如今由福州将军文煜兼署。文煜好财货，世人皆知。他出任福州将军兼管海关，见海关能动用的银子被船政划去大部分，早有异议。可是，代为出奏，又实在绕不过他。沈葆桢写一封亲笔信，让船政提调夏献纶去见巡抚王凯泰，让他从中帮忙，说动文煜痛快出奏。
沈葆桢翘首以待，只盼年前朝廷准奏拨款，他好度过年关，没想到，等来的是内阁学士宋晋要求停办船政局和江南制造总局的上疏。原来，江南制造总局都遇到经费支绌的问题，原本就反对洋务的清流们一嗅到气息，觉得是停办洋务的好机会，以宋晋为首，出头上疏。
浙江巡抚王凯泰奉闽浙总督文煜之命，带着抄件来见沈葆桢。
宋晋在奏疏中说：
闽省连年制造轮船，闻经费已拨用至四五百万，未免糜费太重。此项轮船，将谓用以制夷，则早经议和，不必为此猜嫌之举，且用之外洋交锋，断不能如各国轮船之利便，名为远谋，实同虚耗；将谓用以巡捕洋盗，则外海本设有水师船只，如果制造坚实，驭以熟悉沙线之水师将弁，未尝不可制胜。何必于师船之外更造轮船，转增一番耗费。将欲用以运粮，而敷其水脚数目，更比沙船倍费。每年闽关及厘捐拨至百万，是以有用之帑金，为可缓可无之经费，较之直隶之大灾赈及京城部中用款，其缓急实有天渊之别。此在国家全盛时，帑项充盈，或可以此创制新奇，示斗智角胜之用；今则军务未已，费用日绌，殚竭脂膏，以争此未必果胜之事，殊为无益。且闻一切采办杂料，皆系委员四出办理，即官为给价，民间亦不无扰动。闻历任督臣将军吴棠、英桂、文煜，亦多不以为然。江苏上海制造轮船局亦同此情形。应请饬下闽浙、两江督臣，将两处轮船局暂行停止，其每年额拨之款，即以转解户部，俾充目前紧急之用，其已经造成船只，似可拨给殷商驾驶，收其租价，以为修理之费，庶免船无可用之处，又糜费库款修茸也。
针对宋晋上疏，廷寄上谕说，“宋晋奏，闽省制造轮船，经费已拨用至四五百万，名为远谋，实同虚耗。制造轮船，原为绸缪未雨力图自强之策，如果制造合宜，可以御侮，自不应惜小费而堕远谋。若如宋晋所奏，是徒费帑金，未操胜算，即应迅筹变通。着文煜、王凯泰通盘筹画，应否将轮船局暂行停止之处，斟酌情形，奏明办理。其上海轮船，应否一律停造，并着曾国藩、张之万、何璟、妥筹熟计，据实奏闻。原片均着钞给阅看。”
沈葆桢没想到宋晋竟有这样的上疏，气得只想骂娘，说：“这可真是满纸荒唐言！议和了就不必备战了吗？要论议和，早在道光年间就与英国人签过南京和约，不照样有庚申之变？就是用脚后跟想想，也不至说出这样不通的话来！还有，咱们造的轮船暂时不如洋人，就是虚耗吗？谁家的孩子生下来就能成人，不是一口奶一口米长大的吗？”
王凯泰说：“幼翁，不必生气，也不必着急，咱们应该商量怎么复奏。”
沈葆桢说：“当然不能停办！文帅的意思呢？”
王凯泰说：“文帅的意思，如果朝廷一心办船政，宋晋的上疏自然可以留中，如今发下征询，可见朝廷有停办之意。文帅以为应当善体朝廷用心，能停则停。另外，文帅心疼银子，当然求之不得，这是我私下的揣度。”
