因為京城電報不通，身在上海的李鴻章比朝廷的節奏總是慢半拍。他收到朝廷任命他為全權大臣的上諭時，已經是七天之後，而此時，正是慈禧逃出北京的日子。
但李鴻章並不知道京城已經失守，他請袁世凱轉奏，增派慶親王、榮祿、劉坤一、張之洞為全權大臣。議和是挨罵的差使，不能隻讓他李鴻章來擔。然後再電告護理直隸總督、直隸布政使廷雍，通飭文武官吏不準擅離職守，土匪潰兵生事以軍法從事，各軍約束隊伍，靜候調遣，團民茲事者一律痛剿。
五天後李鴻章才得到京城已經失守的確信，隨後他聯合劉坤一、張之洞，先後向朝廷上了《時局變遷急求補救折》《大局急宜挽救不可再失事機折》，要求朝廷明降諭旨，聲明拳匪罪惡，並令各直省將軍督撫，遇有拳匪滋生事端，盡力痛剿，以靖地方，而快人心。又在附片中要求朝廷下罪己詔。
八月十五日正是中秋節，李鴻章收到了由行在發來的上諭，不但完全同意李鴻章等人的建議，而且對李鴻章讚賞、勸慰有加：
諭軍機大臣、電寄李鴻章等：李鴻章、劉坤一、張之洞等會奏摺片，暨李鴻章初九日電奏，同日覽悉。七月二十一日之變，罪在朕躬，悔何可及。該大學士等與國同休戚，力圖挽救，宗社有靈，實深鑒之。所陳各節，悉係目前最要機宜。慶親王奕劻，計初十日可以到京，本日複有旨加派榮祿會同辦理。該大學士應即借乘俄艦，駛赴天津，先行接印。仍即日進京會商各使，迅速開議。至罪己之詔，業於七月二十六日明降諭旨，播告天下，該大學士此時當已接到。自行剿匪一節，該大學士未到任以前，已責成廷雍認真辦理，本日亦有明發諭旨矣。其餘皆當照請施行。唯事有次第，不得不略分先後耳。朕恭奉慈輿，一路安善，現距太原兩站，駐蹕久暫俟抵太原後，體察情形，再定進止。此次變起倉猝，該大學士此行，不特安危係之，抑且存亡係之。旋乾轉坤，匪異人任，勉為其難，所厚望焉！仍著端方轉電李鴻章等知之。