沈葆桢叫着王凯泰的字说：“幼轩抚台，千千万万要打消文帅这个念头。如今几百万两银子花上了，半途而废，岂不全打水漂？而且要停办，必然要先遣返洋人及中国匠作，咱们违约在先，洋人的赏银、薪俸及中国匠作的工食银都要发给，没有七八十万两打发不下来。文帅为了省银子，先要搭上七八十万两，这账可不上算！”
“好，好，我尽量劝说文帅，怎么劝，咱们好好商议一下。”
京中的恭亲王，急切地等着大家的回奏。两江总督曾国藩距离最近，他的复奏应该最先到，而且恭亲王估计，他肯定反对停造轮船。然而，曾国藩的复奏没等到，却等到他去世的消息。
曾国藩因为处理天津教案，惹怒国人，遭千夫所指。他是自律极严的人，事后反省，自己也觉得对洋人太过软弱。“外惭清议，内疚神明”，他一直无法释然。尤其“早死三年是完人”的诅咒，更让他心情郁结。结果饮食日减，又增脚麻、舌蹇新症。二月初四日，在督署花园散步，忽然感到脚麻，众人把他扶到椅上稍坐，坐下不久，便气息全无。
恭亲王闻报，心疼得落泪，喃喃自语：“是天津教案害死了他！国家柱石摧折，往后办事更难了！”
等处理完曾国藩的丧事，闽浙总督文煜和福建巡抚王凯泰的复奏到了。这个复奏，一方面承认船厂确实已经超支，所造轮船的确没有外洋轮船坚固，用以御侮确无把握。另一方面，奏折又说左宗棠创议轮船立意深远，沈葆桢总理船政极精详。目前所造轮船都是兵轮，并不长于运货，若给商人雇领殊为可惜。结论是“应否即将闽省轮船暂行停工以节帑金之处，伏候圣裁”。不过又特别指出，如果停办，遣散洋人工匠“约需银七十余万两”。
恭亲王本希望闽浙方面坚决反对停造，没想到文煜来了个快刀切豆腐——两面光。
文祥说：“王爷，要想扭转局面，必须让左季高、沈幼丹说话，他们是船政创始者，才最有资格说话。”
恭亲王说：“是，当初我也提议过，不过两宫坚持先听听两江和闽浙督抚意见再说，就是知道季高和幼丹必然反对停造。如今曾文忠未及复奏，闽浙又是模棱两可，非让左、沈说话不可了。还有直隶李少荃，他也是江南局的创办者，也应该让他复奏。明天见起我就奏请。”
次日见起，该议的事情议完，恭亲王借曾国藩身后事，说起停造轮船之议，说：“曾国藩未及复奏就去世。但他接旨后曾先给总署写来一函，他的意思，目前应该设法解决造船不精的问题，而不能认为造船为失策；应该设法节省费用，而不能因费绌而中止。半途而废，至为可惜。他还说如今日本不惜经费，大造轮船，其野心不可小觑。中国一刻不能忘记备御外侮，仇不可忘，气不可懈，而后一朝决裂，方不至仓皇失措。尤其江南制造总局，半途而废，将为终生之憾。”
曾国藩刚刚去世，两宫还在忧戚之中，他的遗愿不能不顾。
慈安太后说：“曾国藩是大忠臣，他的话你们得好好想想。”
慈禧太后说：“那就再听听左宗棠、沈葆桢的意见。”
恭亲王说：“江南制造总局是李鸿章与曾国藩师生联手创办，也该听听他的想法。”
“好，你们拟旨就是。”慈禧痛快的答应了。
等出了宫回到军机处，恭亲王对文祥说：“廷寄怎么起草，得用番心思，虽说是征求意见，但总署的意思必须不着痕迹透露给他们。”
按照恭王的意思，文祥在改旨稿的时候，颇费了一番心思，旨稿中有这样几句，“天下事创始甚难，即裁撤亦不可草率从事，且当时设局，意主自强。此时所造轮船，既据奏称较之外洋兵船，尚多不及，自应力求制胜之法，若遽从节用起见，恐失当日经营缔造之苦心。着李鸿章、左宗棠、沈葆桢通盘筹画，现在究竟应否裁撤，或不能即时裁撤，并将局内浮费如何减省以节经费，轮船如何制造方可以御外侮各节，悉心酌议具奏。如船局暂可停止，应给洋员洋匠辛工并回国盘费加奖银两，局中机器物料应如何安置存储之处，即着会商文煜、王凯泰妥筹办理。”
恭亲王看罢，说：“也只有这样了，他们三个应该能够明白咱们的一番苦心。”
左宗棠其时正在肃州督战，接到廷寄很快于三月二十五日拜发复奏，四月初七日到京。他的复奏开宗明义说，“制造轮船，实中国自强要着”。先简要回顾创办船政的经过及意图，而后再说目前造船成果。开工三年，如今已经造成九号，五年之期造出十六号的任务必能完成。而且“近来船式愈造愈精，原拟配炮三尊者，今可配炮八尊，续造二百五十匹马力轮船，竟配新式大炮十三尊。此成效之可考者也”。然后又述学童造船管驾均有成，“宽以时日，严其程督，加以鼓舞，则以机器造机器，以华人学华人，以新法变新法，似制造、驾驶之才，固不可胜用也”。现在说自造轮船是虚糜国帑，毫无道理，“泰西各国制造轮船，自始至今，阅数十年，所费何可胜计！今学造三年之久，耗费数百万之多，闻西人议论，佥谓中国制造、驾驶必可有成，后效之必可期也”。至于说闽省所造轮船，制胜有无把握，“此时海上无警，轮船虽成，未曾见仗，若预决其必有把握，固属无据之谈；但就目前言之，制造轮船已见成效，管驾、掌轮均渐熟习，并无洋人掺杂其间，一遇有警，指臂相联，绝非从前有防无战可比”。而后又分析如果停止自造，从外洋购买，洋人奇货可居，必然哄抬价格，想省钱也没那么容易。
最后，左宗棠总结说：
窃维此举为沿海断不容已之举，此事实国家断不可少之事。若如言者所云即行停止，无论停止制造，彼族得据购雇之永利，国家旋失自强之远图，堕军实而长寇仇，殊为失算；且即原奏因节费起见言之，停止制造，已用之三百余万能复追乎？已购之器三十余万及洋员洋匠薪工等项能复扣乎？所谓节省者又安在也？臣于同治五年奏试造轮船时，即预陈非常之举，谤议易兴，事败垂成，公私两害，所虑在此。兹幸朝廷洞瞩情形，密交疆臣察议，成效渐著，公论尚存，微臣稍申惓惓不尽之意。否则，微臣虽失以身家性命殉之，究于国事奚所禆益？兴念及此，实可寒心！
十几天后，沈葆桢的奏折也到了。他与左宗棠风格相似，开门见山说，“伏维自强之道，与好大喜功不同。自固藩篱，为民御灾捍患，是时势所不可缺”。针对宋晋认为已经议和，不必造船行此猜嫌之举，反驳说，“果如所言，则道光年间已议和矣，此数十年来列圣所宵旰焦劳者何事，天下臣民所痛心疾首不忍言者何事，耗数千万金于无底之壑、公私交困者何事？若以造船为猜嫌，有碍和议，是必尽撤藩篱，并水陆各营尽去之而后可也”。
接下来，又针对宋晋奏疏中称所造轮船用之处洋交锋，断不如各国轮船之利，各为远谋，实同虚耗，批驳道，“以数年草创伊始之船，比之百数十年孜孜汲汲精益求精之船，是诚不待较量，利钝可知。然彼之坚船利炮，亦是苦心孤诣，不胜糜费而得之。譬如读书，读至数年，谓弟子当胜于师者，妄也；谓弟子既不如师者，莫若废书不读，不益妄乎？且各国之船，亦有利与不利之别。久于其道，熟能生巧者则利；鲁莽行事，浅尝辄止则不利；勇猛精进，则为远谋，因循苟且，则为虚耗”。
而后分析造船情况及经费增加的原因，指出如果船政停办，不但机器积日朽坏，且轮船无处维修，必导致厂废而轮船俱废。而且警告说，外人垂涎船厂已久，我朝弃彼夕取。而且中国办事毫无恒心，必启轻视之心。因此他得出结论，“窃以为轮船不特不能即时裁撤，即五年后亦无可停，当与我国家亿万年之长，永垂不朽者也”。
两江总督兼署五口通商大臣何璟、江苏巡抚张之万复奏也都到了，也是支持自造轮船。
恭亲王说：“有此四人复奏，这场争议可以盖棺定论了。”
没想到向两宫面奏后，慈禧说：“道理讲清了，形势也说明白了，可李鸿章的复奏不是还没到吗？且等李鸿章复奏到后，才下定论不迟。”
回到军机处，恭亲王对李鸿章很不满，对宝鋆发牢骚说：“佩衡，李少荃是怎么回事，他离京最近，可他的复奏却迟迟不来。当初他对我说，对洋务自强大业，一定全力支持，他是拿现成话当三岁小孩哄我不成？”
宝鋆和李鸿章私交不错，见恭亲王生气，连忙为李鸿章周旋说：“少荃向来在洋务上是最有见识的，他怎么敢哄王爷。王爷放心好了，他的复奏一定快到了。他这个人好面子，不鸣则已，一鸣惊人。我推测，他是等看了众人议论，再想他的说词，务求别开生面。”
恭亲王说：“你也不必给他抹划光滑墙。你给他去封信，不妨明白告诉他，我很生气。”
宝鋆笑嘻嘻说：“嗻，我这就去写信，替王爷教训他。”
等宝鋆去了自己的值庐，文祥说：“王爷，李少荃有私心，他的小九九，我略知一二。”
文祥分析，英国人赫德一直反对中国造船，认为不如直接从欧洲买合算。李鸿章与赫德关系最密切，深受他的影响，主张买洋船建水师，尤其是福州船政是左宗棠创办，他更是不以为然。
“李少荃如果因此装聋作哑，那就是鼠目寸光！这岂止是福州船政一家之事！福州船政停办了，江南制造总局、金陵机器局、天津机器局，都没他们好果子吃。”
隔了几天，文祥拿着一张《上海新报》到恭亲府，喜滋滋地说：“王爷，这下李少荃非支持船政不可了。”
《上海新报》是英国人在上海创办的报纸，除刊登商业消息，还登中外见闻。其中有一篇洋人写的文章，谈论宋晋停造轮船引起的争议，从官场党派斗争的角度，分析李鸿章的态度，文章说，宋晋攻击福州船厂，有助于李鸿章谋断军火供应，并从而控制军队。假如消弱马尾造船厂在军事上的地位，无疑会增加李鸿章的势力。李鸿章一直主张从国外购雇轮船，一方面是省钱，另一方面也存在消弱马尾造船厂的意图在内。
恭亲王说：“洋人写文章，都是这么直白，哪怕是猜测，也敢白纸黑字照写不误。”
文祥说：“洋人文章，难免有小人之见。李少荃最关注洋人舆论，专门有人为他搜集各商埠洋人消息，这篇文章他一定能够看到。他为了撇清自己，也得赶紧上奏。”
不知是凑巧还是李鸿章真看到了这篇文章，五天后李鸿章的复奏到了。这个复奏洋洋数千言，也是开门见山，立意相当高远：
臣窃维欧洲诸国数百十年来，由印度而南洋，由南洋而东北，闯入中国边界腹地，凡前史之所未载，亘古之所未通，无不款关而求互市。我皇上如天之度，概与通商以牢笼之，合地球东西南朔九万里之遥，胥聚于中国，此三千余年一大变局也。
西人专恃其枪炮轮船之精利，故能横行于中土。中国向用之弓、矛、小枪、土炮，不敌彼后门进子来福枪炮，向用之帆篷舟楫、艇船炮划，不知彼轮机兵船，是以受制于西人。居今日而曰攘夷、曰驱逐出境，固虚妄之论，即欲保和局、守疆土，亦非无具而能保守之也。彼方日出其技与我争雄竞胜，挈长较短以相角而相凌，则我岂可一日无之哉！
自强之道在乎师其所能，夺其所恃耳。况彼之枪炮轮船，亦不过创制于百数十年间，若我果深通其数，愈学愈精，愈推愈广，安见百数年后不能攘夷而自立也。日本小国耳，近与西洋通商，添设铁厂，多造轮船，变用西洋军器，彼岂有图西国之志，盖欲自保而逼视中国。中国可不自为计乎？
士大夫囿于章句之学，而昧于数千年来一大变局，狃于目前苟安而遂忘前二三十年之何以创巨而痛深，后千百年之何以安内而制外，此停造轮船之议所由起也。臣愚以为国家诸费可省，惟养兵、设防、练习枪炮、制造兵轮之费万不可省，求省费则必屏除一切，国无与立，终不得强矣！
恭亲王读到这里，对李鸿章的不满早就抛到了九霄云外，拍案赞叹说：“李少荃的文章，真是痛快之极，深刻之极。”
李鸿接下来又详述他在天津见识的洋人最新式铁甲舰，比现在马尾船厂和江南制造总局所造轮船都大的多，轮机动力到了上千匹马力，备炮三四十门，水线以上全是铁甲，一般炮弹根本无可奈何。他不厌其烦讲铁甲舰，一则为他购买洋轮打下伏笔，二则表示洋轮日新月异，如果我们现在停造，则只能与外国差距越拉越大。
对造船经费，他指出，洋轮有兵轮和商轮之分，兵轮不便于用于运货，建议将来可以多造商轮，卖给商人用于运输，所得利润可补兵船之不足。已造兵轮，可令沿海各省认领，以后不得再添置木船。同时他又指出，船炮机器之用，非铁不成，非煤不济，英国所以雄强于列国，惟借此二端。中国土法采煤只能采表层，质量无法与洋煤比；中国土法炼铁不但产量低，而且质量差。现在日本采用西法开煤铁之矿以兴大利，中国宜用西法采煤、炼铁，既可用于机器制造、轮船之用，又可获利而助军需民生。
恭亲王安排，把这次停造轮船之争作个梳理，正式出奏。
慈禧看了复奏，次日见起时说：“多造商轮以供民间雇领，不失为筹款一法，不过缓不济急。马尾船政每月缺款两万两，怎么解决，你们可有筹划？”
恭亲王说：“左宗棠致书总署，愿意从闽浙协解甘饷中每月拨出两万两，给船政造船用。”
慈禧嘴角一翘，问：“老六，左宗棠是实心实意，还是赌气呢？”
慈禧有此一问，是因今年春间左宗棠与户部赌气，闹得沸沸扬扬。左宗棠收复肃州后，修复了肃州城墙，然后奏请户部报销，他这是先斩后奏。先斩后奏也就罢了，户部报销，都有抽成，天下督抚人尽皆知。左宗棠偏不理会，装聋作哑。结果户部那些滑吏，鸡蛋里挑骨头，一驳再驳。最后左宗棠生了气，修城墙费用自掏腰包。然后致函总署和户部，把户部书吏骂了个狗血喷头。甚至把宝鋆弟弟到西北军营他未予关注的事情也扯了出来，意思是宝鋆有挟私报复之嫌，故意与他为难。气得宝鋆大骂左宗棠是疯狗，胡乱咬人。